genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  283  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88576101--88576222	54	2.3	54	88	1	174	16	22	22	38	1.93
88576341--88576419	6	12.8	6	77	15	81	17	18	15	48	1.82
88576345--88576445	43	2.3	43	83	3	114	16	15	16	50	1.78
88578848--88578984	46	3.0	46	85	0	184	25	31	8	34	1.86
88578958--88579102	47	3.1	47	87	7	213	25	31	11	31	1.91
88579003--88579078	24	3.2	23	66	23	59	22	32	14	30	1.94
88579027--88579102	23	3.3	23	63	23	59	26	31	10	31	1.90
88579001--88579075	23	3.3	22	66	23	64	22	32	14	30	1.94
88583265--88583394	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
88591232--88591651	81	5.2	81	88	2	535	38	21	9	30	1.85
88591232--88591589	27	13.3	27	90	0	529	39	20	9	30	1.84
88591258--88591651	27	14.7	26	83	5	286	38	21	9	30	1.86
88591698--88591986	27	10.7	27	86	0	389	34	19	22	23	1.96
88591691--88591991	81	3.7	81	88	0	451	35	18	21	24	1.95
88592256--88592283	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
88592281--88592399	27	4.5	26	81	11	125	15	23	21	38	1.92
88592278--88592399	54	2.3	54	87	4	167	17	22	21	38	1.93
88592518--88592596	6	12.8	6	74	15	72	17	17	15	49	1.80
88592521--88592591	25	2.8	25	83	12	85	16	18	16	47	1.82
88592518--88592596	31	2.5	31	91	0	122	17	17	15	49	1.80
88596889--88596918	15	2.0	15	93	0	51	26	16	6	50	1.70
88597192--88597255	30	2.2	29	94	2	110	39	23	12	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88601773--88601928	40	3.9	40	87	5	226	25	23	28	23	2.00
88604370--88604414	22	2.0	22	100	0	90	33	13	0	53	1.40
88611298--88611323	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
88612012--88612111	40	2.5	40	83	3	121	27	21	28	24	1.99
88612053--88612158	40	2.7	40	86	2	133	28	22	28	20	1.99
88620001--88620204	40	5.1	40	83	4	205	26	21	27	24	1.99
88620001--88620218	80	2.7	80	79	3	235	27	21	27	24	1.99
88624629--88624719	27	3.4	27	79	10	98	38	19	10	30	1.87
88624714--88625013	27	11.1	27	85	4	336	30	21	8	39	1.83
88624672--88625002	108	3.1	108	83	5	330	32	19	9	38	1.84
88624728--88625013	81	3.5	81	83	5	371	29	21	8	40	1.83
88624713--88625013	108	2.8	108	89	1	433	30	21	8	39	1.83
88625340--88625399	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
88625521--88625607	25	3.2	25	70	17	75	21	19	12	45	1.83
88625518--88625653	31	4.6	31	79	10	149	22	19	12	45	1.84
88625518--88625659	6	23.0	6	67	16	76	21	19	12	45	1.83
88625518--88625644	56	2.3	56	95	0	227	22	20	11	45	1.83
88625549--88625637	25	3.3	25	77	17	106	22	21	11	44	1.83
88631111--88631275	25	6.6	25	92	0	267	26	17	11	44	1.82
88631111--88631275	50	3.3	50	96	0	294	26	17	11	44	1.82
88633111--88633325	25	8.6	25	83	5	274	26	16	10	46	1.79
88633111--88633325	74	2.9	75	84	6	292	26	16	10	46	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88633112--88633293	99	1.8	99	89	0	283	27	15	9	47	1.77
88635160--88635277	25	4.6	25	90	4	182	24	17	11	46	1.80
88635160--88635277	52	2.3	50	89	2	182	24	17	11	46	1.80
88636104--88636369	45	6.0	45	90	2	396	24	21	26	27	1.99
88636304--88636410	41	2.6	41	82	11	112	28	19	29	22	1.98
88638809--88638910	29	3.5	28	74	12	82	26	35	17	20	1.95
88653217--88653394	50	3.6	49	87	3	248	28	12	10	47	1.75
88653213--88653394	25	7.3	25	84	3	224	29	12	10	47	1.75
88653213--88653394	75	2.4	75	86	2	251	29	12	10	47	1.75
88654232--88654496	45	6.0	45	92	2	403	23	21	27	27	1.99
88655816--88655845	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
88662294--88662326	4	8.5	4	86	6	50	45	0	3	51	1.16
88662453--88662485	17	1.9	17	93	0	57	42	0	12	45	1.41
88665718--88665759	20	2.0	22	90	9	70	52	0	0	47	1.00
88665709--88665775	30	2.2	30	84	10	84	50	1	0	47	1.10
