genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  239  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74221418--74221559	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
74221417--74221560	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
74221611--74221670	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
74221611--74221665	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
74221712--74221759	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74224852--74224891	21	1.9	21	84	0	53	22	30	5	42	1.75
74224946--74224989	18	2.4	18	88	0	61	6	18	2	72	1.17
74229764--74229833	27	2.5	28	90	2	115	28	14	25	31	1.95
74229764--74229845	27	3.0	27	82	8	69	29	15	23	31	1.95
74236573--74236749	40	4.4	40	83	4	225	26	27	22	23	1.99
74241387--74241492	29	3.7	30	82	9	141	36	10	24	28	1.88
74241449--74241593	29	5.0	29	82	1	146	35	14	25	24	1.93
74241384--74241521	58	2.4	58	80	7	165	37	12	23	26	1.90
74241451--74241593	59	2.4	58	78	1	151	35	14	25	23	1.93
74242189--74242263	37	2.0	37	97	0	141	34	9	10	45	1.71
74252362--74252419	26	2.3	25	82	8	73	31	15	5	48	1.67
74253795--74253940	48	3.0	48	90	4	231	26	17	25	30	1.97
74257493--74257680	49	3.8	49	82	8	236	29	24	18	27	1.98
74257504--74257580	26	3.1	26	64	17	72	32	27	14	25	1.94
74257503--74257685	100	1.8	100	96	0	339	28	25	19	26	1.99
74257914--74257967	27	2.0	27	85	0	72	37	16	7	38	1.77
74263096--74263317	40	5.6	39	89	3	284	24	28	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74263096--74263317	79	2.8	80	86	3	297	24	28	23	22	1.99
74271458--74271639	40	4.6	40	91	2	296	23	29	26	20	1.99
74271458--74271638	79	2.3	79	94	0	308	22	29	27	20	1.99
74271456--74271678	40	5.7	38	83	8	243	23	29	26	21	1.99
74274069--74274138	29	2.4	29	88	4	97	27	15	31	25	1.96
74279159--74279315	43	3.7	42	78	13	160	24	18	25	31	1.97
74281863--74281911	22	2.2	22	88	0	80	42	10	12	34	1.76
74283737--74283868	29	4.6	29	92	1	203	26	31	15	26	1.95
74287593--74287686	25	3.8	25	87	1	118	26	23	21	28	1.99
74287593--74287699	25	4.4	24	85	3	99	28	21	21	28	1.99
74289360--74289531	47	3.7	46	76	9	152	29	18	28	23	1.97
74289266--74289507	46	5.2	47	73	13	180	30	17	28	23	1.97
74289266--74289531	94	2.8	94	78	9	215	29	18	28	23	1.97
74290120--74290214	47	2.0	47	85	0	127	20	28	33	17	1.95
74293505--74293726	40	5.6	40	92	2	351	28	25	22	23	1.99
74295545--74295608	30	2.2	29	91	2	101	35	21	15	26	1.94
74297173--74297418	49	4.9	50	84	2	325	26	18	26	28	1.98
74297278--74297361	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
74305806--74305873	30	2.3	29	92	2	109	33	22	19	25	1.97
74308895--74309116	40	5.6	40	89	3	308	25	26	23	24	2.00
74308895--74309116	79	2.8	78	88	4	304	25	26	23	24	2.00
74308895--74309111	119	1.8	119	86	7	316	24	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74313714--74313846	43	3.1	43	78	10	155	24	18	28	29	1.98
74334765--74334950	55	3.5	52	75	9	149	20	24	18	36	1.95
74348935--74349001	32	2.1	32	91	0	107	28	4	20	46	1.70
74350985--74351052	27	2.5	27	75	13	77	70	11	1	16	1.23
74353855--74353987	54	2.5	54	96	0	248	26	18	24	30	1.97
74355970--74356273	27	11.3	27	81	1	322	38	19	9	32	1.84
74355970--74356339	81	4.6	81	82	2	341	37	20	10	31	1.86
74355970--74356354	27	14.3	27	78	5	305	37	20	10	31	1.86
74356213--74356380	81	2.1	81	84	2	212	36	21	10	31	1.88
74356376--74356810	27	16.2	27	91	0	640	34	20	21	23	1.96
74357278--74357329	22	2.4	22	83	6	61	21	25	23	30	1.99
74357684--74357792	26	4.2	26	95	2	193	33	4	25	36	1.77
74357684--74357792	51	2.1	52	94	1	193	33	4	25	36	1.77
74359247--74359299	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
74363388--74363469	26	3.2	25	91	6	130	34	4	24	36	1.77
74364947--74364998	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
