genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.168.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  168  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51426373--51426420	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
51427046--51427092	13	3.7	13	83	16	55	46	2	23	27	1.63
51434040--51434109	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
51437456--51437488	13	2.5	13	95	0	57	6	12	54	27	1.60
51440382--51440432	6	8.3	6	77	12	50	72	0	0	27	0.85
51440393--51440432	20	2.0	20	95	0	71	72	0	0	27	0.85
51442596--51442627	16	2.0	16	100	0	64	50	31	6	12	1.65
51444031--51444148	29	4.1	29	86	0	137	25	16	30	27	1.96
51448480--51448626	29	5.2	29	84	5	151	28	14	31	25	1.94
51456497--51456521	6	4.2	6	100	0	50	32	0	68	0	0.90
51472313--51472502	27	7.1	27	86	2	224	39	21	10	29	1.85
51472313--51472532	54	4.1	53	83	8	241	39	20	10	30	1.86
51472321--51472531	27	7.9	27	80	9	200	40	19	9	29	1.83
51472321--51472535	81	2.7	80	82	6	256	40	19	10	29	1.85
51475433--51475633	40	5.0	40	91	2	289	21	24	27	25	1.99
51482388--51482494	40	2.7	40	83	0	133	30	22	22	24	1.99
51482438--51482580	40	3.6	40	80	3	137	26	22	26	24	2.00
51490008--51490197	94	2.0	94	96	0	353	32	11	23	33	1.90
51498199--51498229	14	2.2	14	100	0	62	54	6	6	32	1.51
51499286--51499339	27	2.0	27	85	7	74	46	3	1	48	1.30
51501724--51501832	37	2.9	37	91	0	173	29	31	16	22	1.96
51501979--51502113	48	2.8	48	89	0	207	29	28	8	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51502083--51502323	47	5.1	47	93	0	410	26	28	12	33	1.92
51502245--51502322	23	3.2	24	67	29	67	30	30	8	29	1.88
51508200--51508247	19	2.6	19	86	3	71	35	2	12	50	1.52
51511591--51511620	15	1.9	16	93	6	53	20	0	0	80	0.72
51513631--51513692	27	2.3	26	81	8	72	19	20	22	37	1.95
51513707--51513767	24	2.6	23	77	12	61	22	21	18	37	1.94
51517006--51517038	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
51518106--51518168	28	2.2	28	91	0	99	31	28	9	30	1.89
51518277--51518366	27	3.2	27	79	7	101	20	24	23	32	1.98
51518287--51518377	27	3.2	28	78	4	76	21	26	19	31	1.98
51525962--51526024	28	2.2	28	91	0	99	31	28	9	30	1.89
51526133--51526222	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
51526143--51526233	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
51526133--51526247	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
51532882--51533033	42	3.6	42	81	3	180	28	13	26	31	1.93
51541162--51541285	27	4.6	27	87	0	158	29	21	8	39	1.84
51541287--51541505	27	8.1	27	86	0	285	36	20	20	23	1.95
51541265--51541432	54	3.1	52	78	15	164	36	22	17	23	1.94
51541757--51541898	67	2.1	67	82	5	167	17	26	23	32	1.97
51542044--51542134	6	14.8	6	75	13	78	19	17	14	48	1.81
51542044--51542134	37	2.5	37	88	0	128	19	17	14	48	1.81
51542112--51542141	12	2.5	12	94	0	51	20	16	13	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51544107--51544233	27	4.7	27	88	0	164	29	22	9	38	1.86
51544229--51544478	27	9.3	27	83	0	284	36	18	20	25	1.94
51544992--51545082	6	14.8	6	75	13	78	19	17	14	48	1.81
51544992--51545082	37	2.5	37	87	0	128	19	17	14	48	1.81
51544995--51545079	31	2.8	30	82	12	93	20	17	15	47	1.83
51545051--51545089	12	3.2	12	88	0	60	17	17	15	48	1.81
51558912--51558961	27	1.9	26	84	8	66	16	22	22	40	1.91
51559020--51559074	24	2.3	24	87	6	76	16	20	20	43	1.88
51565606--51565644	18	2.2	18	86	13	55	15	20	46	17	1.84
51566232--51566307	32	2.4	32	86	0	98	26	23	26	23	2.00
51573218--51573284	35	1.9	35	85	11	93	40	20	5	32	1.77
51574462--51574500	18	2.2	18	85	0	51	61	0	10	28	1.28
51576417--51576455	17	2.2	17	86	4	51	17	38	23	20	1.93
51576508--51576548	17	2.3	18	83	4	57	19	43	21	14	1.87
51583658--51583691	16	2.1	17	88	5	52	58	8	11	20	1.59
51589449--51589493	23	2.0	23	82	8	56	48	15	0	35	1.45
51591987--51592233	40	6.2	39	73	14	181	23	23	27	26	2.00
