Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  426  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
131562461--131562532
21
3.2
21
66
27
58
40
11
23
25
1.87
131562460--131562778
46
7.0
46
85
1
381
41
13
23
21
1.89
131562460--131562778
137
2.3
138
85
2
410
41
13
23
21
1.89
131563080--131563186
26
4.2
26
93
2
180
31
5
25
37
1.79
131563080--131563179
51
1.9
52
95
2
184
32
5
26
37
1.78
131565893--131565968
25
3.2
25
66
27
74
22
21
13
43
1.86
131565625--131565990
46
8.0
46
93
0
509
20
23
14
40
1.90
131568133--131568184
11
4.7
11
76
9
52
63
3
0
32
1.12
131569716--131569748
17
2.0
17
94
5
59
48
0
15
36
1.45
131571721--131571772
20
2.7
19
79
5
59
63
1
3
30
1.23
131573954--131574110
28
5.9
27
68
12
85
47
0
12
40
1.41
131575839--131575973
52
2.6
52
81
5
164
28
16
24
30
1.96
131582090--131582133
23
1.9
23
95
0
79
29
11
11
47
1.74
131584432--131584521
3
30.7
3
69
12
53
63
4
3
28
1.30
131584900--131584995
27
3.6
27
75
8
106
50
0
9
40
1.35
131584904--131585008
53
2.0
53
88
0
156
47
0
8
43
1.34
131585829--131586336
168
3.0
167
86
4
718
11
22
19
46
1.81
131588038--131588073
7
5.0
7
86
6
54
66
0
2
30
1.06
131588038--131588073
15
2.5
14
86
8
54
66
0
2
30
1.06
131588091--131588163
10
7.2
10
73
18
62
60
0
5
34
1.20
131588305--131588377
12
6.1
12
72
10
51
61
0
5
32
1.19
131590071--131590881
44
18.4
43
86
4
975
29
26
13
30
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
131590071--131590881
132
6.1
132
86
2
1074
29
26
13
30
1.94
131596267--131596350
28
3.0
28
87
1
114
47
30
2
19
1.62
131601874--131601933
30
2.0
30
93
0
102
18
25
15
41
1.89
131605917--131606000
26
3.2
26
96
0
150
33
4
25
36
1.77
131607477--131607529
26
2.0
26
85
7
72
37
22
15
24
1.92
131611642--131611724
26
3.2
26
93
1
132
34
4
22
37
1.76
131613191--131613239
25
2.0
25
84
8
64
38
20
16
24
1.92
131614876--131614900
12
2.1
12
100
0
50
20
32
16
32
1.94
131618672--131618757
19
4.7
19
91
7
142
37
11
13
37
1.82
131618662--131618757
36
2.6
35
77
19
106
37
11
13
37
1.81
131621867--131621893
13
2.1
13
100
0
54
77
0
7
14
0.97
131625041--131625198
83
1.9
83
92
0
262
27
20
19
32
1.97
131625339--131625887
111
4.9
111
97
0
1010
24
22
20
32
1.98
131625124--131625888
222
3.4
222
91
3
1120
26
21
19
32
1.97
131625124--131625887
333
2.2
337
89
4
1144
25
21
19
32
1.97
131638048--131638091
18
2.4
18
78
14
54
29
0
2
68
1.02
131637425--131638292
368
2.3
372
98
1
1692
35
14
10
38
1.82
131638380--131638447
24
2.8
24
86
8
102
27
19
7
45
1.76
131638624--131638678
15
3.8
15
80
9
78
45
0
0
54
0.99
131638793--131639025
9
25.4
9
73
12
127
47
12
0
39
1.47
131638779--131638906
27
4.8
25
77
16
116
46
13
0
39
1.48
131638779--131638901
43
3.0
42
76
14
132
47
13
0
39
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
131638827--131639016
106
1.8
105
84
3
265
47
11
1
39
1.47
131638873--131639025
71
2.2
69
84
4
191
48
11
1
38
1.48
131638752--131639025
149
1.8
149
85
4
383
47
12
1
39
1.48
131638979--131639075
43
2.3
43
77
10
108
46
13
2
38
1.55
131645115--131645473
43
8.3
43
91
1
558
24
35
19
20
1.96
131645647--131645686
15
2.4
17
88
12
57
30
5
7
57
1.48
131648267--131648310
19
2.3
19
88
0
61
25
6
13
54
1.63
131649163--131649226
29
2.3
27
78
5
74
67
26
3
3
1.21
131650001--131650026
3
8.7
3
100
0
52
34
0
0
65
0.93
131652627--131652911
136
2.1
136
97
0
543
31
25
18
24
1.97
131653159--131653211
26
2.0
27
85
7
74
24
13
22
39
1.90
131654689--131654798
26
4.2
26
93
4
170
37
23
4
34
1.75
131657636--131657735
15
7.0
13
70
24
53
28
8
0
64
1.22
131657625--131657687
29
2.2
28
81
13
74
28
9
0
61
1.27
131657654--131657699
15
2.9
15
90
6
65
26
6
0
67
1.15
131657666--131657732
21
