genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.361.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  361  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112736350--112736400	24	2.1	24	92	0	84	23	39	1	35	1.66
112742619--112742730	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
112742619--112742730	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
112761809--112761849	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
112762495--112762577	39	2.1	39	97	0	157	24	22	30	22	1.99
112771207--112771233	13	2.1	13	100	0	54	33	7	14	44	1.73
112772616--112773342	242	3.0	242	100	0	1454	29	19	29	21	1.97
112775634--112775666	16	2.1	16	88	11	50	66	0	24	9	1.20
112778942--112778981	19	2.1	19	100	0	80	42	0	27	30	1.56
112780915--112780948	14	2.4	14	100	0	68	35	14	14	35	1.87
112786973--112787070	37	2.6	37	78	9	101	40	28	13	17	1.87
112789934--112790101	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
112798403--112798574	46	3.8	44	75	10	148	22	19	28	29	1.98
112803267--112803302	18	2.0	18	100	0	72	38	22	11	27	1.88
112820482--112820664	40	4.6	40	80	11	207	27	27	20	24	1.99
112820449--112820664	79	2.7	81	80	11	243	27	26	19	25	1.99
112825612--112825965	49	7.3	49	93	1	581	31	8	30	29	1.86
112832654--112832845	40	4.8	41	81	10	184	26	26	21	26	2.00
112832638--112832845	79	2.6	81	82	8	232	26	25	21	26	1.99
112835925--112835954	9	3.3	9	100	0	60	20	0	0	80	0.72
112840367--112840398	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
112840367--112840397	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112847240--112847265	12	2.2	12	100	0	52	76	7	0	15	0.99
112851121--112851184	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
112851392--112851496	24	4.4	24	85	8	142	23	22	22	30	1.99
112851406--112851497	47	1.9	48	91	2	150	23	22	25	28	2.00
112851554--112851610	9	5.9	9	76	15	60	36	21	7	35	1.80
112851549--112851612	20	3.2	20	100	0	128	34	18	10	35	1.86
112851549--112851601	11	5.2	11	73	17	60	33	18	11	35	1.87
112866084--112866241	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
112866084--112866271	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
112874151--112874307	40	4.0	40	77	6	142	26	23	26	22	2.00
112874165--112874272	39	2.7	38	78	7	119	30	23	24	22	1.99
112887403--112887500	43	2.3	43	85	0	124	36	20	14	28	1.92
112889876--112890026	40	3.8	40	83	4	164	26	28	20	24	1.99
112889895--112890079	40	4.7	40	80	9	209	27	28	20	24	1.99
112889895--112890079	79	2.3	81	79	13	204	27	28	20	24	1.99
112892910--112893080	43	4.0	43	84	6	204	28	15	24	32	1.95
112892913--112893075	86	1.9	85	86	3	229	28	15	24	30	1.96
112895652--112895922	48	5.6	48	85	0	328	29	29	18	23	1.97
112895698--112895969	96	2.8	95	86	2	339	28	30	17	23	1.97
112895702--112895969	48	5.6	48	83	3	272	29	30	17	23	1.97
112895701--112895969	144	1.9	144	85	0	376	28	30	17	23	1.97
112902118--112902292	46	3.8	46	76	11	135	24	29	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112909386--112909534	51	2.9	51	93	2	255	28	25	14	31	1.94
112910578--112910636	28	2.1	28	96	0	109	38	22	10	28	1.86
112917674--112917846	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
112917671--112917841	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
112918071--112918108	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
112925607--112925644	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
112931204--112931365	43	3.8	42	81	4	164	25	18	27	29	1.98
112937732--112937772	15	2.7	15	88	0	64	58	9	19	12	1.61
112937734--112937781	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
112939437--112939469	17	1.9	17	100	0	66	36	30	15	18	1.91
112939392--112939519	68	1.9	68	87	6	188	34	23	15	26	1.95
112939579--112939678	24	4.0	24	80	10	110	24	24	17	35	1.95
112939567--112939685	52	2.3	52	83	0	166	26	25	15	32	1.96
112940813--112941045	118	2.0	118	93	1	396	22	16	17	43	1.87