88669576--88669631	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
88669565--88669631	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
88669680--88669831	24	6.4	23	91	3	223	28	21	21	28	1.98
88669680--88669831	47	3.2	46	87	5	223	28	21	21	28	1.98
88669680--88669831	71	2.1	71	93	1	259	28	21	21	28	1.98
88670038--88670098	31	2.0	31	93	0	104	32	16	26	24	1.96
88672226--88672293	27	2.5	27	90	2	100	32	26	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88686881--88687051	39	4.3	39	91	3	229	25	29	21	24	1.99
88686881--88687104	40	5.7	40	84	6	235	25	28	21	24	1.99
88694947--88695116	40	4.3	40	90	3	213	25	29	20	24	1.99
88698048--88698095	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
88698143--88698198	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
88698132--88698198	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
88698247--88698398	24	6.4	23	90	3	205	28	19	22	28	1.98
88698247--88698398	47	3.2	46	85	5	205	28	19	22	28	1.98
88698247--88698398	71	2.1	71	91	3	243	28	19	22	28	1.98
88698605--88698665	31	2.0	31	93	0	104	32	16	26	24	1.96
88704454--88704524	15	4.7	15	80	5	81	12	18	11	57	1.64
88704445--88704524	30	2.7	30	80	7	90	12	17	13	56	1.68
88707328--88707537	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
88715465--88715673	40	5.2	40	86	3	296	25	23	28	22	1.99
88715465--88715673	79	2.6	78	89	2	292	25	23	28	22	1.99
88717326--88717420	50	1.9	50	80	8	113	44	5	2	48	1.37
88721877--88722086	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
88729989--88730152	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
88737553--88737715	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
88737553--88737749	70	2.8	69	91	4	265	20	28	17	33	1.95
88746400--88746591	40	4.8	40	92	1	314	22	23	29	24	1.99
88753278--88753339	32	2.0	32	87	3	90	50	22	9	17	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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88760092--88760311	46	4.7	46	75	15	186	29	19	29	21	1.98
88761449--88761511	22	2.9	22	90	2	92	12	39	25	22	1.89
88766337--88766412	22	3.3	22	68	22	66	31	11	30	26	1.92
88766312--88766477	47	3.5	47	94	0	278	32	11	28	27	1.91
88766656--88766762	37	2.9	37	93	2	173	23	18	30	27	1.98
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88772484--88772674	93	2.1	91	87	4	267	32	12	29	25	1.93
88772829--88772937	37	2.9	37	90	0	164	22	18	32	26	1.97
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88788948--88789049	52	2.0	52	96	0	186	37	6	13	42	1.71
88790377--88790499	61	2.0	61	100	0	246	35	10	19	34	1.86
88793671--88793838	46	3.6	46	79	12	164	23	29	19	27	1.98
88793714--88793849	47	3.0	43	81	10	146	25	32	17	24	1.97
88794184--88794240	30	1.9	30	92	0	96	35	21	7	36	1.80
88795167--88795278	42	2.6	42	81	10	120	30	26	18	24	1.98
88797392--88797445	15	3.6	15	97	0	99	35	29	16	18	1.93
88797727--88797785	26	2.4	25	76	21	61	66	3	3	27	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88801202--88801241	19	2.1	19	86	9	55	35	2	2	60	1.24
88803375--88803427	8	6.6	8	95	0	97	26	0	11	62	1.29
88803429--88803460	7	4.6	7	100	0	64	25	12	0	62	1.30
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88804082--88804133	21	2.5	21	83	0	59	51	28	0	19	1.47
88804497--88804576	40	2.0	41	95	2	144	23	23	23	28	1.99
88806309--88806347	19	2.1	19	100	0	78	43	0	25	30	1.55
88813088--88813261	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
88813096--88813266	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
88815641--88815728	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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