genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  214  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66365766--66365891	27	4.7	27	87	0	180	30	10	19	39	1.85
66365937--66366290	27	13.1	27	88	1	505	41	7	21	29	1.81
66368494--66368576	44	2.0	44	83	7	109	25	15	27	31	1.96
66376856--66376943	41	2.2	41	91	2	142	43	20	21	14	1.88
66376921--66377139	41	5.4	41	91	0	350	32	25	23	19	1.97
66376880--66377139	82	3.2	82	86	1	353	33	24	23	18	1.97
66378385--66378967	27	21.6	27	86	3	762	27	22	9	40	1.85
66380295--66380355	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
66380405--66380547	24	6.0	24	90	4	218	28	21	22	27	1.99
66380405--66380547	47	3.0	48	90	5	218	28	21	22	27	1.99
66380405--66380548	71	2.0	72	90	4	229	29	21	22	27	1.99
66382329--66382360	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
66382332--66382399	24	2.8	24	76	10	75	57	0	4	38	1.19
66389751--66389806	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
66389911--66390119	18	11.3	18	75	9	134	47	13	0	38	1.49
66389912--66390119	9	22.4	9	75	8	114	47	12	0	38	1.49
66389917--66390119	27	7.3	27	75	10	140	47	13	0	38	1.49
66390073--66390169	43	2.2	45	78	10	112	48	13	1	37	1.49
66395778--66395821	19	2.4	18	88	7	63	50	0	6	43	1.29
66396323--66396353	15	2.1	15	100	0	62	19	12	35	32	1.90
66397649--66397717	28	2.5	28	90	2	113	43	26	10	20	1.83
66399419--66399691	43	6.4	42	88	4	343	25	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66399442--66399691	87	2.9	86	89	2	378	24	30	20	25	1.99
66399448--66399691	130	1.9	130	91	3	404	25	29	19	25	1.99
66400480--66400564	26	3.4	26	79	10	97	41	16	20	22	1.90
66412428--66412551	23	5.3	23	72	7	99	30	17	22	29	1.97
66412428--66412551	46	2.7	46	80	8	135	30	17	22	29	1.97
66415465--66415869	49	8.3	49	97	0	742	30	29	7	32	1.85
66419109--66419273	40	4.2	40	77	8	142	27	21	26	24	2.00
66422787--66422953	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
66422787--66422953	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
66423779--66423824	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
66430980--66431032	20	2.8	20	75	16	58	77	1	15	5	1.04
66432179--66432243	30	2.2	30	94	2	114	32	16	27	23	1.96
66437124--66437228	22	4.6	22	76	12	95	34	18	20	26	1.96
66437117--66437239	23	5.3	23	71	14	83	31	18	22	26	1.97
66440188--66440354	46	3.6	46	78	4	131	22	29	19	28	1.98
66440230--66440356	46	2.8	46	84	2	157	20	31	19	28	1.97
66445750--66445919	93	1.8	93	96	0	313	28	30	21	20	1.98
66445741--66445921	46	3.9	46	80	12	226	28	29	20	20	1.98
66450397--66450556	29	5.6	29	84	8	177	25	26	15	31	1.96
66458371--66458501	29	4.5	29	94	3	212	24	27	16	32	1.96
66465485--66465545	30	2.0	30	96	0	113	19	21	16	42	1.89
66468059--66468122	28	2.3	28	91	5	103	32	29	7	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66469410--66469443	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
66475895--66475958	28	2.3	28	86	5	85	35	29	4	29	1.78
66476063--66476152	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
66476063--66476177	55	2.1	56	82	8	137	17	24	22	35	1.95
66491737--66491866	40	3.2	40	79	2	145	25	22	26	25	2.00
66494394--66494457	24	2.7	24	97	0	119	18	20	35	25	1.95
66503549--66503631	31	2.7	31	94	3	143	28	26	15	28	1.96
66503655--66503747	42	2.2	42	94	0	159	36	23	11	27	1.90
66503887--66503937	24	2.1	24	85	0	66	25	15	23	35	1.94
66506914--66506972	27	2.2	27	84	0	73	35	23	15	25	1.94
66510467--66510501	16	2.2	16	90	10	54	17	2	2	77	1.02
66510471--66510523	24	2.1	26	86	13	76	16	3	3	75	1.10
66510466--66510509	12	3.5	13	78	12	56	15	2	4	77	1.04
66512076--66512120	18	2.5	17	82	10	54	2	15	4	77	1.02
66512091--66512133	6	7.2	6	100	0	86	0	16	0	83	0.64
