genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  130  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38606421--38606542	57	2.1	58	86	1	174	31	16	28	23	1.96
38614399--38614529	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
38621033--38621063	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
38629268--38629306	19	2.0	21	90	10	64	56	7	10	25	1.59
38634086--38634127	20	2.0	20	86	4	57	19	14	2	64	1.39
38634939--38635009	28	2.8	24	78	17	90	46	2	1	49	1.25
38634917--38635027	21	4.7	23	77	19	88	45	3	2	48	1.34
38637934--38638008	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
38645582--38645656	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
38647299--38647330	15	2.1	15	100	0	64	68	6	6	18	1.32
38652988--38653036	6	8.2	6	86	0	62	28	12	20	38	1.89
38652988--38653027	18	2.2	18	95	0	71	32	10	20	37	1.85
38659237--38659434	40	5.0	40	91	1	319	23	21	27	27	1.99
38659301--38659366	22	3.2	22	62	16	59	22	22	27	27	1.99
38663746--38664174	47	9.1	47	91	0	678	31	11	29	26	1.92
38663773--38663848	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
38663745--38664174	141	3.0	141	97	0	797	31	11	29	26	1.92
38663914--38663989	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
38664055--38664130	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
38664378--38664522	37	3.9	37	94	0	245	22	19	33	24	1.97
38665836--38665874	19	2.0	20	95	5	71	30	30	12	25	1.93
38665796--38665913	59	2.0	59	96	3	220	27	25	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38665856--38666040	39	4.7	39	86	6	257	27	21	25	25	2.00
38669936--38670103	40	4.2	40	77	6	169	24	21	29	25	1.99
38676027--38676193	40	4.2	40	81	5	178	23	28	23	24	2.00
38684105--38684272	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
38687492--38687573	23	3.6	23	71	15	80	36	19	18	25	1.94
38687492--38687584	23	4.1	22	69	20	66	37	18	19	24	1.94
38687502--38687605	46	2.3	45	82	11	115	32	18	21	27	1.96
38687552--38687605	23	2.3	23	75	12	56	35	14	24	25	1.94
38697598--38697711	27	4.2	27	84	4	133	35	21	22	20	1.96
38697598--38697712	54	2.1	53	85	6	151	35	21	22	20	1.96
38698108--38698134	8	3.4	8	100	0	54	11	22	11	55	1.66
38701905--38701983	28	2.8	28	82	0	95	32	11	26	29	1.91
38708923--38709072	39	3.8	40	88	0	169	24	31	21	22	1.98
38708959--38709072	39	2.9	39	93	1	183	24	31	20	23	1.98
38716377--38716564	39	4.8	39	89	0	232	23	31	21	22	1.98
38716413--38716565	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
38719520--38719583	28	2.3	28	91	2	103	34	23	21	20	1.97
38729570--38729612	22	2.0	22	81	9	52	34	20	16	27	1.94
38729609--38729682	23	3.2	23	75	11	64	33	17	24	24	1.96
38736236--38736546	108	2.9	110	82	7	402	32	17	19	30	1.94
38742607--38742649	6	7.5	6	84	10	54	30	4	0	65	1.13
38742614--38742666	5	10.0	5	88	8	52	32	7	0	60	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38742612--38742649	11	3.4	11	82	17	51	34	2	0	63	1.09
38742607--38742649	17	2.5	17	92	0	68	30	4	0	65	1.13
38742773--38742843	18	4.1	17	82	10	81	26	5	1	66	1.22
38742844--38742870	14	1.9	14	100	0	54	44	3	0	51	1.19
38744796--38744894	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
38747760--38748170	108	3.7	107	85	6	529	29	19	19	31	1.96
38747768--38748170	217	1.8	218	86	4	587	30	19	18	31	1.96
38747807--38748117	54	5.7	54	64	20	137	29	19	18	32	1.96
38758606--38758716	40	2.8	40	78	0	123	19	25	18	36	1.94
38765743--38765799	26	2.2	26	81	9	62	26	17	19	36	1.94
38769068--38769128	30	2.0	30	100	0	122	24	19	9	45	1.80
38774193--38774276	41	2.0	41	95	0	150	29	25	16	28	1.97
38774148--38774327	90	2.0	90	84	2	234	27	25	19	27	1.99
38776108--38776171	30	2.1	30	100	0	128	56	18	6	18	1.62
38777974--38778138	42	3.9	41	80	9	181	29	15	25	29	1.96