112943918--112943973	28	2.0	28	100	0	112	39	21	0	39	1.54
112943919--112943965	15	3.3	15	72	22	55	40	17	0	42	1.49
112944735--112944765	16	1.9	16	93	0	53	38	12	6	41	1.69
112955906--112956076	43	4.0	42	78	10	179	31	27	16	23	1.97
112955901--112956060	84	1.9	83	83	7	207	31	28	16	24	1.96
112956578--112956630	28	1.9	27	85	11	72	26	20	3	49	1.66
112956868--112956918	25	2.0	25	100	0	102	11	23	7	56	1.61
112959439--112959501	26	2.4	26	89	0	90	38	3	33	25	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112962093--112962154	17	4.1	17	73	26	75	50	0	17	32	1.47
112962089--112962154	27	2.4	28	92	7	116	50	0	18	31	1.47
112962091--112962143	12	4.2	12	80	15	63	50	0	18	30	1.47
112964471--112964558	6	14.3	6	75	17	83	50	15	15	18	1.79
112964471--112964558	19	4.8	18	75	18	83	50	15	15	18	1.79
112964480--112964558	31	2.5	31	95	0	140	50	15	16	17	1.78
112964485--112964555	25	2.8	25	81	10	83	49	16	16	16	1.80
112964701--112964765	27	2.4	27	84	5	87	35	24	23	16	1.95
112966302--112966670	27	13.7	27	78	8	160	37	20	8	33	1.83
112966316--112966474	54	2.9	54	83	1	194	32	21	6	38	1.80
112966316--112966472	81	1.9	81	81	0	188	32	21	7	39	1.80
112966424--112966698	81	3.4	80	81	8	281	40	21	8	30	1.82
112966432--112966677	27	9.1	27	79	4	205	40	20	8	30	1.81
112966627--112966697	27	2.6	27	80	8	81	45	22	5	26	1.75
112966424--112966782	54	6.6	51	72	13	222	39	20	9	30	1.84
112966814--112966875	27	2.3	27	91	0	97	37	19	29	14	1.91
112967673--112967760	26	3.4	26	91	0	149	28	20	22	28	1.99
112967673--112967783	26	4.4	25	85	6	118	27	21	22	27	1.99
112968826--112969251	27	15.8	27	82	1	478	26	18	17	37	1.93
112968826--112969251	54	7.9	54	86	0	537	26	18	17	37	1.93
112969269--112969569	27	11.2	27	79	5	229	29	8	21	40	1.83
112969295--112969544	54	4.6	54	83	5	285	29	8	20	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112976629--112976731	28	3.7	28	85	0	143	26	33	15	24	1.95
112979613--112979642	8	3.8	8	100	0	60	40	0	0	60	0.97
112980764--112980875	40	2.8	40	86	5	147	40	10	16	33	1.83
112985826--112985987	81	2.0	83	81	4	195	50	6	16	25	1.70
112996929--112997013	40	2.1	40	91	4	136	32	22	20	24	1.97
113015007--113015231	40	5.7	40	85	7	273	25	21	27	26	1.99
113015008--113015231	119	1.9	120	82	8	287	25	21	27	25	1.99
113015014--113015231	79	2.7	79	80	13	268	26	20	26	26	1.99
113015020--113015264	79	3.1	79	78	11	252	26	20	26	26	1.99
113024483--113024860	99	3.9	99	84	2	487	35	7	18	37	1.80
113029925--113029968	20	2.2	20	92	8	72	0	59	2	38	1.10
113030432--113030471	12	3.4	12	82	3	55	37	0	2	60	1.11
113030533--113030563	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
113030762--113030858	12	8.4	12	70	22	66	38	5	1	55	1.29
113030826--113030858	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
113043410--113043541	71	1.9	71	88	0	201	30	16	25	28	1.97
113043320--113043705	160	2.4	160	96	1	704	29	17	21	31	1.96
113043570--113043745	71	2.5	72	85	2	230	31	15	22	30	1.95
113045171--113045214	20	2.2	20	88	8	63	0	61	2	36	1.09
113045678--113045717	12	3.4	12	82	3	55	37	0	2	60	1.11
113045779--113045809	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
113046007--113046091	12	7.4	12	69	21	58	36	5	1	56	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113049715--113049776	31	2.1	30	82	14	76	41	1	6	50	1.38
113051408--113051434	5	5.4	5	100	0	54	18	40	22	18	1.91
113057185--113057231	18	2.6	18	83	9	60	63	2	0	34	1.06
113057201--113057233	8	3.7	9	88	12	50	60	0	0	39	0.97
113063663--113063696	16	2.1	17	88	5	52	67	0	2	29	1.05
113063772--113063852	25	3.2	25	84	7	92	33	0	1	65	1.01
113063779--113063857	33	2.4	32	85	12	106	34	0	0	65	0.93
113066881--113066971	47	1.9	47	95	0	164	28	17	24	29	1.97
113070380--113070901	260	2.0	261	94	1	913	32	15	20	31	1.94
113073135--113073280	73	2.0	73	100	0	292	41	5	21	31	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438