genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.359.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  359  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112081644--112081690	14	3.5	13	80	11	51	0	17	2	80	0.80
112084260--112084300	21	2.0	21	95	0	73	65	17	2	14	1.37
112086936--112087364	213	2.0	213	89	1	655	28	21	14	34	1.94
112088259--112088319	14	4.5	14	73	8	54	75	1	3	19	1.03
112088273--112088320	20	2.4	20	82	0	60	75	2	4	18	1.07
112089180--112089220	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
112089929--112090029	31	2.9	35	81	17	129	22	22	14	39	1.91
112089952--112090045	31	3.1	31	96	1	172	23	22	14	39	1.91
112090238--112090403	24	7.0	24	90	4	248	27	21	21	28	1.99
112090238--112090404	71	2.3	71	91	3	264	27	21	22	28	1.99
112090238--112090403	47	3.5	48	90	4	248	27	21	21	28	1.99
112090461--112090517	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
112090449--112090519	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
112090454--112090508	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
112090556--112090603	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
112091842--112092370	27	19.6	27	86	3	715	40	9	22	27	1.84
112093896--112093934	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
112099750--112099790	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
112100286--112100324	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
112102605--112102844	120	2.0	120	97	0	453	37	9	20	32	1.85
112106420--112106572	83	1.8	83	82	8	195	28	26	18	27	1.98
112106435--112106572	40	3.4	40	78	11	138	26	27	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112111539--112111570	13	2.3	15	89	10	50	21	34	6	37	1.79
112114011--112114198	83	2.3	83	76	8	188	34	26	13	25	1.93
112114099--112114193	40	2.3	41	83	8	122	32	23	15	28	1.95
112123070--112123097	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
112124356--112124663	153	2.0	153	99	0	607	27	11	23	38	1.88
112126181--112126311	29	4.5	29	93	4	212	26	25	13	34	1.93
112126181--112126311	59	2.3	57	93	5	219	26	25	13	34	1.93
112126181--112126341	59	2.8	57	88	5	180	27	25	13	32	1.94
112126181--112126341	88	1.8	87	85	5	225	27	25	13	32	1.94
112128911--112129025	37	3.1	37	92	0	185	23	33	20	22	1.98
112129184--112129886	47	15.0	47	87	0	992	27	28	11	32	1.92
112133924--112134306	40	9.6	40	88	1	570	24	27	22	25	2.00
112133924--112134306	80	4.8	80	93	1	642	24	27	22	25	2.00
112135581--112135762	37	4.9	37	94	0	301	25	32	19	23	1.97
112135921--112136621	47	15.0	47	87	0	992	27	28	11	32	1.92
112140022--112140082	17	3.4	17	72	16	59	59	8	6	26	1.51
112140022--112140095	38	2.0	36	89	5	112	59	8	8	24	1.53
112148349--112148388	20	2.0	20	95	0	71	37	15	12	35	1.85
112149099--112149132	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
112150077--112150119	18	2.4	19	80	11	54	27	0	2	69	1.00
112150670--112150699	10	3.0	10	95	0	51	0	26	30	43	1.55
112157270--112157343	31	2.5	30	82	6	105	58	6	16	18	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112157545--112157578	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
112163152--112163183	4	8.0	4	100	0	64	50	0	0	50	1.00
112167324--112167367	21	2.1	21	100	0	88	31	18	18	31	1.95
112169793--112170011	46	4.7	48	76	11	197	24	28	17	29	1.97
112185328--112185367	19	2.1	19	100	0	80	47	15	0	37	1.45
112185424--112185460	19	1.9	19	89	10	58	67	8	0	24	1.17
112199715--112199776	22	2.5	26	77	17	69	51	20	1	25	1.57
112205766--112205885	43	2.8	42	79	9	154	32	15	23	28	1.95
112220893--112220960	28	2.4	28	85	2	82	25	19	32	23	1.97
112221086--112221165	35	2.3	35	91	0	124	32	17	16	33	1.92
112223900--112223953	22	2.4	22	75	3	54	31	9	18	40	1.82
112224306--112224333	13	2.2	13	100	0	56	35	7	14	42	1.73
112227873--112227990	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
112227841--112228004	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
112235446--112235563	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
