genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.152.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  152  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45938396--45938567	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
45938388--45938563	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
45940920--45941007	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
45940920--45940998	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
45940931--45941007	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
45943955--45944125	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
45943947--45944127	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
45945638--45945845	40	5.2	40	85	2	258	25	21	26	26	1.99
45957438--45957670	49	4.7	50	81	2	263	30	25	18	26	1.98
45957446--45957676	101	2.3	98	85	4	293	29	25	17	26	1.98
45960239--45960341	40	2.6	40	88	0	152	35	24	16	23	1.95
45966805--45966930	47	2.6	48	83	6	157	26	19	29	23	1.99
45971163--45971336	40	4.5	40	81	11	202	25	27	22	24	2.00
45976024--45976124	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
45982238--45982419	78	2.3	81	83	9	232	25	28	21	24	1.99
45982217--45982419	40	5.1	40	82	8	238	25	28	21	24	1.99
45986697--45986869	46	3.8	46	79	14	214	28	29	21	20	1.98
45986705--45986873	91	1.8	92	94	2	304	27	29	21	20	1.98
45989246--45989333	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
45989246--45989324	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
45989257--45989333	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
45992275--45992448	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45992283--45992452	92	1.8	93	94	1	306	28	29	21	20	1.98
45996925--45997035	40	2.8	40	85	9	138	24	26	27	21	1.99
46000702--46000748	20	2.3	20	89	7	69	36	12	17	34	1.87
46000796--46000903	25	4.4	24	85	8	121	28	21	21	28	1.98
46000796--46000915	49	2.4	51	83	9	142	27	22	21	28	1.99
46001107--46001170	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
46008412--46008451	21	2.0	20	85	5	53	20	22	40	17	1.92
46008878--46008985	25	4.4	24	81	8	103	29	20	20	29	1.98
46008877--46008997	51	2.4	51	82	8	133	28	21	20	28	1.98
46009198--46009257	31	1.9	31	86	0	84	36	15	20	28	1.92
46011344--46011554	46	4.6	46	76	14	170	27	21	28	21	1.99
46013762--46013871	23	4.8	23	71	0	85	24	19	20	36	1.95
46013762--46013936	46	3.9	46	81	6	189	25	20	19	34	1.96
46019075--46019223	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
46019116--46019223	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
46027165--46027313	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
46027206--46027313	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
46029205--46029382	46	3.8	46	77	5	191	28	27	21	23	1.99
46029213--46029384	93	1.8	93	91	2	283	27	28	21	22	1.99
46032767--46032846	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
46044522--46044622	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
46044522--46044672	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46044518--46044689	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
46057111--46057219	38	2.8	40	84	8	143	22	23	29	23	1.99
46057071--46057235	40	4.2	40	78	9	162	26	22	27	24	2.00
46065069--46065219	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
46065105--46065235	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
46068779--46068960	46	3.9	46	81	7	190	30	19	22	26	1.98
46068806--46068961	23	6.8	23	69	12	108	32	18	22	26	1.97
46084974--46085074	28	3.5	28	83	6	105	30	26	13	28	1.94
46085091--46085163	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
46095505--46095671	40	4.2	40	80	4	169	23	26	22	26	2.00
46095521--46095630	39	2.8	40	84	8	136	22	29	24	23	1.99
46103489--46103656	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
46103505--46103654	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
46109506--46109594	44	2.0	44	97	0	169	38	21	13	26	1.91
