genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  193  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59953154--59953456	124	2.5	124	81	1	340	36	21	17	24	1.95
59953731--59953828	14	6.8	14	71	4	52	48	27	0	23	1.51
59953936--59954005	14	4.8	15	71	13	56	21	1	27	50	1.57
59954015--59954141	35	3.5	36	77	7	116	18	0	31	50	1.47
59954044--59954083	21	1.9	21	84	0	53	17	0	30	52	1.45
59954248--59954279	15	2.1	15	94	0	55	12	0	34	53	1.39
59954519--59954728	41	5.1	41	82	4	217	35	13	22	28	1.92
59955421--59955465	8	5.9	8	75	19	51	51	8	2	37	1.46
59957582--59957669	9	10.0	9	82	7	92	46	18	1	34	1.56
59962713--59962755	14	3.2	13	80	3	50	32	4	11	51	1.59
59966869--59966941	29	2.5	29	97	0	137	28	31	15	24	1.95
59968689--59968798	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
59968689--59968838	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
59976199--59976308	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
59976199--59976348	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
59980138--59980186	16	3.1	15	77	8	53	24	0	4	71	1.03
59989349--59989383	14	2.5	14	90	0	52	34	17	5	42	1.73
59990049--59990110	6	10.3	6	76	0	52	22	40	30	6	1.79
59990239--59990387	33	4.5	33	80	3	138	19	34	21	24	1.96
59991206--59991366	64	2.6	62	91	7	272	45	7	4	41	1.54
59995978--59996137	43	3.7	42	76	10	155	24	17	26	31	1.97
59997892--59998134	40	6.1	40	89	2	330	26	28	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60001139--60001287	40	3.7	40	90	0	226	24	20	24	30	1.98
60001139--60001320	40	4.6	40	86	2	224	24	20	25	29	1.99
60003141--60003193	23	2.3	23	74	6	54	16	3	28	50	1.62
60005780--60005988	40	5.3	40	80	5	230	26	26	22	24	2.00
60005775--60005988	78	2.7	80	82	7	244	26	26	23	24	2.00
60010561--60010743	40	4.6	40	88	1	260	25	28	22	22	1.99
60019891--60020032	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	23	2.00
60019930--60020058	40	3.2	39	84	6	152	24	21	27	26	1.99
60023412--60023568	43	3.7	43	76	15	155	24	18	24	31	1.97
60024097--60024149	23	2.3	23	74	6	54	16	3	28	50	1.62
60025682--60025721	16	2.4	16	79	4	53	22	0	0	77	0.77
60034490--60034547	23	2.5	23	80	2	62	27	27	20	24	1.99
60036005--60036158	42	3.6	42	79	1	173	29	23	15	31	1.95
60037320--60037427	42	2.6	41	82	5	126	39	19	12	27	1.88
60037918--60037958	19	2.2	19	100	0	82	24	19	19	36	1.95
60039656--60039692	19	1.9	19	94	0	65	29	10	13	45	1.77
60044569--60044618	21	2.4	21	76	3	57	34	2	16	48	1.57
60045201--60045263	23	2.8	24	78	9	78	25	19	19	36	1.94
60045278--60045336	24	2.6	23	76	7	66	28	18	18	33	1.95
60047686--60047949	131	2.0	131	96	0	492	36	8	15	39	1.78
60051780--60051872	23	4.1	23	69	6	73	23	20	20	35	1.96
60057438--60057540	29	3.6	28	78	5	98	30	33	15	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60059885--60060000	52	2.2	52	95	0	205	35	13	24	26	1.93
60059885--60060000	24	4.4	27	81	15	154	35	13	24	26	1.93
60060024--60060170	51	2.9	51	92	2	242	31	13	25	29	1.94
60061759--60061925	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
60066142--60066272	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
60066141--60066272	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
60074093--60074223	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
60074092--60074223	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
60080042--60080081	19	2.1	19	90	0	62	30	12	12	45	1.79
60087437--60087514	41	1.9	41	82	10	97	29	30	21	17	1.97
60093819--60093870	25	2.1	24	92	3	86	36	21	21	21	1.95
60107722--60107822	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
60107751--60107826	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
60114718--60114818	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
60114747--60114822	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
