genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  185  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57155307--57155458	40	3.8	40	77	10	141	23	25	23	28	1.99
57155307--57155456	80	1.9	80	82	8	189	22	26	23	28	1.99
57163089--57163255	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
57165275--57165416	40	3.5	40	83	1	124	27	22	26	23	1.99
57165314--57165442	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
57169676--57169732	27	2.2	26	81	6	62	29	15	21	33	1.94
57173816--57173892	20	3.8	20	98	0	145	25	28	24	20	1.99
57175138--57175255	5	23.6	5	68	15	57	33	5	0	60	1.25
57175116--57175255	24	5.4	25	67	27	71	33	5	0	60	1.26
57175169--57175252	23	3.7	23	78	7	84	32	4	1	61	1.24
57181718--57181960	49	4.9	49	80	5	283	28	27	18	25	1.98
57181729--57181960	100	2.4	97	83	4	286	28	28	18	25	1.98
57182601--57182660	30	2.0	30	83	6	77	28	25	8	38	1.84
57185068--57185094	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
57187739--57187983	49	4.9	49	79	3	274	28	26	18	26	1.98
57187752--57187977	100	2.3	98	84	2	272	29	26	18	26	1.98
57188630--57188689	30	2.0	30	83	6	77	30	26	6	36	1.82
57196321--57196867	206	2.7	205	91	1	864	31	18	22	28	1.97
57197404--57197457	20	2.7	20	97	0	99	33	29	18	18	1.95
57198703--57198818	5	23.4	5	68	14	53	34	6	1	57	1.33
57200712--57200744	16	2.1	16	88	5	50	39	0	3	57	1.14
57203390--57203453	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57203646--57203789	24	6.0	24	87	8	195	29	20	20	29	1.98
57203843--57203885	20	2.2	20	100	0	86	32	18	11	37	1.87
57205320--57205487	40	4.2	40	82	1	176	24	26	23	25	2.00
57212475--57212641	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
57213953--57213988	8	4.5	8	92	0	63	11	22	22	44	1.84
57222082--57222248	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
57229727--57229875	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
57229768--57229875	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
57231592--57231720	53	2.4	53	76	2	143	31	10	19	39	1.85
57231592--57231720	27	4.9	26	74	7	107	31	10	19	39	1.85
57233251--57233582	47	7.1	47	91	2	488	34	11	28	25	1.91
57233327--57233492	22	7.1	22	63	27	67	33	13	28	24	1.94
57233556--57233674	46	2.6	46	91	0	202	34	9	31	25	1.87
57235946--57236071	6	20.3	6	70	20	73	49	13	15	21	1.79
57235948--57236041	37	2.5	37	87	0	125	47	13	18	20	1.82
57235992--57236071	31	2.5	31	91	2	124	51	15	13	20	1.76
57236208--57236309	27	3.8	26	83	5	114	38	20	21	19	1.94
57236468--57236532	22	3.0	21	73	13	60	32	21	24	21	1.98
57236960--57237287	27	12.2	27	84	4	369	24	21	19	33	1.97
57236960--57237287	134	2.4	134	86	3	444	24	21	19	33	1.97
57237269--57237341	27	2.7	26	68	8	65	32	9	23	34	1.87
57237323--57237666	27	12.8	26	82	3	301	31	9	20	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57237412--57237666	54	4.7	54	90	0	375	30	8	20	40	1.82
57239522--57239604	41	2.0	41	92	0	139	36	14	19	30	1.91
57249752--57249854	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
57257469--57257571	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
57262858--57262916	29	2.0	31	80	12	70	38	0	20	40	1.53
57265234--57265405	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
57265226--57265401	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
57270180--57270218	9	4.3	9	84	9	53	76	0	0	23	0.78
57270180--57270215	19	1.9	18	88	5	54	77	0	0	22	0.76
57272348--57272513	40	4.2	40	89	0	244	25	26	22	24	2.00
57277658--57277835	45	3.9	45	80	8	207	30	26	14	28	1.95
57277649--57277835	93	2.0	94	86	1	259	31	25	15	27	1.96
57278089--57278184	31	3.3	31	65	21	89	32	18	4	44	1.69
57278080--57278190	56	2.0	56	96	0	204	33	19	5	41	1.75
57283564--57283599	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