74365476--74365514	18	2.1	19	95	4	71	33	46	10	10	1.72
74368522--74368627	24	4.2	25	95	4	171	33	4	24	36	1.77
74368522--74368627	49	2.1	51	93	6	182	33	4	24	36	1.77
74370077--74370129	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
74374208--74374290	26	3.2	26	96	1	150	33	3	25	37	1.73
74375765--74375817	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74378005--74378178	40	4.4	39	74	7	127	28	22	26	22	1.99
74378003--74378178	80	2.2	81	78	7	189	27	22	26	22	1.99
74380315--74380416	27	3.8	27	85	5	107	18	23	21	36	1.95
74380315--74380416	54	1.9	53	81	2	123	18	23	21	36	1.95
74380553--74380678	6	20.3	6	71	18	89	19	17	14	48	1.81
74380553--74380632	31	2.5	31	95	2	142	18	16	15	50	1.79
74380576--74380676	37	2.7	37	89	0	139	19	18	14	46	1.84
74383970--74384007	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
74385644--74385732	27	3.3	27	87	9	128	43	25	10	20	1.83
74385641--74385723	27	3.0	27	91	7	132	43	25	12	19	1.85
74391942--74391979	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
74393612--74393704	27	3.4	27	91	5	143	44	25	9	20	1.82
74397691--74397898	40	5.2	39	84	1	227	25	26	22	25	2.00
74397691--74397896	80	2.6	81	85	3	256	25	26	22	25	2.00
74405754--74405959	40	5.2	39	82	2	209	25	26	22	25	2.00
74410037--74410070	17	2.0	17	100	0	68	29	17	29	23	1.97
74412418--74412442	13	1.9	13	100	0	50	8	8	40	44	1.63
74413951--74414158	40	5.2	40	84	2	249	26	26	21	25	2.00
74422023--74422230	40	5.2	40	85	2	258	26	26	21	25	1.99
74431047--74431196	23	6.4	24	90	6	229	28	22	20	28	1.99
74431058--74431195	71	2.0	70	94	4	242	28	22	21	26	1.99
74431054--74431195	48	3.1	47	92	5	229	28	21	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74431243--74431309	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
74431243--74431298	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
74431345--74431392	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74434600--74434748	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
74434641--74434748	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
74442493--74442659	23	7.1	23	93	4	264	29	21	20	28	1.98
74442470--74442659	48	4.0	47	89	5	269	28	22	20	28	1.98
74442493--74442659	71	2.4	70	90	6	259	29	21	20	28	1.98
74442710--74442748	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
74442711--74442755	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
74442792--74442839	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74446440--74446608	43	4.0	43	77	7	164	23	15	28	31	1.96
74451128--74451201	37	2.0	37	100	0	148	37	5	10	45	1.62
74452163--74452225	27	2.4	27	81	2	74	34	25	4	34	1.77
74454353--74454572	46	5.0	46	81	9	260	21	23	15	39	1.92
74460612--74460802	40	4.8	40	86	2	222	27	23	26	22	2.00
74462793--74463103	46	7.0	46	86	7	428	22	24	15	37	1.93
74462793--74463103	91	3.5	91	87	6	417	22	24	15	37	1.93
74462793--74463103	137	2.3	130	86	7	412	22	24	15	37	1.93
74463017--74463092	38	2.0	38	97	0	143	23	27	18	30	1.98
74472736--74472825	41	2.2	40	84	5	110	34	1	7	56	1.35
74472757--74472851	41	2.3	41	83	3	111	37	4	6	51	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74475065--74475118	24	2.3	24	93	3	92	20	22	18	38	1.93
74481951--74482064	43	2.7	42	78	2	129	30	16	22	29	1.96
74486613--74486646	16	2.1	16	100	0	68	11	5	26	55	1.58
74489319--74489368	21	2.5	20	81	15	59	56	2	4	38	1.30
74489331--74489492	72	2.3	72	78	14	174	59	1	6	33	1.30
74489388--74489425	19	2.0	19	89	0	58	71	0	5	23	1.07
74489388--74489443	11	5.4	10	79	10	60	69	0	5	25	1.09
74489322--74489552	10	23.3	9	68	18	81	60	2	5	32	1.31
74493082--74493244	39	4.2	39	90	0	236	19	20	30	29	1.97
74493099--74493283	78	2.4	78	84	4	205	20	22	29	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438