112235414--112235577	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
112239377--112239655	48	5.8	46	76	12	167	27	19	28	24	1.99
112239386--112239648	96	2.7	95	82	8	275	28	19	28	23	1.98
112239373--112239655	144	2.0	144	87	2	408	27	19	28	25	1.98
112242998--112243146	42	3.5	43	75	11	112	30	25	15	28	1.96
112244341--112244491	42	3.6	42	79	3	160	32	17	23	26	1.97
112244371--112244490	43	2.8	42	75	7	116	32	18	24	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112251902--112252062	42	3.8	42	80	4	189	35	16	21	27	1.94
112260484--112260532	13	3.5	13	75	20	53	24	44	20	10	1.82
112260603--112260648	21	2.2	21	84	0	56	15	28	30	26	1.96
112269844--112269878	17	2.1	17	100	0	70	42	22	11	22	1.85
112271591--112271722	27	4.9	27	90	3	194	30	25	6	37	1.82
112271754--112271879	27	4.7	27	86	3	173	39	22	8	29	1.84
112271721--112271876	54	2.9	54	81	3	154	39	19	11	29	1.87
112271754--112271905	54	2.8	56	79	7	172	40	22	8	28	1.83
112271860--112271967	27	3.9	27	76	9	101	39	19	9	31	1.83
112271727--112271977	27	9.2	27	73	7	78	38	19	11	31	1.86
112272021--112272085	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
112272710--112272757	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
112272791--112272841	20	2.5	20	96	0	93	41	11	17	29	1.85
112272890--112273020	26	5.2	26	88	4	180	27	21	22	28	1.99
112273158--112273245	42	2.1	42	89	0	131	31	13	18	36	1.90
112273273--112273382	31	3.5	31	93	0	184	30	17	26	26	1.97
112275001--112275120	59	2.0	59	96	0	222	34	23	8	34	1.85
112280458--112280625	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
112288484--112288650	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
112291556--112291673	43	2.7	43	82	10	150	33	23	12	30	1.92
112293450--112293570	61	2.0	61	100	0	242	34	27	8	29	1.86
112295738--112295809	36	2.0	36	100	0	144	22	22	13	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112298800--112298829	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
112299526--112299873	172	2.0	173	94	1	619	34	3	8	52	1.51
112301173--112301221	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
112301185--112301249	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
112301211--112301249	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
112301441--112301488	17	2.8	17	70	0	51	64	0	0	35	0.94
112303613--112303663	28	1.9	27	84	11	70	52	1	11	33	1.49
112304177--112304241	30	2.1	31	88	8	98	21	23	0	55	1.44
112306314--112306486	46	3.7	46	78	14	203	21	20	27	29	1.98
112306311--112306481	93	1.8	93	93	2	299	21	21	28	28	1.98
112308646--112308866	111	2.0	111	90	0	343	39	13	11	35	1.81
112309227--112309267	17	2.4	18	80	12	50	46	19	0	34	1.50
112311653--112311782	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
112319633--112319800	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
112323321--112323426	55	1.9	55	88	0	158	25	21	32	20	1.98
112323334--112323438	55	1.9	55	84	0	138	25	22	30	20	1.99
112329070--112329148	37	2.1	37	97	0	149	29	54	0	16	1.42
112329127--112329162	18	2.0	18	94	0	63	25	58	0	16	1.38
112329434--112329568	63	2.2	63	81	7	161	24	4	6	64	1.37
112329549--112329593	19	2.4	18	85	7	54	35	0	4	60	1.17
112329549--112329597	18	2.6	19	81	15	57	34	0	4	61	1.15
112333275--112333318	21	2.1	21	91	0	70	36	22	25	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112336622--112336698	29	2.7	29	87	0	109	27	15	33	23	1.95
112344260--112344337	29	2.7	29	85	0	102	26	16	33	23	1.96
112346583--112346661	13	6.3	12	77	12	79	77	2	18	1	0.96
112346597--112346661	6	10.7	6	71	15	53	78	1	18	1	0.91
112346599--112346666	24	2.8	24	84	8	75	76	2	19	1	0.99
112347934--112348936	133	7.5	135	88	2	1386	29	20	22	26	1.98
112347934--112348936	399	2.5	400	89	2	1537	29	20	22	26	1.98
112349149--112349210	29	2.2	28	88	8	90	32	50	1	16	1.55
112349177--112349249	37	2.0	37	100	0	146	27	54	1	16	1.50
112349230--112349265	18	2.0	18	94	0	63	25	58	0	16	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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