3.0
23
76
21
72
29
5
0
64
1.17
131658854--131659072
35
6.3
35
94
0
377
28
15
26
28
1.96
131659256--131659547
35
8.4
35
87
1
363
28
14
25
31
1.94
131658682--131659472
401
2.0
401
93
0
1366
31
17
21
29
1.96
131660168--131660221
22
2.4
22
84
3
63
14
12
12
59
1.62
131662162--131662236
11
6.9
10
73
18
53
21
16
4
58
1.54
131662152--131662234
22
3.8
22
73
12
62
21
13
4
60
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
131662150--131662234
33
2.6
31
76
10
89
21
12
4
61
1.50
131663447--131663486
18
2.2
19
79
20
50
60
0
0
40
0.97
131663448--131663516
32
2.3
30
81
13
81
59
1
0
39
1.06
131670664--131670726
30
2.1
30
93
0
108
57
14
3
25
1.52
131670756--131670798
22
2.0
22
90
0
68
55
6
13
23
1.62
131671194--131671251
30
1.9
31
92
3
100
17
15
13
53
1.73
131673773--131673827
16
3.4
16
80
5
67
38
5
25
30
1.79
131673906--131673959
16
3.4
16
92
0
90
37
3
25
33
1.74
131673945--131674033
44
2.0
46
86
8
130
31
4
25
38
1.76
131674108--131674156
26
1.9
26
87
4
73
38
0
8
53
1.31
131677400--131677483
26
3.2
26
91
0
132
34
20
7
38
1.80
131680027--131680073
2
23.5
2
91
0
76
46
0
4
48
1.21
131681690--131681876
2
93.0
2
96
1
338
0
49
1
49
1.12
131691442--131691474
15
2.2
15
94
0
57
78
0
21
0
0.75
131692217--131692245
5
5.8
5
100
0
58
82
0
0
17
0.66
131696010--131696037
14
2.0
14
100
0
56
0
57
0
42
0.99
131696734--131696793
11
5.2
11
75
16
50
33
3
3
60
1.30
131696735--131696798
25
2.6
25
76
11
69
34
3
3
59
1.29
131696827--131696868
23
1.9
23
85
9
61
35
9
2
52
1.47
131700819--131700854
12
3.0
12
87
0
54
30
27
2
38
1.71
131720177--131720209
16
2.1
16
100
0
66
42
6
12
39
1.67
131722887--131722939
16
3.6
15
80
19
67
67
3
7
20
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
131722884--131722939
28
2.0
29
93
6
98
64
3
8
23
1.38
131725852--131725918
14
4.9
14
79
18
79
80
0
1
17
0.79
131725845--131725925
6
13.7
6
88
8
98
81
0
1
17
0.76
131732808--131733037
123
1.9
122
96
0
424
51
3
20
24
1.62
131736701--131736734
12
2.8
12
90
0
50
11
17
44
26
1.83
131738401--131738864
200
2.3
202
96
0
860
43
6
11
38
1.67
131739114--131739168
23
2.3
24
76
17
62
34
3
5
56
1.40
131739377--131739436
23
2.6
23
79
10
61
33
5
3
58
1.36
131739113--131740115
133
7.5
133
93
3
1616
28
8
5
56
1.53
131739113--131740115
535
1.9
528
92
2
1686
28
8
5
56
1.53
131740064--131740160
35
2.8
33
76
20
90
24
7
1
67
1.23
131740133--131740193
16
3.8
16
74
8
61
19
8
1
70
1.21
131740493--131740521
10
2.7
11
94
5
51
62
3
0
34
1.12
131740593--131740625
7
4.7
7
88
11
50
0
18
0
81
0.68
131740596--131740625
13
2.3
13
100
0
60
0
16
0
83
0.65
131740662--131740702
13
3.2
13
89
3
66
0
26
0
73
0.84
131740669--131740712
14
3.4
13
81
18
56
0
27
0
72
0.85
131740901--131740939
11
3.5
11
80
13
53
10
10
5
74
1.21
131740891--131740937
22
2.1
22
96
0
85
14
10
4
70
1.31
131742566--131742602
9
4.4
9
80
19
53
32
0
0
67
0.91
131742566--131742602
16
2.2
16
90
4
56
32
0
0
67
0.91
131742731--131742786
28
2.2
25
80
20
71
28
8
7
55
1.57
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
131742711--131742865
60
2.6
59
75
6
150
26
12
10
50
1.73
131743075--131743161
26
3.2
26
70
17
77
54
8
13
24
1.66
131743014--131743171
60
2.7
58
83
8
196
46
11
16
25
1.80
131747736--131747766
14
2.2
14
100
0
62
35
25
12
25
1.92
131757870--131757906
6
6.2
6
90
0
56
21
35
0
43
1.53
131767007--131767104
28
3.6
27
77
5
90
28
27
14
29
1.95
131767000--131767077
28
2.8
28
84
1
95
29
24
11
34
1.91
131771664--131771723
11
5.2
11
75
16
50
60
3
3
33
1.30
131771663--131771722
25
2.5
24
76
15
68
60
3
3
33
1.30
131772418--131772445
14
2.0
14
100
0
56
42
0
57
0
0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438