genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.306.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  306  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95641970--95642163	40	4.9	40	81	5	132	25	27	23	24	2.00
95642006--95642179	40	4.3	40	86	4	176	24	26	23	25	2.00
95649285--95649452	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
95649301--95649450	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
95657281--95657447	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
95657297--95657445	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
95661644--95661732	27	3.3	27	88	0	115	39	22	8	29	1.84
95661644--95661793	54	2.8	54	84	2	176	37	24	10	28	1.87
95661661--95661793	27	4.9	27	77	5	144	38	24	9	27	1.87
95661769--95661829	27	2.3	27	79	0	68	39	22	6	31	1.80
95661825--95661938	27	4.2	27	85	0	129	35	17	20	26	1.94
95661833--95661940	54	2.0	54	89	3	164	36	19	20	24	1.95
95662666--95662777	27	4.2	26	75	9	84	22	19	19	38	1.94
95662899--95663153	6	41.3	6	67	16	103	21	20	11	45	1.83
95662904--95662965	25	2.5	25	86	0	79	25	20	9	43	1.83
95662899--95663129	62	3.6	62	84	3	273	22	20	11	45	1.84
95662971--95663034	25	2.6	24	77	5	65	21	20	12	45	1.84
95662899--95663107	68	3.2	67	82	8	266	22	20	11	45	1.83
95663026--95663096	25	2.8	25	80	0	88	19	21	14	45	1.85
95662989--95663071	37	2.2	37	82	0	94	21	20	13	44	1.85
95663057--95663145	37	2.4	37	82	0	115	20	21	11	47	1.81
95665003--95665145	27	5.3	27	82	0	160	37	23	9	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95665192--95665298	27	4.0	27	88	0	151	38	19	17	24	1.93
95665191--95665325	27	5.0	27	83	3	139	37	18	19	25	1.94
95665838--95665898	22	2.8	22	78	9	70	18	24	24	32	1.97
95666060--95666166	27	4.0	26	77	6	88	21	20	17	40	1.92
95666066--95666171	54	2.0	53	83	1	131	21	19	17	40	1.91
95666286--95666445	6	25.8	6	68	19	89	19	20	15	45	1.86
95666291--95666353	25	2.5	25	86	0	81	19	19	17	44	1.87
95666286--95666476	56	3.3	56	86	7	258	19	19	13	46	1.83
95666308--95666386	37	2.1	37	85	0	104	20	18	16	44	1.87
95666286--95666476	62	3.2	62	83	11	279	19	19	13	46	1.83
95666345--95666470	25	4.8	26	77	16	116	19	20	13	46	1.83
95666460--95666494	18	1.9	18	94	0	61	20	14	8	57	1.63
95674204--95674378	43	4.1	44	74	11	148	33	25	16	24	1.96
95674245--95674370	44	3.0	41	76	8	126	34	26	16	23	1.95
95677985--95678059	39	1.9	39	94	0	132	29	32	9	29	1.88
95680041--95680199	46	3.4	44	80	13	151	27	18	30	23	1.98
95682161--95682298	29	4.8	29	88	2	181	26	15	29	27	1.96
95682978--95683003	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
95683693--95683856	46	3.5	48	78	10	169	28	20	29	21	1.98
95686777--95686839	29	2.1	30	88	2	92	23	36	19	20	1.95
95688089--95688176	43	2.0	43	97	0	167	25	14	13	46	1.81
95691857--95692173	163	1.9	163	89	1	483	31	17	21	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95696109--95696301	105	1.8	105	80	4	228	31	16	24	27	1.96
95700182--95700313	64	2.1	62	79	10	146	59	14	9	16	1.61
95700352--95700400	22	2.2	23	85	10	66	69	22	0	8	1.14
95700349--95700407	21	2.8	19	79	20	57	69	22	0	8	1.15
95700359--95700418	27	2.3	27	88	2	86	66	21	0	11	1.23
95703833--95703914	23	3.5	23	80	6	94	23	20	18	37	1.94
95707634--95707671	18	2.1	18	90	0	58	31	10	10	47	1.72
95718555--95718595	5	8.6	5	81	10	50	4	14	0	80	0.87
95719075--95719109	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
95719306--95719378	20	3.7	20	78	12	62	30	0	5	64	1.16
95720523--95720612	27	3.3	27	80	0	108	25	26	12	35	1.91
95721558--95721668	6	17.8	6	71	18	68	50	12	17	19	1.77
95721560--95721668	31	3.5	32	89	3	143	50	12	16	20	1.77
95721600--95721657	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
95721805--95721906	27	3.8	27	87	5	134	37	21	22	18	1.94