38777984--38778140	84	1.9	83	86	4	226	28	16	26	28	1.97
38785306--38785398	28	3.3	28	93	0	159	34	27	7	30	1.85
38785505--38785593	28	3.2	27	85	7	117	20	23	23	32	1.98
38785505--38785618	55	2.1	56	83	8	144	19	23	21	35	1.96
38786671--38786704	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
38792044--38792091	8	6.0	8	79	18	55	50	22	20	6	1.71
38792051--38792091	16	2.6	16	100	0	82	48	24	21	4	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38792338--38792430	28	3.3	28	83	0	123	33	24	7	34	1.84
38792536--38792625	28	3.2	27	82	7	110	21	24	22	32	1.98
38792536--38792650	55	2.1	56	83	8	146	20	24	20	34	1.96
38795390--38795553	42	4.0	40	73	12	143	30	14	24	31	1.94
38800801--38800844	23	1.9	23	100	0	88	22	22	31	22	1.98
38804200--38804254	25	2.2	25	100	0	110	47	21	0	30	1.51
38815135--38815168	13	2.6	13	95	0	59	58	5	20	14	1.57
38816290--38816354	12	5.4	12	74	5	51	7	26	40	26	1.83
38816288--38816334	24	2.0	24	91	0	76	6	23	42	27	1.78
38816290--38816354	24	2.7	24	78	4	69	7	26	40	26	1.83
38817172--38817201	15	2.0	15	93	0	51	13	16	16	53	1.73
38819663--38819697	17	2.1	17	100	0	70	40	0	11	48	1.39
38820002--38820077	23	3.3	23	75	14	77	17	26	18	38	1.92
38823537--38823570	16	2.1	16	100	0	68	26	5	5	61	1.42
38828983--38829189	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
38832881--38833063	24	7.6	24	96	0	294	20	18	25	36	1.95
38832881--38833085	72	2.8	72	90	1	295	22	18	24	35	1.96
38832881--38833085	48	4.3	48	92	1	286	22	18	24	35	1.96
38840593--38840775	24	7.6	24	96	0	294	20	18	25	36	1.95
38840593--38840797	72	2.8	72	90	1	295	22	18	24	35	1.96
38840593--38840797	48	4.3	48	92	1	286	22	18	24	35	1.96
38845611--38845661	20	2.5	20	87	0	75	11	25	39	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38854573--38854616	20	2.2	20	80	15	56	27	15	27	29	1.96
38856735--38856949	49	4.4	49	96	0	367	29	33	9	28	1.88
38859671--38859769	41	2.4	41	80	11	114	25	24	24	26	2.00
38860252--38860502	29	8.7	29	99	0	484	24	32	16	26	1.96
38862558--38862648	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
38862744--38862958	49	4.4	49	96	0	385	29	32	9	28	1.88
38868618--38868694	39	2.0	39	94	0	136	32	10	14	42	1.79
38875136--38875311	46	3.8	46	78	10	196	21	20	28	30	1.98
38875133--38875304	93	1.8	93	92	0	290	21	20	28	29	1.98
38878587--38878632	12	3.6	13	83	13	60	23	2	0	73	0.94
38881748--38881897	41	3.6	41	76	10	153	22	21	28	28	1.99
38881728--38881883	41	3.8	40	73	18	131	22	23	26	27	1.99
38891538--38891577	10	3.9	10	83	3	53	67	5	0	27	1.11
38891903--38891934	13	2.3	15	89	10	50	25	37	25	12	1.91
38892014--38892101	6	14.0	6	72	21	58	19	3	0	77	0.91
38892015--38892102	8	10.5	8	77	12	70	18	3	0	78	0.89
38892029--38892092	25	2.5	26	77	7	69	20	4	0	75	0.99
38892017--38892122	29	3.6	27	74	22	81	18	3	1	75	1.05
38893786--38893823	11	3.5	11	85	0	58	60	5	23	10	1.50
38912738--38913017	138	2.0	138	98	0	542	31	18	23	26	1.97
38920957--38921051	27	3.5	27	75	0	100	26	15	24	33	1.95
38926132--38926232	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38929486--38929518	16	2.1	16	88	11	50	30	18	21	30	1.97
38933005--38933113	54	2.0	54	98	0	209	40	21	16	22	1.91
38936276--38936342	22	3.0	22	97	0	125	34	26	11	26	1.91
38948028--38948071	5	8.8	5	94	0	61	38	34	6	20	1.79
38951985--38952063	37	2.1	37	93	4	133	41	10	31	16	1.81
38954555--38954654	24	4.0	24	86	10	146	38	15	22	25	1.92
38954551--38954666	24	4.4	27	80	15	145	35	12	24	27	1.92
38954551--38954666	52	2.2	52	95	0	205	35	12	24	27	1.92
38954842--38954945	52	2.0	52	100	0	208	44	5	15	34	1.70
38962732--38963386	180	3.6	180	89	1	958	27	23	17	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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