46110625--46110728	38	2.7	38	86	2	129	29	26	20	23	1.98
46125409--46125588	41	4.4	41	76	5	152	31	26	15	27	1.95
46125403--46125588	82	2.2	84	78	11	188	31	25	15	28	1.95
46129834--46130042	39	5.4	39	84	0	166	44	22	4	28	1.72
46129831--46130081	78	3.3	77	87	4	332	43	22	3	30	1.71
46130011--46130075	33	2.0	33	87	6	96	44	20	3	32	1.67
46132754--46132919	46	3.6	44	74	11	154	23	19	27	28	1.98
46132741--46132911	93	1.8	93	88	2	263	23	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46134989--46135043	15	3.7	15	87	7	85	12	16	10	60	1.60
46137762--46137831	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
46137762--46137843	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
46145682--46145751	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
46145682--46145763	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
46148384--46148547	46	3.8	46	78	18	190	20	18	29	31	1.97
46148383--46148539	81	1.9	81	92	2	262	21	19	29	30	1.97
46150287--46150383	40	2.4	39	84	5	115	23	24	28	22	1.99
46161033--46161084	26	2.0	26	96	0	95	28	17	30	23	1.97
46170872--46170978	36	2.9	37	93	2	173	27	29	19	23	1.98
46171125--46171260	48	2.8	48	95	2	236	30	28	6	33	1.83
46171322--46171393	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
46171229--46171393	47	3.5	47	96	0	303	25	29	12	32	1.93
46176995--46177161	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
46183653--46183702	23	2.1	24	96	3	93	20	16	40	24	1.91
46187760--46187797	18	2.1	18	90	0	58	81	5	13	0	0.85
46201492--46201571	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
46214385--46214423	17	2.3	17	86	8	53	43	0	12	43	1.42
46214606--46214705	49	2.0	49	96	0	182	37	11	12	40	1.78
46217476--46217503	14	2.0	14	100	0	56	28	0	28	42	1.56
46218458--46218523	32	2.1	32	100	0	132	25	21	27	25	1.99
46220760--46221015	40	6.4	40	90	2	374	26	26	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46227620--46227701	34	2.4	34	80	11	96	29	24	21	24	1.99
46227985--46228035	26	2.0	25	85	11	68	29	19	17	33	1.95
46245156--46245187	13	2.4	14	90	10	50	0	25	0	75	0.81
46245215--46245265	17	2.8	19	75	24	56	13	11	0	74	1.07
46256436--46256538	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
46258524--46258568	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
46271053--46271146	29	3.2	29	96	0	170	29	15	28	25	1.96
46271049--46271175	58	2.2	58	83	4	159	27	15	32	24	1.96
46279597--46279734	39	3.5	40	91	3	210	25	28	21	23	1.99
46279604--46279786	79	2.3	81	81	9	209	26	27	21	24	1.99
46283029--46283187	29	5.5	29	90	1	221	24	31	15	28	1.95
46283000--46283179	86	2.1	86	79	5	193	25	33	15	26	1.95
46282971--46283187	58	3.8	57	81	3	222	24	33	15	26	1.95
46283029--46283187	86	1.8	86	86	1	210	24	31	15	28	1.95
46291131--46291290	29	5.5	29	90	0	221	24	31	15	29	1.95
46291102--46291282	87	2.1	86	79	4	193	24	33	14	26	1.95
46301851--46301980	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
46309909--46310038	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
46312755--46312929	46	3.8	46	78	13	205	29	29	20	20	1.98
46312762--46312933	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
46314557--46314594	18	2.1	18	100	0	76	55	10	5	28	1.56
46322681--46322727	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46323125--46323410	50	5.7	50	79	4	308	27	16	25	30	1.97
46323129--46323416	99	2.9	100	82	5	377	27	17	25	29	1.97
46323978--46324315	180	1.9	180	88	1	516	38	7	18	34	1.81
46338810--46338850	22	1.9	21	85	5	55	24	26	39	9	1.86
46341894--46341989	42	2.3	42	81	5	104	31	27	18	22	1.97
46342110--46342134	11	2.3	11	100	0	50	24	20	20	36	1.95
46342140--46342198	18	3.3	18	68	13	59	15	22	10	52	1.72
46342136--46342210	35	2.1	35	100	0	150	21	22	8	48	1.76
46352178--46352384	53	3.8	54	75	4	186	21	23	17	38	1.93
46355904--46355976	27	2.7	27	91	0	110	39	19	16	24	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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