genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.140.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  140  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41769042--41769102	32	1.9	32	90	6	97	24	22	21	31	1.98
41779289--41779507	40	5.5	40	93	2	354	26	27	23	22	2.00
41783979--41784038	30	2.0	30	83	3	77	28	25	5	41	1.76
41787256--41787484	40	5.8	39	89	5	336	27	27	21	23	1.99
41787230--41787484	79	3.2	79	87	6	347	26	27	21	23	1.99
41787269--41787484	119	1.8	120	91	5	366	26	27	22	23	1.99
41790288--41790584	48	6.2	48	96	0	522	34	7	27	30	1.84
41790561--41790608	24	2.0	24	100	0	96	37	4	25	33	1.75
41790465--41790704	120	2.0	120	94	0	417	35	6	27	30	1.82
41790513--41790656	72	2.0	72	97	0	270	35	6	27	31	1.82
41790585--41790719	48	2.8	48	91	0	225	34	8	28	29	1.86
41790417--41790719	168	1.8	168	94	0	534	34	7	27	30	1.84
41790889--41790991	37	2.8	37	93	0	179	24	20	31	24	1.98
41791706--41791739	13	2.8	13	86	13	54	82	0	0	17	0.67
41799199--41799427	40	5.8	39	91	3	343	26	27	22	24	2.00
41799206--41799427	119	1.9	120	92	4	378	27	26	22	23	2.00
41799173--41799427	79	3.2	79	87	5	347	26	26	21	24	2.00
41806857--41806927	20	3.5	20	90	0	106	33	12	22	30	1.91
41806974--41807139	23	7.1	23	93	2	260	28	21	21	28	1.98
41806974--41807139	47	3.6	46	90	2	260	28	21	21	28	1.98
41806973--41807161	23	8.0	23	89	4	254	28	21	21	28	1.99
41806972--41807160	47	4.0	47	89	4	256	28	22	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41807353--41807412	29	2.1	29	90	0	93	31	16	26	25	1.96
41813522--41813564	18	2.4	18	80	3	52	39	6	6	46	1.58
41821539--41822076	47	11.3	47	90	2	797	27	30	9	32	1.88
41821589--41821667	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
41824422--41824627	24	8.6	24	95	1	333	20	17	24	36	1.95
41831690--41831715	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
41832163--41832369	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
41836987--41837016	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
41837466--41837672	24	8.6	24	92	4	310	21	17	25	36	1.95
41837466--41837694	121	1.9	119	83	5	300	22	17	24	35	1.95
41841291--41841545	55	4.8	54	80	9	278	36	17	25	21	1.95
41841298--41841498	108	1.8	110	90	4	327	34	17	25	22	1.96
41841614--41841658	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
41841737--41841767	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
41847213--41847285	29	2.5	29	84	4	94	21	16	32	28	1.95
41851439--41851483	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
41851562--41851592	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
41857878--41857944	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
41857995--41858090	47	2.1	47	94	2	167	28	21	20	29	1.98
41857994--41858097	23	4.4	24	92	3	167	28	21	22	27	1.99
41858305--41858368	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
41860168--41860224	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41860166--41860236	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
41860177--41860231	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
41860283--41860449	23	7.1	23	90	2	244	29	20	20	29	1.97
41860282--41860471	24	8.0	23	87	4	238	29	20	21	28	1.98
41860281--41860449	47	3.6	47	88	3	250	29	20	20	29	1.98
41867809--41867850	21	2.0	21	86	9	59	14	4	4	76	1.12
41869009--41869086	40	2.0	39	82	12	97	51	11	7	29	1.66
41870667--41870712	16	2.8	16	78	15	58	54	0	6	39	1.26
41871601--41871692	40	2.3	39	83	5	105	18	22	19	39	1.93
41871642--41871695	19	2.8	19	85	2	72	22	24	16	37	1.94
41871714--41871805	20	4.6	20	71	10	71	20	30	19	29	1.97
41871631--41871814	20	9.2	20	67	15	60	21	25	20	32	1.97
41871624--41871860	40	6.0	40	72	5	167	20	24	19	35	1.96
41871624--41871825	80	2.5	79	73	4	190	21	25	19	33	1.97
