genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.397.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  397  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123747403--123747521	62	1.9	61	79	5	132	44	7	10	36	1.68
123748873--123748936	28	2.3	28	83	0	74	35	18	23	21	1.95
123755178--123756147	493	2.0	486	86	4	1360	32	15	15	35	1.90
123756988--123757033	24	1.9	24	86	0	65	52	2	0	45	1.13
123757943--123758019	31	2.4	32	80	10	86	50	2	16	29	1.59
123758550--123758585	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
123759132--123759175	18	2.4	18	85	11	54	61	2	4	31	1.28
123759279--123759311	9	3.3	10	87	12	50	24	0	3	72	0.98
123759269--123759299	16	1.9	16	93	0	53	25	0	0	74	0.82
123759279--123759316	20	1.9	19	89	5	58	28	0	2	68	1.03
123765101--123765230	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
123765117--123765268	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
123765117--123765266	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
123773105--123773234	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
123773121--123773272	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
123773121--123773270	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
123777166--123777199	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
123780147--123780273	28	4.6	27	80	11	143	28	15	28	27	1.96
123780148--123780273	54	2.3	56	82	12	154	28	15	27	27	1.96
123780122--123780271	82	1.8	81	91	1	246	29	17	26	27	1.97
123784818--123784855	8	4.9	8	87	6	51	18	0	2	78	0.86
123800167--123800268	41	2.5	41	88	3	152	44	20	18	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123800239--123800456	41	5.3	41	93	0	339	29	25	24	20	1.99
123800878--123800924	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
123801346--123801528	81	2.2	82	88	3	271	39	15	19	25	1.91
123802386--123802419	14	2.4	14	100	0	68	64	23	11	0	1.26
123806909--123806956	21	2.3	21	96	0	87	20	20	58	0	1.40
123807250--123807380	43	3.1	43	92	4	230	21	21	22	34	1.97
123808389--123808528	60	2.3	59	80	8	149	25	23	20	30	1.99
123810910--123810964	3	18.3	3	100	0	110	65	0	0	34	0.93
123813136--123813275	60	2.3	59	79	8	140	25	23	20	30	1.98
123813277--123813319	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
123815650--123815704	3	18.3	3	100	0	110	65	0	0	34	0.93
123821424--123821457	16	2.1	16	94	0	59	70	8	5	14	1.31
123823702--123823736	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
123826967--123826993	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
123842707--123842746	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
123853308--123853360	20	2.7	20	88	5	81	37	13	20	28	1.90
123857112--123857168	30	1.9	30	89	7	89	21	31	29	17	1.96
123860720--123860821	29	3.5	29	100	0	204	27	28	14	29	1.95
123860692--123860821	58	2.2	58	90	2	199	26	30	14	27	1.95
123868365--123868393	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
123868427--123868558	29	4.6	29	85	1	97	25	31	16	25	1.96
123868426--123868558	58	2.3	59	81	5	146	25	31	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123887539--123887618	39	2.1	39	100	0	160	25	20	22	32	1.98
123907145--123907182	13	3.0	13	84	7	51	31	0	0	68	0.90
123907357--123907382	11	2.4	11	100	0	52	57	15	0	26	1.38
123907440--123907479	21	1.9	21	89	0	62	62	7	12	17	1.52
123911690--123911770	28	2.9	28	85	1	101	48	19	11	20	1.79
123911699--123911778	27	2.9	27	81	5	81	46	20	11	22	1.82
123914788--123914827	15	2.5	17	84	15	59	50	2	0	47	1.14
123919584--123919621	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
123920175--123920204	14	2.2	14	94	5	53	0	13	0	86	0.57
123924382--123924413	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
123924409--123924471	27	2.3	26	78	10	72	50	9	0	39	1.35
123924438--123924467	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
123925836--123925920	41	2.1	41	97	0	161	44	7	25	22	1.78
123926089--123926161	5	14.4	5	83	13	80	79	0	1	19	0.81
