genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  116  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33857722--33857851	27	4.8	27	88	3	181	41	21	16	20	1.90
33857858--33858072	27	8.0	27	77	7	188	24	14	19	41	1.88
33857858--33858074	54	4.0	54	80	2	229	24	14	18	41	1.88
33857869--33858074	81	2.5	80	85	3	268	23	14	19	42	1.88
33858401--33858450	18	2.8	18	90	0	73	24	20	12	44	1.85
33863710--33863907	50	4.0	50	85	1	245	26	19	26	28	1.99
33868895--33869199	47	6.4	48	78	12	292	23	30	19	25	1.98
33868895--33869198	141	2.1	141	84	8	395	23	30	19	25	1.98
33868895--33869200	94	3.2	92	79	12	336	23	30	19	26	1.98
33888176--33888445	47	5.8	47	73	10	173	21	32	20	25	1.98
33888231--33888445	46	4.6	45	71	14	143	22	30	19	27	1.98
33898438--33898661	47	4.8	47	76	9	165	23	32	18	25	1.97
33898494--33898707	46	4.6	45	75	11	164	23	29	18	28	1.98
33903168--33903204	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
33906222--33906388	46	3.6	45	83	6	185	25	19	32	22	1.98
33906271--33906431	46	3.6	44	85	8	184	23	20	31	24	1.98
33909182--33909218	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
33914719--33914766	25	1.9	25	95	0	87	41	12	25	20	1.87
33918825--33918866	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
33932209--33932433	114	2.0	114	98	0	432	46	20	9	23	1.79
33933223--33933266	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
33933614--33933708	45	2.1	46	84	9	124	11	32	28	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33940499--33940608	39	2.8	41	83	12	133	23	25	29	21	1.99
33940496--33940624	40	3.2	40	80	6	156	23	24	28	24	1.99
33946015--33946165	40	3.8	40	80	6	164	26	22	27	23	2.00
33954010--33954153	40	3.6	40	79	5	150	27	24	27	20	1.99
33954047--33954176	40	3.2	40	79	2	145	24	23	27	23	2.00
33959553--33959666	43	2.7	42	75	10	115	29	25	14	30	1.94
33970006--33970060	27	2.0	27	92	0	92	50	5	0	43	1.25
33970339--33970381	22	2.0	22	86	9	61	9	11	4	74	1.20
33979386--33979447	30	2.1	30	87	0	88	32	22	8	37	1.83
33984098--33984133	16	2.2	16	90	0	54	22	16	16	44	1.86
33984104--33984134	16	1.9	16	100	0	62	25	12	12	48	1.77
33987148--33987203	28	2.0	28	96	0	103	39	12	10	37	1.78
33988390--33988486	51	1.9	51	87	4	142	25	27	13	32	1.93
33988510--33988638	52	2.5	52	93	2	224	23	24	15	36	1.94
33988510--33988638	24	4.9	27	83	14	171	23	24	15	36	1.94
33991233--33991329	51	1.9	51	89	4	151	25	26	13	34	1.93
33991365--33991492	24	5.0	24	82	12	157	24	22	14	38	1.92
33991353--33991492	52	2.7	52	82	13	180	24	24	14	37	1.92
33991353--33991496	28	5.4	27	83	12	192	25	25	13	36	1.93
33998515--33998587	37	2.0	37	97	0	137	24	32	17	24	1.97
33998728--33999964	48	25.8	48	94	0	2051	30	27	6	36	1.82
34002449--34002759	40	7.8	40	92	0	514	27	29	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34004258--34005211	48	19.9	48	95	0	1613	30	27	6	35	1.82
34004653--34004724	20	3.2	20	66	26	54	29	26	9	34	1.88
34006581--34006744	40	4.1	40	91	3	233	25	29	23	21	1.99
34011014--34011368	40	8.9	40	92	0	586	27	29	21	21	1.98
34012847--34013653	48	16.9	48	95	0	1348	30	27	6	35	1.82
34013397--34013477	28	3.2	28	60	26	70	28	29	6	35	1.81
34022316--34022407	25	3.8	24	71	7	78	27	18	32	21	1.97
34024819--34024862	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
34026646--34026742	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
34029115--34029158	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
34030946--34031041	28	3.5	28	92	4	151	45	25	8	20	1.79
34036220--34036447	48	4.9	48	73	8	191	28	24	20	26	1.99
34039077--34039248	46	3.7	46	74	13	163	20	20	29	30	1.97
34043462--34043694	120	1.9	120	86	5	328	25	20	26	27	1.99