60122353--60122452	29	3.6	29	75	12	93	22	16	32	30	1.95
60130355--60130457	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
60132465--60132601	43	3.2	43	93	0	220	32	34	23	10	1.88
60133869--60133899	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
60147645--60147814	93	1.8	93	91	2	279	27	28	21	21	1.99
60147637--60147812	46	3.8	46	77	7	203	28	28	21	21	1.98
60150207--60150282	15	5.1	15	78	9	75	56	15	17	10	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60150193--60150282	30	3.0	30	79	9	94	57	15	16	10	1.64
60156695--60156820	40	3.2	40	96	0	234	22	23	24	30	1.99
60156790--60156850	30	2.0	30	87	6	88	19	24	22	32	1.97
60164773--60164996	40	5.6	40	90	1	353	24	22	25	28	2.00
60168185--60168391	40	5.2	40	82	2	211	25	26	22	25	2.00
60171284--60171416	45	3.0	45	93	0	221	27	28	21	21	1.99
60179442--60179546	45	2.3	45	81	0	120	33	24	19	22	1.97
60181167--60181295	55	2.4	53	78	7	134	38	16	21	23	1.92
60181167--60181372	49	3.9	53	77	9	174	38	16	22	22	1.93
60181564--60181595	16	2.0	16	93	0	55	40	0	21	37	1.54
60188478--60188732	55	4.8	54	78	10	251	36	17	24	21	1.95
60188485--60188685	108	1.8	110	88	4	309	34	17	24	22	1.96
60188478--60188734	108	2.4	102	77	11	268	35	17	24	21	1.95
60188801--60188848	23	2.0	24	84	4	62	47	12	18	20	1.81
60198187--60198275	35	2.5	35	83	3	108	39	15	22	22	1.92
60198592--60198692	50	2.0	50	98	0	193	49	20	4	24	1.69
60199843--60199902	27	2.3	26	83	13	70	30	11	20	38	1.88
60200141--60200170	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
60201159--60201211	24	2.2	25	82	3	63	15	41	1	41	1.57
60207070--60207108	17	2.3	17	95	0	69	20	7	12	58	1.58
60212297--60212336	16	2.5	16	100	0	80	62	0	0	37	0.95
60216315--60216346	11	2.9	11	100	0	64	65	25	9	0	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60217593--60217960	140	2.6	139	83	4	447	32	23	18	25	1.97
60220294--60220426	46	2.9	46	84	3	151	34	27	18	20	1.95
60220294--60220467	47	3.7	47	80	5	165	35	27	16	21	1.94
60221333--60221390	29	2.0	29	100	0	116	41	13	20	24	1.89
60226152--60226181	14	2.1	14	93	0	51	20	23	6	50	1.71
60236482--60236520	19	2.1	19	100	0	78	51	20	10	17	1.74
60238666--60238731	29	2.4	28	83	14	77	3	21	4	71	1.18
60240550--60240581	10	3.3	10	95	4	57	71	6	0	21	1.07
60243842--60244118	47	5.8	47	89	3	383	33	7	29	28	1.86
60243842--60244118	147	1.9	141	87	4	401	33	7	29	28	1.86
60246094--60246136	20	2.1	21	86	4	61	67	4	0	27	1.10
60246105--60246150	22	2.2	20	84	7	56	63	2	0	34	1.07
60249352--60249835	161	3.1	157	85	7	614	46	11	11	29	1.76
60249306--60249869	77	7.1	77	78	9	467	46	11	11	30	1.75
60250770--60250877	26	4.2	26	91	0	180	32	7	25	35	1.84
60257046--60257136	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
60257232--60257589	49	7.4	49	93	1	555	29	32	9	29	1.88
60262163--60262270	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
60264230--60264298	27	2.6	27	95	0	129	30	26	13	30	1.93
60270092--60270267	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
60270089--60270260	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
60272293--60272436	70	2.1	70	97	0	270	38	8	18	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60273057--60273115	29	2.0	29	100	0	118	47	22	6	23	1.75
60273407--60273503	43	2.3	43	90	0	158	28	30	16	23	1.96
60273407--60273516	43	2.6	43	88	2	141	30	29	14	25	1.95
60274127--60274173	24	2.0	24	95	0	85	8	31	8	51	1.63
60277472--60277512	19	2.1	19	86	4	55	48	34	0	17	1.47
60277703--60277734	14	2.3	14	94	0	55	56	28	0	15	1.40
60278448--60278594	41	3.6	41	88	0	195	28	28	17	25	1.98
60278567--60278699	41	3.3	41	88	1	160	19	18	24	36	1.94
60280447--60280705	40	6.5	40	85	7	273	27	26	19	27	1.99
60280480--60280705	80	2.8	80	86	6	307	27	26	19	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438