57284946--57285073	29	4.5	29	91	4	181	36	14	24	24	1.93
57284946--57285073	59	2.3	55	90	5	193	36	14	24	24	1.93
57284971--57285073	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
57292985--57293057	30	2.5	30	93	2	121	32	13	27	26	1.94
57292985--57293061	29	2.6	29	84	10	111	32	12	27	27	1.93
57294812--57294848	15	2.5	15	95	0	65	29	21	21	27	1.99
57301162--57301304	49	3.0	48	88	7	202	23	16	29	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57309062--57309096	19	1.9	18	88	11	54	40	2	5	51	1.40
57315002--57315043	11	4.1	10	88	11	59	19	0	28	52	1.46
57316986--57317254	47	5.8	46	78	11	228	27	18	30	23	1.98
57316984--57317249	94	2.8	92	84	6	322	27	18	30	24	1.98
57319635--57319664	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
57321052--57321311	47	5.6	45	73	13	179	24	31	19	25	1.98
57320953--57321311	94	3.8	93	77	6	341	23	30	19	26	1.98
57324799--57325006	40	5.2	40	83	2	240	26	25	21	25	2.00
57329461--57329590	40	3.2	40	77	6	147	23	23	27	24	2.00
57329423--57329590	80	2.1	80	82	6	207	26	23	26	23	2.00
57333369--57333633	47	5.7	46	77	8	205	29	15	29	25	1.96
57333369--57333570	94	2.2	93	82	7	232	31	16	27	24	1.96
57333369--57333636	94	2.9	94	78	8	226	30	15	28	25	1.96
57336402--57336518	27	4.3	27	80	1	135	32	17	13	35	1.89
57336512--57336612	27	3.7	28	85	6	136	40	20	18	19	1.92
57336509--57336639	54	2.4	54	84	0	163	40	19	19	21	1.92
57336509--57336639	27	4.9	27	81	7	131	40	19	19	21	1.92
57337029--57337096	34	2.0	34	88	0	100	35	23	17	23	1.95
57341937--57342012	40	1.9	40	86	0	107	32	15	22	28	1.95
57344248--57344502	55	4.8	53	75	12	215	36	17	24	21	1.95
57347608--57347777	84	2.0	84	95	0	304	25	10	24	39	1.87
57348108--57348138	15	2.1	15	93	0	53	48	9	16	25	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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57361525--57361687	40	4.1	39	80	10	186	25	22	27	25	2.00
57363275--57363529	55	4.8	54	78	12	244	35	16	26	21	1.94
57363285--57363482	108	1.8	110	91	4	330	33	16	26	23	1.95
57368231--57368265	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
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57387359--57387512	80	1.9	80	83	0	200	28	24	25	21	1.99
57387403--57387566	40	4.1	40	77	7	136	27	26	27	18	1.98
57387401--57387580	80	2.3	80	79	4	177	28	25	26	19	1.99
57390535--57390604	29	2.4	29	88	4	97	27	15	31	25	1.96
57397686--57397711	11	2.4	11	100	0	52	50	0	19	30	1.48
57401890--57401964	28	2.6	28	83	10	80	44	2	21	32	1.66
57404870--57405110	101	2.4	101	86	1	322	26	14	25	33	1.95
57413138--57413188	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
57419745--57419947	40	5.1	40	85	3	241	26	28	21	24	1.99
57423809--57423935	27	4.7	27	79	3	148	25	21	18	34	1.96
57425359--57425519	29	5.6	29	85	2	171	24	32	15	27	1.95
57431047--57431116	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
57431047--57431128	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
57438968--57439037	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57438968--57439049	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
57442314--57442485	93	1.8	93	90	2	274	27	30	20	21	1.98
57442306--57442480	46	3.8	45	78	10	183	28	29	20	21	1.98
57442357--57442500	46	3.1	44	71	21	116	29	28	20	22	1.98
57450303--57450433	45	3.0	46	84	6	157	26	28	20	24	1.99
57450431--57450702	38	7.1	38	86	3	348	29	23	23	23	1.99
57450431--57450702	115	2.4	116	88	3	399	29	23	23	23	1.99
57457829--57457929	51	2.0	51	100	0	202	21	41	13	22	1.89
57468098--57468337	47	5.1	47	91	1	401	34	12	27	25	1.92
57468101--57468337	93	2.5	94	98	0	458	34	12	27	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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