genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.339.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  339  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106017002--106017066	21	2.9	22	86	6	78	60	6	1	32	1.31
106017066--106017132	9	7.7	9	75	12	68	56	1	2	38	1.24
106016931--106017132	16	10.9	18	66	23	84	57	3	2	35	1.32
106016934--106017125	34	5.4	34	73	14	129	57	4	3	35	1.34
106017148--106017195	22	2.3	22	85	7	64	58	4	4	33	1.36
106017148--106017204	22	2.8	20	80	12	62	61	3	3	31	1.30
106018262--106018307	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
106018274--106018317	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
106023053--106023098	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
106023065--106023108	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
106025989--106026093	43	2.6	39	74	19	99	60	6	1	31	1.34
106026056--106026108	16	3.2	16	80	15	63	60	3	3	32	1.32
106026066--106026119	17	3.2	16	79	7	63	62	1	1	33	1.16
106026056--106026128	33	2.2	33	82	5	83	58	5	2	32	1.35
106026376--106026411	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
106026448--106026504	23	2.4	25	86	13	77	57	8	0	33	1.29
106026634--106026686	27	2.0	26	82	14	63	64	1	3	30	1.22
106028023--106028607	292	2.0	289	93	1	1008	27	20	16	36	1.94
106030387--106030427	20	2.0	20	95	0	73	9	0	46	43	1.36
106032619--106032666	24	2.0	24	100	0	96	29	12	37	20	1.90
106034733--106034767	18	1.9	18	94	0	61	74	2	8	14	1.17
106038649--106038758	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106042078--106042120	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
106045880--106045976	40	2.5	38	73	6	104	34	36	12	17	1.87
106050797--106050853	24	2.4	24	74	11	62	19	21	14	45	1.85
106050811--106050863	24	2.2	24	82	3	61	20	18	15	45	1.85
106052757--106052794	17	2.2	17	90	4	58	73	7	0	18	1.06
106053838--106053871	16	2.1	16	94	0	59	23	0	35	41	1.55
106065213--106065384	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
106065206--106065381	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
106072760--106072931	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
106072755--106072928	46	3.8	46	79	13	203	29	29	21	20	1.98
106084534--106084690	54	3.0	53	84	8	212	43	19	24	12	1.86
106086030--106086224	103	1.9	103	83	7	252	30	15	27	26	1.96
106086057--106086372	148	2.1	148	91	4	514	32	16	26	24	1.96
106092277--106092309	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
106096154--106096338	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
106096147--106096338	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
106104175--106104359	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
106104168--106104359	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
106116226--106116338	42	2.7	43	76	5	113	28	18	23	29	1.98
106122748--106122777	14	2.1	14	100	0	60	13	13	43	30	1.82
106126177--106126219	12	3.6	12	83	0	50	25	48	0	25	1.51
106127147--106127176	15	1.9	16	93	6	53	73	0	6	20	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106135213--106135338	47	2.7	44	81	11	146	30	19	28	21	1.98
106135216--106135384	46	3.6	46	80	6	189	29	18	28	22	1.98
106139488--106139698	117	1.8	117	89	0	332	22	9	25	42	1.83
106140526--106140677	51	3.0	51	88	0	232	30	9	25	34	1.87
106143820--106143920	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
106143820--106144002	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
106143861--106144047	80	2.3	80	79	3	189	24	22	29	24	1.99
106151910--106152093	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
106151952--106152138	80	2.3	80	79	3	189	24	22	29	24	1.99
106155803--106155882	32	2.5	33	76	13	85	27	10	18	43	1.82
106155904--106155950	16	2.8	17	83	6	51	21	0	34	44	1.52
106157392--106157452	25	2.5	25	81	7	72	21	31	16	31	1.95
106161626--106161850	40	5.6	40	81	2	263	23	26	24	25	2.00
106161590--106161850	80	3.3	80	81	3	285	24	26	24	25	2.00
106166735--106166783	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
