genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  234  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72382416--72382545	40	3.2	40	76	2	145	23	23	28	24	2.00
72390379--72390529	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
72390416--72390545	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
72390378--72390545	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
72399610--72399819	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
72414721--72414850	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
72422826--72422955	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
72426574--72426643	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
72428181--72428267	28	2.8	33	74	16	94	28	25	20	25	1.99
72428425--72428475	27	1.9	26	84	4	66	33	21	21	23	1.97
72445948--72445988	20	2.0	21	90	4	66	17	4	0	78	0.93
72445948--72445986	11	3.6	12	77	22	50	15	5	0	79	0.90
72449260--72449491	50	4.6	50	78	7	193	26	16	25	31	1.96
72449585--72449636	26	2.0	26	85	11	70	38	1	21	38	1.64
72455642--72455867	50	4.5	49	77	9	206	24	19	26	30	1.98
72458770--72458822	27	2.0	27	84	0	70	35	20	24	18	1.95
72467024--72467083	30	2.0	30	83	3	77	30	25	3	41	1.71
72471048--72471177	64	2.0	64	84	4	170	22	29	16	32	1.95
72474508--72474680	47	3.7	46	77	8	179	25	19	31	23	1.98
72474513--72474725	94	2.3	94	82	7	249	26	17	30	24	1.97
72481983--72482251	47	5.7	46	76	11	181	27	19	30	22	1.98
72481986--72482157	94	1.8	93	82	6	222	27	22	29	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72482170--72482348	49	3.7	49	87	2	164	28	17	27	26	1.98
72482220--72482351	49	2.7	49	93	0	228	26	18	28	26	1.98
72488563--72488646	37	2.3	37	85	0	105	29	20	25	25	1.99
72488627--72488854	48	4.8	48	91	0	359	25	18	26	29	1.98
72491756--72491898	39	3.6	39	91	0	223	27	20	27	23	1.99
72491756--72491926	78	2.2	79	89	1	254	25	21	28	24	1.99
72500174--72500321	40	3.7	40	91	0	242	25	27	22	25	2.00
72501510--72501538	13	2.1	14	93	6	51	0	13	0	86	0.58
72503383--72503628	64	3.8	64	81	5	273	31	15	29	23	1.96
72504962--72505000	20	1.9	21	89	5	62	23	10	20	46	1.81
72507477--72507514	19	2.0	19	94	0	67	44	10	10	34	1.73
72509391--72509574	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
72509431--72509619	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
72517000--72517097	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
72524682--72524779	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
72531289--72531374	37	2.3	35	90	7	127	27	32	18	20	1.96
72531443--72531755	49	6.4	49	91	2	502	30	27	8	32	1.87
72531443--72531755	148	2.1	147	91	1	502	30	27	8	32	1.87
72541459--72541639	79	2.3	80	81	3	206	25	26	21	26	2.00
72541473--72541639	40	4.2	40	82	6	187	25	26	21	25	2.00
72552587--72552642	23	2.5	23	82	8	71	23	23	19	33	1.97
72555724--72555951	78	2.9	80	80	9	236	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72555731--72555953	40	5.7	40	81	8	242	27	27	21	23	1.99
72562579--72562757	39	4.6	41	81	11	148	21	26	24	28	1.99
72562611--72562757	78	1.9	79	84	4	199	21	27	23	26	1.99
72562611--72562757	39	3.8	40	83	9	169	21	27	23	26	1.99
72569305--72569483	40	4.4	40	84	2	207	22	26	23	26	2.00
72573960--72574187	40	5.7	40	84	8	277	25	28	21	23	1.99
72597418--72597585	47	3.6	46	76	10	178	30	17	27	24	1.97
72597418--72597781	94	3.9	94	77	10	356	29	18	28	22	1.98
72604056--72604397	47	7.3	46	74	12	261	29	19	28	22	1.98
72604053--72604416	94	3.9	94	80	9	406	29	19	28	22	1.98
72604053--72604416	141	2.6	142	73	12	349	29	19	28	22	1.98
72607938--72608111	47	3.7	48	77	11	166	23	28	17	29	1.97
72607986--72608158	93	1.9	94	85	3	242	23	26	18	32	1.97
72615485--72615657	47	3.7	49	75	16	136	23	28	17	30	1.97
72615550--72615706	46	3.4	45	75	15	133	22	25	19	32	1.97
72618912--72619012	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