123926089--123926163	27	2.7	26	88	11	98	78	0	1	20	0.82
123926115--123926163	6	8.7	6	95	4	77	81	0	0	18	0.69
123929843--123929890	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
123929885--123929947	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
123929914--123929943	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
123933689--123933758	30	2.3	30	100	0	140	34	24	14	27	1.94
123934301--123934341	21	2.1	19	86	9	55	51	9	7	31	1.62
123937127--123937191	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123939034--123939169	26	5.2	26	92	0	227	36	24	5	33	1.78
123951148--123951179	15	2.2	15	94	5	57	3	12	0	84	0.74
123951123--123951185	25	2.4	27	82	7	69	6	15	3	74	1.15
123958939--123959000	14	4.8	13	75	13	56	69	1	0	29	0.98
123958924--123958998	26	3.2	24	82	15	88	69	1	0	29	0.97
123977297--123977401	40	2.6	40	80	0	111	28	23	24	22	1.99
123985252--123985377	40	3.2	40	80	6	125	26	23	27	23	2.00
123994008--123994224	118	1.8	118	84	0	299	31	11	23	33	1.90
123994183--123994310	40	3.2	40	81	4	134	26	23	27	22	2.00
124002131--124002256	40	3.2	40	80	8	127	25	23	27	23	2.00
124015104--124015137	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
124015616--124015685	27	2.5	28	95	2	124	30	12	25	31	1.93
124015616--124015697	27	3.0	27	87	5	76	30	14	23	31	1.94
124033556--124033638	31	2.7	30	89	7	123	27	26	15	30	1.96
124033859--124033928	25	2.8	25	88	0	104	24	21	25	28	1.99
124034718--124034795	27	2.9	27	75	11	79	20	20	23	35	1.96
124034836--124034933	27	3.6	27	78	10	90	35	10	14	39	1.80
124034895--124035022	27	4.7	27	80	5	118	28	9	20	41	1.83
124034900--124035022	54	2.3	54	85	5	160	28	8	21	41	1.83
124035044--124035143	27	3.7	27	79	1	112	33	7	26	34	1.83
124046446--124046586	72	2.0	72	98	0	273	23	26	26	22	2.00
124069832--124069882	24	2.2	23	82	10	59	62	1	9	25	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124071116--124071156	16	2.5	17	92	4	66	43	2	4	48	1.37
124073769--124073801	15	2.2	15	94	0	57	51	39	3	6	1.42
124083995--124084065	35	2.0	35	97	0	133	46	15	5	32	1.69
124087868--124087928	30	2.1	29	81	9	70	29	14	6	49	1.69
124088188--124088317	34	3.6	36	78	13	135	35	2	0	61	1.14
124088188--124088324	17	7.7	17	73	12	98	35	2	0	61	1.16
124088444--124088492	17	2.9	17	84	3	64	34	0	2	63	1.06
124100592--124101020	44	9.8	44	89	2	637	29	14	27	28	1.96
124102517--124102653	5	29.0	5	69	17	80	35	2	0	61	1.14
124102482--124102636	10	14.8	10	68	24	81	32	1	1	63	1.17
124102519--124102648	22	6.0	22	71	15	94	35	2	0	61	1.14
124102790--124102826	17	2.2	17	86	13	51	37	0	0	62	0.96
124102783--124102825	20	2.2	20	87	8	61	37	0	2	60	1.10
124102922--124102954	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
124110239--124110308	35	2.0	35	83	5	88	17	10	12	60	1.59
124124858--124124914	29	2.0	28	89	3	87	17	15	29	36	1.91
124131735--124131772	13	2.8	13	81	18	51	21	2	0	76	0.91
124137510--124137652	39	3.7	39	87	1	198	44	19	4	31	1.70
124137532--124137604	22	3.5	22	67	25	59	45	20	4	30	1.70
124148676--124148722	23	2.0	23	84	8	60	44	14	0	40	1.46
124150128--124150256	47	2.7	47	85	5	154	30	27	17	25	1.97
124155852--124155959	43	2.5	43	84	3	155	32	23	14	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124160626--124160661	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
124161965--124162096	59	2.3	58	95	1	237	37	14	24	23	1.92
124161935--124162096	88	1.8	89	89	1	254	36	14	24	24	1.93
124161965--124162096	29	4.5	29	96	1	237	37	14	24	23	1.92
124167541--124167614	29	2.6	29	86	4	96	27	32	14	25	1.95
124195343--124195372	14	2.1	14	93	0	51	83	0	16	0	0.65
124196599--124196766	40	4.2	40	79	8	173	26	22	26	24	2.00
124203998--124204164	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
124209215--124209298	42	2.0	42	95	0	150	50	11	10	27	1.72
124212570--124212617	23	2.1	23	100	0	96	31	22	20	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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