106173980--106174028	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
106179616--106179654	6	6.3	6	82	5	51	17	5	0	76	0.96
106189611--106189747	46	3.0	46	86	0	184	26	31	7	35	1.84
106189721--106189835	47	2.4	47	92	0	185	25	29	11	33	1.91
106189820--106189851	16	2.0	16	100	0	64	12	37	18	31	1.88
106189773--106189898	63	2.0	63	95	0	225	21	31	14	32	1.93
106189836--106190073	96	2.5	97	93	1	406	28	29	10	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106189836--106190073	51	5.0	50	83	10	295	28	29	10	31	1.90
106200760--106200983	48	4.7	48	87	3	292	28	30	17	24	1.97
106204397--106204465	15	4.6	15	83	3	86	59	15	13	11	1.61
106208131--106208306	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
106208127--106208298	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
106211217--106211285	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
106211208--106211295	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
106213680--106213855	46	3.8	45	81	10	221	21	21	28	28	1.98
106213676--106213847	93	1.8	93	96	0	317	21	21	29	27	1.99
106219254--106219445	96	2.0	96	97	0	366	37	11	19	31	1.88
106227202--106227365	49	3.3	49	96	0	301	31	8	29	30	1.87
106227197--106227402	98	2.1	99	85	7	285	32	8	29	29	1.87
106227434--106227520	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
106228460--106228689	40	5.8	40	96	0	397	23	20	30	26	1.99
106232295--106232458	49	3.3	49	97	0	301	31	8	29	30	1.87
106232290--106232495	98	2.1	99	84	7	276	32	8	29	29	1.87
106232527--106232613	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
106238074--106238125	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
106238164--106238223	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
106245520--106245545	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
106250675--106250825	43	3.5	42	79	6	160	29	13	25	31	1.94
106254009--106254048	15	2.6	15	85	14	55	60	12	0	27	1.33
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106256550--106256837	84	3.4	84	81	3	274	28	19	17	35	1.94
106256583--106256833	84	3.0	84	84	2	290	30	18	17	33	1.94
106267990--106268136	49	3.0	49	97	0	285	31	8	29	30	1.86
106268109--106268161	26	2.0	26	100	0	106	26	7	37	28	1.83
106268060--106268211	75	2.0	75	100	0	304	30	7	32	29	1.86
106267987--106268309	173	1.9	173	98	0	628	31	8	30	30	1.87
106268135--106268467	49	6.9	49	91	3	532	32	8	29	29	1.86
106268011--106268259	124	2.0	124	97	0	471	30	8	31	29	1.87
106270754--106270992	40	6.1	40	94	1	385	23	21	30	23	1.99
106274359--106274714	49	7.4	49	93	2	596	32	8	30	29	1.87
106279838--106279913	34	2.2	35	79	6	84	38	15	11	34	1.84
106284611--106284661	24	2.1	24	88	0	75	37	1	37	23	1.66
106291326--106291376	24	2.1	24	92	0	84	35	1	39	23	1.66
106298008--106298058	24	2.1	24	92	0	84	35	1	39	23	1.66
106304663--106304713	24	2.1	24	92	0	84	35	1	39	23	1.66
106305736--106305783	24	2.0	24	95	0	87	37	8	27	27	1.85
106319499--106319534	2	18.5	2	94	5	65	50	0	50	0	1.00
106320967--106321035	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
106325741--106325900	29	5.5	30	87	8	222	33	13	25	28	1.93
106325741--106325900	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	28	1.93
106333767--106333926	29	5.5	30	87	8	195	33	13	25	27	1.94
106333796--106333926	59	2.3	57	92	5	210	34	14	25	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106333796--106333926	29	4.5	29	92	4	203	34	14	25	25	1.94
106338292--106338360	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
106343750--106343782	14	2.4	14	90	5	50	30	6	15	48	1.69
106349164--106349257	22	4.3	22	87	5	145	29	29	29	10	1.91
106349164--106349270	22	4.9	22	81	4	108	31	28	28	11	1.91
106349181--106349270	44	2.0	44	85	4	119	32	27	27	12	1.92
106349780--106349817	19	2.0	19	90	10	60	23	44	21	10	1.83
106351543--106351660	48	2.4	50	77	5	116	16	27	21	33	1.95
106351515--106351660	24	6.0	24	75	7	89	17	26	21	34	1.95
106353143--106353185	22	2.0	22	95	0	77	44	16	6	32	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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