Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  312  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
97273342--97273565
46
4.8
46
82
10
235
26
20
29
23
1.98
97273349--97273587
94
2.6
96
79
10
237
28
18
29
23
1.98
97276201--97276246
23
2.0
24
83
12
60
50
6
4
39
1.48
97285477--97285519
11
3.8
11
84
6
59
74
2
2
20
1.04
97285477--97285519
5
7.8
5
80
19
50
74
2
2
20
1.04
97293743--97293885
40
3.6
40
81
3
128
27
23
26
21
1.99
97293741--97293894
80
1.9
80
82
0
191
28
23
26
21
1.99
97295666--97295760
31
3.1
31
93
0
154
24
23
16
35
1.95
97295954--97296095
24
6.0
24
90
5
218
28
21
21
28
1.99
97295975--97296094
23
5.1
23
93
3
204
29
20
21
28
1.98
97295975--97296096
47
2.6
47
97
0
226
28
20
22
28
1.98
97296153--97296209
9
5.9
9
73
15
51
35
21
8
35
1.84
97296141--97296211
20
3.5
20
94
0
124
32
21
11
35
1.89
97296146--97296200
11
5.4
11
70
16
55
30
20
12
36
1.90
97303652--97303684
15
2.3
15
89
5
50
30
0
21
48
1.50
97308597--97308646
22
2.2
23
89
10
77
26
24
22
28
1.99
97308601--97308655
23
2.5
21
83
13
67
27
21
21
29
1.99
97311646--97311696
23
2.3
22
76
6
57
35
21
19
23
1.96
97312816--97312847
15
2.1
15
100
0
64
34
31
0
34
1.58
97319073--97319150
22
3.4
22
80
8
77
33
17
24
24
1.97
97323257--97323291
18
1.9
18
88
0
52
31
5
2
60
1.35
97324489--97324546
29
2.0
30
86
3
82
27
1
8
62
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
97324650--97324682
11
2.8
12
86
9
50
66
0
0
33
0.92
97325426--97325501
5
14.4
5
87
8
107
40
1
1
56
1.16
97327438--97327540
29
3.6
29
80
2
109
21
15
33
30
1.94
97329172--97329224
22
2.4
22
80
0
61
28
18
22
30
1.98
97329947--97329978
16
1.9
17
93
6
57
75
0
6
18
1.01
97330121--97330160
14
2.8
14
84
3
53
22
12
2
62
1.42
97330111--97330190
26
3.0
26
76
15
81
27
12
1
58
1.42
97330112--97330187
32
2.4
32
75
16
84
27
11
1
59
1.41
97336883--97337004
55
2.2
55
79
4
131
28
27
27
16
1.97
97337458--97337503
23
2.0
23
82
0
56
23
30
8
36
1.85
97352702--97353586
47
18.6
47
90
2
1374
34
9
28
28
1.88
97352699--97353586
143
6.2
143
94
1
1514
34
9
28
28
1.88
97352702--97353586
190
4.6
188
91
2
1383
34
9
28
28
1.88
97353152--97353274
22
5.3
22
62
14
59
33
11
28
26
1.91
97354980--97355275
132
2.2
132
81
3
360
32
18
20
28
1.96
97355026--97355316
133
2.2
132
81
1
332
32
19
20
27
1.97
97355065--97355357
44
6.6
44
74
3
239
32
18
20
28
1.96
97356918--97356969
20
2.5
21
81
6
61
15
11
0
73
1.11
97362879--97363001
49
2.5
49
78
1
129
27
19
30
22
1.98
97370028--97370059
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
97370117--97370143
9
3.0
9
100
0
54
55
0
11
33
1.35
97370381--97370429
19
2.4
21
76
13
57
55
6
2
36
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
97370482--97370537
23
2.6
22
81
15
64
53
8
3
33
1.49
97370765--97370798
15
2.3
15
89
0
50
61
0
8
29
1.26
97370960--97370997
16
2.4
16
82
13
51
65
2
0
31
1.06
97372713--97372839
49
2.6
49
77
7
125
30
21
25
22
1.99
97378518--97378555
5
7.6
5
93
0
67
36
0
2
60
1.11
97385694--97385770
37
2.1
37
95
0
136
51
7
7
32
1.59
97388343--97388392
20
2.5
19
81
9
64
40
20
30
10
1.85
97392681--97392799
27
4.4
27
82
4
116
34
15
22
27
1.94
97396265--97396396
47
2.7
49
78
5
142
30
20
28
21
1.98
97397913--97398000
41
2.1
41
95
2
158
37
9
12
40
1.75
97403872--97403986
46
2.6
45
81
6
119
29
17
25
27
1.97
97412740--97412767
14
2.0
14
100
0
56
50
14
7
28
1.69
97424634--97424666
17
1.9
17
100
0
66
42
6
6
45
1.53
97433082--97433169
30
2.9
30
87
0
131
36
19
11
32
1.87
97433496--97433541
23
2.0
23
91
8
76
36
21
21
19
1.95
97437057--97437271
49
4.4
49
93
1
342
29
8
32
29
1.87
