genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  257  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79679373--79679542	86	2.0	87	80	8	195	25	15	24	34	1.95
79684457--79684510	13	4.2	13	85	4	74	14	42	20	22	1.88
79686932--79686999	35	1.9	35	90	0	109	26	20	14	38	1.91
79695479--79695636	38	3.9	38	76	13	163	30	25	14	29	1.95
79695524--79695783	48	5.7	47	84	8	331	30	23	15	30	1.95
79695486--79695820	85	3.8	85	84	8	445	29	24	15	30	1.96
79695571--79695820	38	5.8	38	72	20	149	29	24	16	30	1.96
79702232--79702340	56	1.9	56	98	0	209	34	11	11	42	1.77
79704996--79705037	21	2.0	21	100	0	84	28	28	4	38	1.77
79706404--79706452	24	2.0	24	100	0	98	32	16	12	38	1.86
79712699--79712833	46	2.9	47	81	10	179	21	20	29	28	1.98
79717600--79717645	15	3.1	15	81	9	58	32	8	2	56	1.42
79717792--79717822	15	2.1	15	100	0	62	48	0	12	38	1.42
79720330--79720355	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
79722219--79722264	17	2.6	17	78	21	51	52	2	0	45	1.13
79722222--79722269	18	2.7	17	77	6	51	50	2	0	47	1.12
79723578--79723603	10	2.6	10	100	0	52	65	0	0	34	0.93
79723556--79723631	39	1.9	39	100	0	152	64	0	2	32	1.07
79724446--79724529	12	7.0	11	73	15	60	17	7	3	71	1.23
79724697--79724735	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
79742383--79742515	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
79742413--79742515	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79750392--79750524	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
79750422--79750524	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
79752405--79752452	24	2.0	25	87	4	71	41	8	10	39	1.69
79752658--79752686	15	1.9	15	100	0	58	65	0	20	13	1.26
79752707--79752744	19	2.1	19	90	9	62	76	0	23	0	0.79
79753356--79753400	3	15.0	3	95	0	81	33	2	0	64	1.06
79755185--79755214	16	1.9	15	93	6	51	53	20	20	6	1.67
79755891--79756025	60	2.2	60	81	11	152	27	20	26	25	1.99
79756974--79757050	18	4.3	18	77	6	66	41	10	14	33	1.80
79761913--79762024	43	2.6	42	79	6	127	27	16	21	33	1.95
79765875--79765913	18	2.2	18	100	0	78	41	15	12	30	1.85
79775147--79775197	27	2.0	27	84	7	70	60	1	3	33	1.26
79777848--79777920	36	2.0	36	97	0	137	28	35	17	17	1.93
79785516--79785697	78	2.3	81	83	6	221	24	24	27	23	2.00
79785569--79785707	40	3.5	40	82	8	151	25	25	28	21	1.99
79793547--79793728	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
79793547--79793728	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
79796729--79796906	40	4.6	40	87	6	249	25	23	25	25	2.00
79804837--79804937	40	2.5	39	90	4	157	24	24	23	26	2.00
79809587--79809649	31	2.0	31	100	0	126	49	15	6	28	1.69
79811107--79811297	39	4.8	40	87	3	201	24	31	21	22	1.98
79811143--79811305	39	4.2	39	88	3	247	23	31	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79813925--79813961	20	1.9	18	89	10	56	54	8	2	35	1.44
79817531--79817630	39	2.5	39	83	1	128	26	22	28	24	1.99
79817479--79817663	79	2.3	81	82	5	216	24	23	28	24	2.00
79817479--79817688	40	5.3	40	76	7	169	24	22	27	25	2.00
79817532--79817688	79	2.0	79	83	2	199	24	22	27	24	2.00
79821841--79821898	30	1.9	30	85	0	80	51	12	8	27	1.68
79823576--79823691	58	2.0	58	100	0	232	31	15	17	36	1.91
79827450--79827509	24	2.5	24	100	0	120	36	26	16	20	1.93
79829035--79829146	27	4.2	25	81	12	107	36	20	24	18	1.95
79829035--79829146	54	2.1	54	84	3	145	36	20	24	18	1.95
79830566--79830642	24	3.2	24	94	0	127	20	42	3	32	1.70
79834107--79834167	31	2.0	31	100	0	122	27	19	9	42	1.83
79840233--79840357	49	2.5	48	84	8	153	21	27	22	28	1.99
79850517--79850681	56	2.9	55	86	3	206	26	12	26	35	1.92
79852663--79852787	51	2.5	51	85	2	162	28	31	15	25	1.95
79852665--79852804	51	2.7	50	82	4	156	28	30	15	25	1.96
79854421--79854458	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
79855856--79856178	40	8.2	40	89	3	462	26	29	21	22	1.99
79855858--79856178	117	2.7	119	86	5	463	27	29	21	22	1.99
79864183--79864442	74	3.4	75	87	6	337	25	29	21	23	1.99
79864163--79864442	40	7.2	40	87	7	382	26	29	21	22	1.99
79866468--79866638	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79866463--79866635	46	3.7	46	77	10	190	30	27	20	21	1.98
79867058--79867117	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
79872222--79872346	29	4.3	29	84	1	162	30	30	12	26	1.93
79879126--79879165	18	2.2	18	90	0	62	20	30	12	37	1.89
79883337--79883472	56	2.4	56	91	0	209	27	16	23	32	1.96
79895659--79895717	29	2.0	29	100	0	118	40	16	6	35	1.76
79896112--79896147	12	3.0	12	95	0	63	27	22	0	50	1.50
79897794--79897904	27	4.1	27	87	3	136	35	20	23	20	1.96
79897801--79897908	55	2.0	53	85	7	146	36	18	23	22	1.95
79898010--79898072	26	2.4	27	89	2	92	28	12	25	33	1.92
79900340--79900462	47	2.6	47	89	0	183	27	29	17	26	1.97
79900490--79900709	46	4.7	47	76	10	159	25	28	17	28	1.97
79902788--79902859	29	2.5	29	83	0	90	26	30	12	30	1.93
79902747--79902859	58	2.0	57	80	5	129	25	29	13	31	1.93
79903080--79903125	16	2.9	16	76	0	56	15	19	19	45	1.85
79905436--79905773	56	6.2	56	84	5	424	33	23	13	29	1.93
79905436--79905781	160	2.1	162	85	4	455	33	23	13	29	1.93
79905764--79905957	43	4.5	43	84	1	255	30	27	14	26	1.95
79905767--79905957	86	2.2	86	89	0	283	31	27	14	26	1.95
79916798--79917024	47	4.7	47	92	3	382	28	32	8	30	1.87
79916783--79917024	96	2.5	96	95	2	427	28	32	7	30	1.86
79920041--79920095	25	2.2	25	87	6	76	27	29	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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79943574--79943697	39	3.2	39	90	1	194	25	32	20	22	1.98
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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