genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.374.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  374  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116796120--116796305	40	4.7	40	86	7	220	25	21	26	25	1.99
116796173--116796324	40	3.8	40	87	6	116	26	21	26	25	1.99
116796154--116796324	80	2.1	81	81	10	201	28	21	25	25	1.99
116804272--116804456	40	4.6	39	87	7	214	25	21	27	25	1.99
116804324--116804475	40	3.8	40	87	6	116	26	21	26	25	1.99
116804305--116804475	80	2.1	81	81	10	201	28	21	25	25	1.99
116806510--116806539	15	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
116810585--116810648	32	2.0	32	96	0	119	35	21	10	31	1.88
116812975--116813133	49	3.3	49	73	7	137	28	20	27	23	1.99
116815312--116815451	75	1.9	75	90	0	226	47	7	12	31	1.70
116815427--116815714	138	2.1	138	85	4	386	39	7	5	47	1.54
116816987--116817130	40	3.6	39	88	1	189	23	16	26	33	1.96
116816987--116817134	80	1.9	80	86	2	217	24	16	26	32	1.96
116827535--116827701	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
116827551--116827701	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
116828892--116829011	58	2.1	56	82	10	145	25	16	16	40	1.89
116835235--116835284	24	2.1	24	81	7	57	76	4	8	12	1.15
116858230--116858286	30	1.9	30	92	0	96	33	14	24	28	1.94
116861348--116861561	46	4.6	47	75	16	157	28	20	28	22	1.98
116862133--116862178	24	1.9	24	81	0	56	19	2	26	52	1.58
116867976--116868090	57	2.0	57	98	0	221	40	17	13	29	1.87
116868142--116868192	18	2.9	18	81	16	63	35	0	15	49	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116868212--116868249	12	3.2	12	92	0	58	36	2	13	47	1.56
116876207--116876329	40	3.1	39	84	4	156	31	23	17	26	1.97
116877614--116877893	138	2.0	138	86	1	391	44	6	9	39	1.62
116877851--116878005	77	2.0	75	83	8	197	33	10	7	48	1.66
116880356--116880473	46	2.6	46	83	4	159	23	29	16	30	1.96
116886560--116886595	14	2.5	14	90	4	54	30	2	0	66	1.06
116886615--116886662	17	2.5	20	83	12	66	29	0	2	68	1.01
116886566--116886670	18	5.5	18	72	20	79	32	1	1	63	1.16
116886617--116886729	26	4.1	28	70	18	69	33	1	2	61	1.20
116886689--116886730	22	1.9	22	90	9	68	35	2	0	61	1.09
116886780--116886815	18	1.9	19	88	5	56	38	0	2	58	1.13
116899600--116899724	4	31.2	4	98	0	241	24	0	25	50	1.50
116905126--116905220	25	3.8	25	80	4	111	30	20	22	27	1.98
116905423--116905585	27	6.0	27	86	2	220	24	22	18	34	1.96
116905424--116905706	54	5.0	53	75	14	217	25	20	18	36	1.95
116905550--116905629	40	2.0	40	97	0	151	23	17	21	37	1.94
116905589--116905707	27	4.4	26	80	11	141	25	18	19	36	1.94
116905521--116905651	67	1.9	68	90	4	212	24	19	19	36	1.95
116905468--116905706	122	2.0	121	86	5	340	24	19	19	37	1.94
116905697--116905849	27	5.7	28	80	5	147	28	7	21	41	1.81
116905842--116906158	27	11.7	27	87	0	391	41	6	22	30	1.79
116905723--116905874	81	1.9	81	80	5	182	31	5	22	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116905842--116906158	81	3.9	81	91	0	454	41	6	22	30	1.79
116909032--116909063	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
116913207--116913243	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
116914596--116914759	38	4.3	38	84	6	204	21	21	26	30	1.98
116920229--116920387	38	4.1	38	83	3	192	23	20	25	30	1.98
116940549--116940590	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
116970340--116970525	40	4.7	40	82	5	175	26	21	25	26	1.99
116970340--116970524	80	2.3	81	78	9	200	27	21	24	26	1.99
116970393--116970548	80	2.0	79	80	11	176	28	20	25	26	1.99
116978460--116978645	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
116978460--116978678	80	2.8	80	78	14	229	26	21	26	25	2.00
117008603--117008732	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
117008619--117008770	40	3.8	40	80	5	155	22	26	24	26	2.00
117008619--117008770	80	1.9	80	83	5	200	22	26	24	26	2.00
117023842--117023927	45	1.9	45	85	4	120	27	13	20	37	1.91
117028375--117028413	19	2.0	20	90	5	62	64	0	17	17	1.30