51592026--51592210	79	2.3	80	84	2	239	23	23	26	27	2.00
51592029--51592243	119	1.8	118	85	7	301	24	22	26	26	2.00
51592027--51592233	79	2.6	77	76	8	209	23	23	26	26	2.00
51600755--51600938	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
51600795--51600983	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51608872--51609055	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
51608912--51609100	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
51612154--51612400	40	6.2	40	79	12	244	23	23	27	25	2.00
51612154--51612377	80	2.8	80	85	4	285	22	24	28	25	2.00
51612194--51612400	79	2.6	79	85	3	274	23	24	27	25	2.00
51618314--51618537	46	4.8	46	82	5	281	22	21	27	28	1.99
51618360--51618530	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
51620282--51620343	31	2.0	31	100	0	124	48	9	19	22	1.78
51621201--51621249	21	2.4	21	75	3	55	46	0	18	34	1.49
51621727--51621894	43	3.9	44	77	4	164	25	13	25	35	1.93
51622734--51622767	17	2.0	17	100	0	68	17	5	35	41	1.74
51631169--51631273	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
51631207--51631329	58	2.1	59	87	3	178	25	30	15	28	1.96
51631228--51631329	29	3.5	29	95	0	186	26	29	14	29	1.95
51633911--51634028	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
51633879--51634042	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
51641347--51641464	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
51641315--51641478	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
51644683--51644750	5	13.6	5	100	0	136	39	0	0	60	0.97
51649749--51649815	35	1.9	35	84	0	89	38	10	26	23	1.87
51651317--51651351	16	2.1	17	89	5	54	20	20	5	54	1.64
51664348--51664402	22	2.5	22	93	0	92	20	27	41	10	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51665437--51665578	71	2.0	71	90	0	221	33	24	12	28	1.92
51665608--51665817	47	4.5	46	76	12	171	24	31	17	27	1.97
51665608--51665769	46	3.5	45	81	9	173	22	31	18	27	1.97
51667970--51668223	39	6.4	40	91	3	376	24	22	27	25	2.00
51667970--51668223	79	3.2	80	90	5	376	24	22	27	25	2.00
51676017--51676259	40	6.1	40	94	1	384	23	23	27	25	2.00
51684235--51684355	46	2.6	46	85	2	154	28	29	19	22	1.98
51687033--51687157	46	2.7	46	96	0	223	20	21	28	28	1.98
51706059--51706090	16	2.0	16	100	0	64	37	12	12	37	1.81
51706421--51706470	22	2.3	22	82	6	57	36	28	12	24	1.91
51714631--51714789	29	5.4	29	97	1	300	37	13	23	24	1.92
51714601--51714789	58	3.2	59	93	2	308	36	13	24	25	1.92
51722186--51722376	58	3.2	59	93	2	312	36	14	24	25	1.93
51722216--51722376	88	1.8	87	97	1	304	37	14	24	24	1.92
51722216--51722376	29	5.5	29	97	1	304	37	14	24	24	1.92
51730785--51730968	28	6.4	29	92	3	284	35	14	25	25	1.93
51730785--51730968	57	3.2	57	91	3	282	35	14	25	25	1.93
51738321--51738511	58	3.2	59	93	2	312	36	14	24	25	1.93
51738351--51738511	88	1.8	87	97	1	304	37	14	24	24	1.92
51738351--51738511	29	5.5	29	97	1	304	37	14	24	24	1.92
51744611--51744648	20	1.9	20	88	0	58	26	10	10	52	1.68
51748444--51748567	42	2.9	42	80	7	142	32	24	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51752957--51753079	43	2.9	42	80	8	133	24	20	26	28	1.99
51752960--51753094	43	3.2	42	74	17	118	26	17	26	28	1.98
51755971--51756025	28	2.0	28	92	0	92	30	16	29	23	1.96
51762233--51762264	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
51763716--51763847	28	4.7	29	82	5	155	25	15	29	29	1.96
51763707--51763840	56	2.4	56	91	2	207	27	14	29	29	1.95
51767157--51767301	37	3.9	37	91	0	236	24	32	18	24	1.97
51767346--51767814	48	9.8	48	96	0	830	32	25	6	35	1.82
51774583--51774824	108	2.3	110	80	6	257	23	23	16	35	1.95
51774578--51774831	55	4.8	53	77	7	214	23	23	16	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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