41877785--41877885	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
41885709--41885809	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
41889035--41889121	34	2.6	34	78	8	88	26	25	24	24	2.00
41889491--41889645	27	5.8	27	82	5	136	21	18	20	40	1.92
41889491--41889655	54	3.1	53	82	4	161	20	18	21	40	1.92
41889544--41889655	27	4.2	27	86	3	147	16	19	24	39	1.92
41893486--41893599	43	2.7	43	83	1	149	23	17	26	32	1.97
41897365--41897485	43	2.9	42	80	4	145	28	24	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41906589--41906772	40	4.5	41	80	8	207	25	26	23	25	2.00
41906614--41906768	83	1.9	83	90	0	247	24	27	23	23	2.00
41917231--41917414	40	4.6	40	83	7	237	25	26	23	24	2.00
41917231--41917414	83	2.3	80	87	3	262	25	26	23	24	2.00
41919978--41920126	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
41920019--41920126	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
41931206--41931355	40	3.8	40	77	12	148	22	27	24	26	1.99
41931206--41931354	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
41939172--41939339	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
41939188--41939337	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
41949730--41949784	29	1.9	29	85	3	76	14	23	41	20	1.89
41960163--41960442	139	2.0	139	97	0	533	29	24	17	28	1.97
41971783--41971819	11	3.5	11	78	14	51	10	32	29	27	1.90
41971775--41971820	20	2.3	20	100	0	92	10	32	28	28	1.91
41976606--41976718	37	3.1	37	92	0	181	24	31	21	22	1.98
41976866--41977050	48	3.8	48	89	4	282	31	26	7	35	1.83
41976866--41977049	98	1.9	97	89	4	291	30	26	7	35	1.83
41977020--41977213	47	4.1	47	88	0	262	27	27	11	33	1.91
41987818--41987873	28	2.0	29	85	3	78	17	44	21	16	1.86
41989187--41989272	43	2.0	43	93	0	145	25	31	20	22	1.98
42010576--42010731	68	2.2	68	77	13	149	34	16	28	20	1.94
42012646--42012756	28	4.0	28	87	3	152	27	16	29	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42012644--42012753	56	2.0	56	89	3	168	28	16	30	25	1.97
42014570--42014725	39	4.0	39	87	4	174	32	29	20	17	1.96
42014588--42014725	39	3.5	39	89	4	190	31	28	21	18	1.97
42016580--42016633	27	2.1	26	82	6	65	51	20	9	18	1.73
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42038395--42038432	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
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42049771--42049985	46	4.6	45	79	9	175	25	29	18	27	1.98
42049720--42049991	94	2.9	92	76	11	252	25	29	17	27	1.98
42056532--42056671	47	2.9	50	82	7	171	22	27	20	28	1.99
42056689--42056855	46	3.6	46	75	10	153	23	27	18	30	1.98
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42059784--42059853	35	2.0	35	88	0	104	32	22	14	30	1.94
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42078884--42079010	42	3.0	41	82	4	146	29	25	16	28	1.97
42082329--42082381	21	2.5	21	81	0	70	20	33	28	16	1.95
42084988--42085243	40	6.5	40	87	5	344	23	27	23	24	2.00
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42107517--42107875	46	7.7	47	72	8	200	28	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42109115--42109154	21	2.0	21	85	5	55	12	37	27	22	1.90
42109635--42109799	42	3.9	42	80	4	181	26	23	16	32	1.96
42111104--42111217	49	2.3	49	95	0	201	28	20	28	23	1.99
42111133--42111316	49	3.7	51	77	7	148	28	20	28	22	1.98
42113658--42113937	49	5.7	49	77	11	236	28	18	29	23	1.98
42113646--42113933	98	2.9	97	81	6	314	28	18	29	23	1.98
42118268--42118493	46	4.8	48	74	14	161	22	29	19	28	1.98
42118494--42118555	32	1.9	32	86	0	88	29	25	20	24	1.99
42122249--42122300	25	2.1	25	96	0	95	15	17	15	51	1.76
42125947--42126167	46	4.7	47	80	9	195	24	29	19	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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