117038405--117038547	65	2.2	65	87	2	198	20	18	25	34	1.96
117049501--117049553	28	2.0	27	85	14	74	60	1	9	28	1.38
117050548--117050587	17	2.4	16	88	12	55	77	0	2	20	0.88
117051229--117051448	49	4.6	49	81	4	236	29	20	27	23	1.98
117051269--117051448	98	1.8	97	90	1	288	28	19	28	23	1.98
117054599--117054641	21	2.0	21	86	8	61	25	4	11	58	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117056543--117056590	22	2.1	23	84	3	62	31	0	14	54	1.41
117058564--117058684	43	2.9	41	81	7	127	28	13	26	32	1.93
117059396--117059429	15	2.3	15	89	0	50	11	2	41	44	1.56
117068918--117069029	43	2.6	42	80	8	120	30	15	24	30	1.95
117071497--117071604	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
117078564--117078671	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
117089374--117089485	43	2.6	42	80	8	120	31	15	24	29	1.95
117091953--117092060	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
117094570--117094691	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
117094793--117094958	49	3.4	49	94	0	287	28	32	9	28	1.89
117102909--117103016	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
117118708--117118749	21	2.2	18	87	12	57	33	9	4	52	1.55
117121847--117121936	42	2.1	43	83	6	112	24	14	26	34	1.94
117127765--117127889	6	20.3	6	67	16	69	47	13	18	20	1.82
117127786--117127889	31	3.4	31	86	2	138	45	13	20	21	1.85
117128008--117128067	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
117128422--117128649	27	8.5	27	79	8	216	24	21	18	36	1.95
117128420--117128649	53	4.3	54	82	6	256	23	20	19	36	1.95
117128416--117128646	80	2.9	81	83	6	292	24	21	19	35	1.96
117128430--117128641	107	2.0	107	87	3	311	24	21	17	36	1.95
117128684--117128973	27	10.7	27	82	0	283	31	9	19	40	1.83
117128741--117128973	27	8.6	27	85	0	295	30	9	19	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117130942--117131066	6	20.3	6	69	16	78	47	13	19	20	1.82
117130963--117131066	31	3.4	31	87	2	147	46	13	20	20	1.84
117131185--117131244	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
117131597--117131828	27	8.6	27	82	0	257	24	20	18	36	1.95
117131812--117131937	27	4.7	27	74	3	74	32	9	20	37	1.85
117131877--117132153	54	5.1	54	85	2	198	31	9	19	40	1.83
117131921--117132153	27	8.6	27	84	0	286	30	8	19	40	1.82
117134124--117134232	6	17.8	6	72	14	80	45	13	20	20	1.84
117134133--117134232	37	2.7	37	92	0	155	46	13	21	20	1.84
117134175--117134254	31	2.6	31	83	0	97	46	12	20	21	1.83
117134134--117134254	37	3.5	35	76	15	108	46	12	20	20	1.83
117134373--117134432	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
117134472--117134523	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
117134785--117135013	27	8.6	27	83	2	275	24	20	18	36	1.95
117134781--117135010	80	2.9	80	89	2	329	25	20	18	35	1.95
117134785--117135013	53	4.3	53	84	6	284	24	20	18	36	1.95
117135053--117135365	27	11.6	27	83	0	315	29	9	21	39	1.85
117135537--117135582	18	2.6	18	82	3	58	15	36	26	21	1.93
117136683--117136735	26	2.0	26	100	0	106	43	7	7	41	1.61
117142631--117142713	43	1.9	43	82	4	105	26	15	24	33	1.95
117146095--117146185	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
117146281--117146588	49	6.4	49	94	3	518	29	32	9	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117146281--117146588	94	3.2	96	93	3	521	29	32	9	28	1.88
117146281--117146581	143	2.1	143	92	3	496	29	32	9	28	1.88
117154004--117154318	48	6.4	48	83	13	376	28	8	31	30	1.88
117154004--117154318	91	3.2	93	84	12	343	28	8	31	30	1.88
117160097--117160264	40	4.2	40	79	4	151	24	27	23	25	2.00
117161500--117161536	18	2.1	18	90	5	58	0	13	5	81	0.86
117167038--117167106	28	2.4	29	85	7	88	33	11	24	30	1.91
117169849--117169981	66	2.0	66	95	0	239	36	27	12	24	1.91
117172011--117172055	20	2.2	20	84	7	56	37	13	2	46	1.55
117179906--117179942	16	2.3	16	95	0	65	35	5	8	51	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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