97437373--97437456
37
2.3
37
93
2
143
25
19
34
21
1.96
97448787--97448914
48
2.7
48
79
6
145
35
28
17
17
1.93
97456353--97456399
21
2.2
21
84
0
58
19
29
25
25
1.98
97458285--97458311
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
97459730--97459761
14
2.4
14
90
10
50
21
9
28
40
1.84
97459783--97460109
50
6.5
50
81
2
359
26
15
26
31
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
97459727--97460109
100
3.8
100
82
3
376
26
14
26
32
1.95
97459731--97460110
151
2.5
150
85
2
483
26
14
26
33
1.94
97459783--97460109
100
3.3
100
86
1
413
26
15
26
31
1.96
97461612--97461780
47
3.6
46
77
10
180
27
17
29
25
1.98
97461560--97461825
94
2.8
93
83
3
304
27
18
29
24
1.98
97461612--97461824
47
4.6
44
75
11
160
26
18
29
25
1.98
97464373--97464415
20
2.2
20
82
0
50
44
2
2
51
1.27
97465278--97465448
45
3.7
46
79
14
201
28
28
21
22
1.99
97465283--97465451
92
1.8
92
93
2
295
27
28
21
21
1.99
97465869--97465928
30
2.0
30
90
0
93
30
25
8
36
1.85
97471753--97471851
28
3.5
29
82
6
114
28
15
26
30
1.96
97475740--97475910
93
1.8
93
96
0
315
28
29
21
21
1.98
97475735--97475907
46
3.7
46
80
13
219
28
28
21
21
1.98
97476329--97476388
30
2.0
30
90
0
93
30
25
8
36
1.85
97483212--97483382
45
3.7
46
80
14
210
28
28
21
21
1.98
97483217--97483385
92
1.8
92
94
2
304
27
29
21
21
1.98
97483804--97483862
30
2.0
29
86
3
82
30
25
8
35
1.86
97488927--97489056
47
2.8
46
78
16
151
27
20
30
20
1.98
97488928--97489100
94
1.8
94
88
0
265
27
19
31
20
1.97
97488926--97489142
47
4.6
46
74
10
147
27
18
32
21
1.97
97488980--97489148
47
3.6
47
77
12
154
26
19
31
22
1.98
97492190--97492544
180
2.0
179
86
0
503
37
7
20
34
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
97498284--97498711
50
8.5
50
79
3
412
26
17
25
29
1.98
97498328--97498722
101
3.9
99
79
3
387
26
18
25
28
1.98
97498284--97498720
151
2.9
151
88
1
606
26
18
25
29
1.98
97501079--97501111
13
2.5
13
95
0
57
6
42
30
21
1.77
97506830--97506927
43
2.3
43
80
7
126
33
28
14
23
1.94
97506884--97507063
50
3.8
48
77
10
181
24
29
18
27
1.98
97506884--97507055
45
3.6
46
78
9
186
23
29
18
28
1.98
97506884--97507060
95
1.8
97
90
6
288
23
29
18
28
1.98
97515463--97515626
82
2.0
79
92
3
274
35
20
10
32
1.87
97516520--97516832
112
2.8
111
83
5
380
47
8
8
36
1.64
97516632--97516887
112
2.4
105
81
13
287
44
8
10
36
1.70
97516975--97517004
14
2.1
14
93
0
51
16
0
3
80
0.85
97522903--97522942
19
2.0
19
85
9
53
47
5
0
47
1.24
97523549--97523588
16
2.4
17
83
8
55
37
0
5
57
1.21
97523726--97523764
17
2.3
17
86
8
53
61
0
0
38
0.96
97547151--97547195
21
2.1
22
87
4
65
31
8
17
42
1.80
97549066--97549157
40
2.3
39
83
9
107
23
26
27
22
2.00
97549101--97549194
39
2.4
40
82
5
120
24
26
23
25
2.00
97557113--97557241
40
3.3
39
82
7
111
23
26
25
24
2.00
97557148--97557294
78
1.9
80
85
5
210
24
27
23
24
2.00
97557129--97557294
40
4.2
37
77
9
125
24
27
24
24
2.00
97560981--97561188
45
4.6
45
83
4
224
34
15
20
29
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
97560987--97561188
90
2.3
89
85
2
262
35
15
19
29
1.93
97561288--97561377
34
2.6
34
85
1
117
42
17
14
25
1.87
97561635--97561661
14
1.9
14
100
0
54
40
14
14
29
1.86
97564308--97564339
16
2.0
16
93
0
55
53
0
0
46
1.00
97567733--97567758
5
5.2
5
100
0
52
80
0
0
19
0.71
97569756--97569918
43
3.8
43
90
0
245
26
29
18
25
1.98
97570153--97570226
31
2.4
31
84
13
100
66
1
2
29
1.14
97575802--97575833
7
4.6
7
96
0
55
46
50
0
3
1.17
97575800--97575868
7
9.9
7
76
4
50
42
42
2
13
1.58
97575885--97576072
41
4.6
41
88
0
277
29
25
18
26
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438