72618941--72619012	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
72626741--72626812	29	2.5	29	91	6	112	29	13	27	29	1.95
72628560--72628630	24	3.0	25	91	4	103	8	18	21	52	1.71
72628556--72628630	8	9.4	8	75	5	62	8	18	20	53	1.69
72630529--72630636	49	2.2	49	81	6	137	31	15	27	25	1.96
72634386--72634757	49	7.7	49	94	1	581	33	9	29	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72638199--72638227	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
72638267--72638658	3	132.3	3	67	14	138	61	3	7	27	1.38
72638311--72638352	17	2.5	17	80	7	50	69	0	7	23	1.13
72638284--72638361	29	2.7	29	77	20	90	69	0	6	24	1.12
72638290--72638443	37	4.0	40	66	24	68	66	0	7	25	1.22
72638339--72638378	14	3.2	13	83	16	57	62	2	5	30	1.29
72639997--72640074	41	1.9	41	84	5	104	24	17	20	37	1.94
72640363--72640595	44	5.3	44	64	11	136	21	22	21	34	1.97
72640355--72640692	88	3.8	89	87	2	495	21	23	21	33	1.98
72640499--72640637	44	3.2	43	67	15	113	19	25	23	32	1.97
72648856--72648898	22	2.0	22	81	9	52	16	23	4	55	1.59
72653373--72653504	29	4.6	29	85	1	158	25	33	16	24	1.96
72657544--72657697	40	3.8	40	80	1	139	26	20	27	25	1.99
72666965--72667189	40	5.7	41	90	5	297	25	26	21	26	1.99
72674753--72674977	40	5.7	41	90	5	297	25	26	21	26	1.99
72677056--72677100	23	2.0	23	100	0	90	37	4	17	40	1.70
72679298--72679328	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
72679295--72679334	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
72679519--72679771	53	4.8	54	77	9	211	20	25	18	35	1.95
72679558--72679761	108	1.9	107	83	7	261	21	25	18	34	1.96
72687535--72687679	53	2.7	53	84	4	193	23	24	17	33	1.96
72687534--72687732	55	3.7	54	80	6	190	24	24	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72687535--72687732	108	1.8	110	85	4	285	23	24	16	34	1.95
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72691334--72691415	27	3.0	27	84	8	69	28	15	24	31	1.96
72693265--72693305	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
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72706902--72707093	86	2.3	83	88	5	280	31	27	16	25	1.96
72706850--72707091	126	1.9	126	83	5	317	30	27	16	26	1.97
72707895--72707920	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
72711068--72711195	68	1.9	69	88	1	195	45	2	3	49	1.30
72711100--72711203	32	3.1	32	69	17	77	44	0	5	49	1.33
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72714881--72715078	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
72722445--72722608	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
72733530--72733692	71	2.3	71	96	1	301	19	28	17	34	1.94
72733530--72733726	71	2.8	70	89	4	249	20	28	17	33	1.95
72735020--72735070	26	2.1	25	85	10	70	54	19	7	17	1.67
72737621--72737806	48	3.9	48	84	1	212	24	28	18	27	1.98
72737552--72737759	96	2.1	97	79	3	231	24	28	19	27	1.98
72741192--72741369	91	2.0	90	92	1	293	23	12	24	39	1.89
72744947--72744979	6	5.7	6	92	3	50	15	9	0	75	1.03
72751947--72752026	21	3.9	21	90	4	119	16	27	43	12	1.83
72751947--72752026	41	2.0	41	87	5	117	16	27	43	12	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72760853--72761134	48	5.9	47	76	5	251	25	25	19	29	1.98
72760851--72761134	96	2.9	96	87	1	390	25	26	19	29	1.98
72760854--72761124	144	1.9	145	80	5	316	25	25	19	30	1.98
72762872--72763122	48	5.2	48	85	2	279	23	30	18	27	1.98
72766152--72766376	40	5.6	39	89	4	274	26	21	25	25	2.00
72766152--72766348	40	4.9	40	90	4	276	27	20	25	25	1.99
72768665--72768707	22	2.0	22	81	9	52	46	9	30	13	1.75
72782292--72782476	40	4.6	40	91	1	273	27	20	25	26	1.99
72782286--72782504	40	5.5	39	88	4	271	27	19	26	26	1.99
72789972--72790306	48	6.9	48	79	7	347	27	26	16	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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