34043462--34043687	40	5.7	40	87	4	296	24	20	26	28	1.99
34044418--34044442	10	2.5	10	100	0	50	32	20	32	16	1.94
34046875--34047037	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
34046875--34047071	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
34054407--34054569	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
34054407--34054603	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	33	1.95
34055927--34055981	24	2.3	24	78	3	67	41	1	1	54	1.21
34056626--34056655	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34057035--34057334	150	2.0	150	94	0	528	42	10	8	39	1.69
34057704--34057760	27	2.1	27	84	12	73	33	0	0	66	0.92
34059556--34059607	20	2.5	20	90	3	77	73	7	11	7	1.26
34060138--34060465	150	2.2	150	85	2	446	56	7	7	28	1.54
34060739--34060786	19	2.5	20	89	3	71	10	10	6	72	1.26
34074847--34074945	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
34077605--34077787	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
34081335--34081363	14	2.1	14	100	0	58	51	0	20	27	1.47
34086041--34086131	37	2.4	37	94	1	155	25	31	18	24	1.97
34086217--34086710	49	9.9	49	87	7	649	30	27	8	33	1.86
34086283--34086383	48	2.1	48	100	0	202	33	26	5	33	1.81
34093028--34093159	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
34099727--34099780	25	2.3	23	82	14	74	75	1	16	5	1.07
34107577--34107628	28	2.0	25	88	11	77	76	1	15	5	1.05
34113946--34114058	57	2.0	57	85	0	154	29	16	27	26	1.97
34113948--34114085	28	4.9	28	74	5	107	26	18	27	27	1.98
34120414--34120580	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
34120430--34120580	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
34128393--34128557	40	4.2	40	79	5	167	24	27	21	25	1.99
34128409--34128517	38	2.8	37	84	5	128	24	30	22	22	1.99
34128409--34128556	78	1.9	77	83	6	192	24	28	22	25	1.99
34129382--34129427	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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34144573--34144806	98	2.4	97	84	5	283	27	20	28	23	1.99
34147610--34147720	57	1.9	57	96	0	204	29	9	26	35	1.87
34151214--34151541	50	6.7	50	78	6	289	29	20	27	23	1.99
34155803--34155859	30	1.9	30	89	7	89	28	26	26	19	1.99
34157009--34157051	16	2.7	16	79	13	52	16	6	4	72	1.24
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34163055--34163205	58	2.6	58	89	2	196	27	15	31	24	1.96
34163054--34163243	87	2.2	87	81	3	213	26	16	32	25	1.96
34170408--34170485	39	2.0	39	100	0	156	35	20	17	25	1.95
34172994--34173129	42	3.2	43	73	9	116	32	23	16	27	1.96
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34180420--34180494	20	3.5	20	69	15	60	24	12	25	38	1.89
34180417--34180513	45	2.2	44	90	5	153	26	11	23	38	1.89
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34185565--34185721	86	1.8	85	82	11	205	31	27	17	23	1.97
34192670--34192828	43	3.7	42	82	4	176	32	23	18	25	1.97
34210232--34210509	49	5.9	49	72	14	174	25	29	17	27	1.98
34211823--34211986	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
34211823--34212020	71	2.8	70	91	3	267	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34219403--34219565	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
34223360--34223516	43	3.7	43	75	6	156	32	23	15	28	1.95
34227236--34227443	40	5.2	40	80	4	213	26	23	26	24	2.00
34235176--34235242	29	2.3	29	92	2	107	16	35	5	41	1.73
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34248050--34248227	92	1.9	93	86	6	254	29	19	29	21	1.98
34251921--34251992	32	2.2	32	90	0	117	26	12	26	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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