66518611--66518721	58	1.9	57	85	1	150	27	15	29	27	1.96
66518598--66518712	29	4.0	28	79	8	124	26	15	29	27	1.96
66525421--66525601	40	4.6	40	80	8	210	26	28	20	24	1.99
66525421--66525604	78	2.3	80	82	9	225	27	27	20	24	1.99
66528251--66528310	28	2.1	29	84	6	79	38	5	11	45	1.63
66532821--66532894	24	3.0	24	90	2	121	36	5	37	20	1.76
66534571--66534640	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66537424--66537490	32	2.0	34	82	5	84	23	11	26	37	1.90
66543648--66543740	24	3.9	24	86	0	123	37	1	37	23	1.62
66544980--66545064	32	2.6	32	76	14	75	23	21	28	27	1.99
66551665--66551798	27	5.0	26	84	5	151	36	22	10	30	1.88
66552218--66552281	27	2.4	27	84	5	76	23	14	15	46	1.82
66555159--66555228	28	2.5	29	90	4	108	18	8	27	45	1.78
66562842--66562873	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
66563930--66563981	24	2.0	27	85	14	74	46	9	5	38	1.61
66569516--66569581	23	2.9	22	93	0	78	36	16	22	24	1.94
66569524--66569581	23	2.5	23	97	0	107	37	13	22	25	1.91
66573604--66573728	40	3.1	40	79	8	130	25	22	26	25	2.00
66585674--66585780	26	4.1	26	97	0	205	30	6	27	35	1.82
66592765--66592872	26	4.2	26	92	0	189	31	6	26	35	1.82
66594593--66594657	32	2.0	34	84	6	89	27	16	24	30	1.97
66598463--66598630	40	4.2	40	84	1	203	23	27	23	24	2.00
66606362--66606529	40	4.2	40	84	1	203	23	27	23	24	2.00
66611590--66611761	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
66611582--66611757	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
66616898--66617024	49	2.6	49	85	6	168	23	31	18	25	1.98
66617438--66617560	46	2.7	45	83	7	160	24	28	17	29	1.98
66626672--66626702	15	2.1	15	100	0	62	25	6	0	67	1.14
66628266--66628398	54	2.5	54	91	0	221	31	26	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66633260--66633466	40	5.2	40	80	5	204	25	25	23	25	2.00
66633260--66633465	79	2.6	80	81	4	229	25	25	23	25	2.00
66641303--66641510	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
66641303--66641509	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
66647427--66647532	27	3.9	27	86	0	149	43	21	16	18	1.88
66647426--66647531	54	2.0	54	92	3	178	43	20	16	18	1.88
66647522--66647765	27	9.0	27	87	1	328	25	13	19	40	1.89
66647497--66647735	81	3.0	81	83	2	194	28	15	17	38	1.89
66648088--66648160	18	4.1	18	81	0	74	23	19	12	45	1.84
66650012--66650183	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
66650004--66650179	46	3.8	46	80	10	205	28	29	20	21	1.98
66652825--66652962	53	2.6	53	81	2	150	40	18	21	19	1.91
66658955--66659029	27	2.8	27	76	8	71	33	25	9	32	1.88
66659061--66659140	27	3.0	27	80	9	92	33	18	22	25	1.97
66659034--66659140	54	2.0	54	83	3	135	34	17	22	25	1.96
66659750--66659857	27	4.0	26	85	5	117	18	22	21	37	1.94
66659750--66659857	54	2.0	53	83	1	135	18	22	21	37	1.94
66659996--66660134	31	4.7	29	72	16	108	20	19	13	46	1.84
66660025--66660186	6	26.3	6	68	16	91	19	17	14	48	1.81
66660004--66660177	37	4.4	37	72	17	141	19	18	13	47	1.82
66659979--66660165	62	3.0	61	82	6	225	20	19	13	46	1.83
66659979--66660165	87	2.1	87	91	0	293	20	19	13	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66660034--66660126	25	3.7	25	85	0	123	20	19	13	46	1.84
66665702--66665780	24	3.1	24	73	19	88	36	2	21	39	1.67
66665681--66665780	52	1.9	52	93	0	173	34	3	21	42	1.68
66665681--66665769	28	3.3	27	73	17	87	34	2	21	41	1.66
66666193--66666251	29	2.0	31	80	12	70	38	0	20	40	1.53
66668652--66668696	2	23.0	2	90	4	74	46	51	2	0	1.13
66668655--66668688	17	2.0	17	100	0	68	47	52	0	0	1.00
66669982--66670153	93	1.8	93	92	2	292	20	20	29	29	1.98
66669988--66670161	46	3.8	46	78	15	196	21	19	29	29	1.97
66673066--66673134	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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