95722572--95722799	27	8.4	27	85	3	282	25	20	19	34	1.96
95722579--95722796	81	2.7	81	88	1	312	24	21	19	34	1.96
95722788--95722964	27	6.6	27	82	5	128	29	8	19	41	1.81
95722815--95722964	54	2.8	54	84	1	194	29	8	20	42	1.80
95722815--95722964	81	1.9	80	84	4	203	29	8	20	42	1.80
95722985--95723278	27	10.9	27	91	0	453	41	9	21	27	1.83
95723293--95723387	27	3.5	27	80	5	102	28	9	21	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95729617--95729747	64	2.0	64	100	0	262	35	34	4	25	1.76
95733128--95733295	40	4.2	40	78	8	162	25	27	22	24	2.00
95736416--95736513	49	2.0	49	91	0	160	42	13	11	32	1.79
95744506--95744587	30	2.7	30	80	0	92	14	23	35	26	1.93
95754801--95754855	26	2.1	26	96	0	101	32	12	9	45	1.74
95758403--95758459	29	2.0	28	83	6	71	43	5	26	24	1.75
95758811--95758966	43	3.7	42	78	9	138	26	14	25	32	1.95
95759101--95759145	22	2.0	22	100	0	90	37	8	26	26	1.86
95761149--95761194	18	2.6	18	74	16	51	34	0	6	58	1.24
95764556--95764634	40	2.0	40	89	0	122	13	16	34	35	1.88
95772201--95772373	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
95772198--95772368	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
95772598--95772635	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
95779779--95779951	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
95779776--95779946	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
95780176--95780213	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
95782189--95782267	40	2.0	40	85	5	106	16	16	32	34	1.91
95783333--95783481	37	4.0	37	94	0	253	33	6	13	46	1.67
95783355--95783458	20	5.5	19	70	13	81	34	5	13	46	1.67
95783338--95783472	17	7.4	17	66	14	72	32	5	12	49	1.63
95783480--95783520	9	4.6	9	84	0	55	26	9	24	39	1.86
95783480--95783520	18	2.3	18	95	0	73	26	9	24	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95783487--95783528	18	2.3	18	87	0	57	30	7	19	42	1.78
95804022--95804064	6	6.8	6	86	7	59	51	0	34	13	1.42
95803989--95804054	15	4.6	15	71	17	59	50	1	34	13	1.51
95807173--95807216	20	2.2	20	87	0	61	34	0	6	59	1.24
95814298--95814336	20	2.0	20	85	10	53	46	0	2	51	1.14
95824593--95824674	26	3.2	26	96	0	146	31	4	25	37	1.77
95828109--95828192	26	3.2	26	93	0	132	33	3	26	36	1.74
95831018--95831056	11	3.4	11	89	7	51	33	5	15	46	1.68
95832105--95832206	42	2.4	42	86	3	143	30	13	25	30	1.94
95836586--95836802	40	5.5	40	88	2	278	25	28	22	23	1.99
95837835--95837869	17	2.1	17	100	0	70	48	5	28	17	1.69
95837960--95838041	26	3.2	26	89	0	128	37	23	6	32	1.79
95838926--95839101	46	3.8	46	76	14	164	21	19	28	30	1.97
95838923--95839094	93	1.8	93	90	2	274	21	19	29	29	1.98
95846037--95846212	46	3.8	46	76	12	189	20	20	29	29	1.98
95846034--95846205	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	28	1.98
95855456--95855490	17	2.1	17	100	0	70	48	5	28	17	1.69
95855581--95855662	26	3.2	26	89	0	128	37	23	6	32	1.79
95858372--95858480	52	2.1	53	86	3	159	30	19	6	44	1.76
95860793--95860923	29	4.6	29	82	3	140	24	16	32	25	1.96
95860793--95860864	28	2.5	29	95	2	128	26	15	30	27	1.96
95868673--95868804	29	4.6	29	82	1	140	24	16	33	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95882628--95882778	40	3.8	40	74	13	123	27	23	27	21	1.99
95884357--95884389	15	2.2	15	100	0	66	51	6	12	30	1.63
95885340--95885402	23	2.7	23	100	0	126	34	6	12	46	1.68
95886281--95886351	3	24.0	3	94	2	126	66	0	1	32	1.01
95886518--95886664	26	5.7	26	83	0	186	59	3	4	31	1.34
95886521--95886667	52	2.8	52	85	0	213	59	3	5	31	1.36
95888088--95888525	44	9.9	44	68	8	152	26	22	20	30	1.98
95889381--95889481	53	1.9	53	81	0	121	7	24	20	46	1.77
95895618--95895657	20	2.0	20	90	4	64	37	7	30	25	1.83
95900330--95900460	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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