genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  215  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66673057--66673144	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
66680838--66681021	40	4.7	40	84	7	209	25	22	27	25	2.00
66683351--66683379	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
66684777--66684994	120	1.8	120	95	0	400	38	16	10	35	1.82
66691076--66691124	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
66691947--66692113	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
66696881--66696936	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
66696870--66696936	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
66696986--66697104	23	5.1	23	90	6	195	28	21	21	29	1.98
66696985--66697104	46	2.6	47	95	1	215	29	20	20	29	1.98
66697314--66697377	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
66704859--66704906	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
66704953--66705008	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
66704942--66705008	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
66704942--66705016	40	1.9	39	89	5	116	34	12	20	33	1.89
66705057--66705176	23	5.1	23	92	4	204	28	21	20	29	1.98
66705056--66705183	24	5.4	23	91	3	193	28	21	21	28	1.99
66705056--66705176	47	2.6	47	97	0	224	28	21	20	28	1.98
66705388--66705451	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
66713922--66714142	27	8.3	27	80	6	128	34	18	19	27	1.95
66713934--66714168	54	4.4	53	82	6	235	35	18	19	26	1.95
66713998--66714168	27	6.4	27	85	6	224	33	18	22	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66716881--66716990	36	2.9	36	86	8	132	21	28	22	27	1.99
66716850--66716990	40	3.7	36	82	9	131	22	28	22	26	1.99
66716882--66717029	40	3.8	40	78	7	135	21	27	22	28	1.99
66724842--66724987	40	3.7	40	83	0	166	23	27	21	26	1.99
66724874--66725025	40	3.8	40	83	3	162	22	26	22	28	1.99
66730972--66731177	100	2.1	100	97	0	385	41	17	4	36	1.69
66733761--66733876	42	2.8	42	79	7	119	16	25	16	42	1.88
66736053--66736122	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
66736053--66736134	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
66738834--66738942	47	2.3	47	81	7	130	46	13	10	29	1.76
66751537--66751563	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
66753140--66753218	25	3.3	25	63	10	65	34	26	5	34	1.78
66753090--66753361	49	5.7	48	91	2	388	27	29	9	33	1.88
66756661--66756704	18	2.4	19	82	17	58	43	9	9	38	1.68
66759639--66759672	13	2.6	13	95	0	59	58	8	5	26	1.51
66761347--66761394	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
66761341--66761400	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
66763740--66764014	49	5.9	46	73	14	174	25	19	28	26	1.99
66773041--66773193	27	5.7	26	76	12	114	39	20	9	30	1.84
66773033--66773208	54	3.3	54	80	5	205	38	20	9	31	1.85
66773160--66773415	54	4.7	55	86	2	193	30	23	8	37	1.84
66773160--66773411	81	3.1	79	79	6	265	30	23	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66773187--66773422	27	8.8	27	89	1	325	30	23	8	38	1.83
66773414--66773663	27	9.3	27	86	3	303	34	19	20	25	1.96
66773414--66773646	81	2.9	81	89	3	346	35	20	20	24	1.96
66773909--66773960	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
66773890--66774043	67	2.3	67	98	0	299	17	29	23	29	1.97
66773976--66774027	27	2.0	26	84	3	68	17	25	23	34	1.96
66774146--66774327	6	29.8	6	71	17	126	18	17	15	49	1.80
66774168--66774250	37	2.2	37	82	0	103	19	16	15	48	1.82
66774146--66774325	25	7.4	24	70	18	97	18	16	15	49	1.80
66774146--66774316	31	5.6	31	71	13	147	18	16	15	49	1.80
66776309--66776472	27	6.1	27	79	2	150	37	21	7	32	1.82
66776281--66776457	54	3.3	53	81	2	194	39	20	8	31	1.83
66776434--66776669	27	8.8	27	89	0	323	30	23	8	38	1.84
66776661--66776937	27	10.3	27	84	5	314	34	19	20	25	1.96
66776661--66776937	54	5.2	54	85	5	357	34	19	20	25	1.96
66776661--66776938	81	3.5	80	85	2	353	34	20	20	25	1.96
66777183--66777234	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
66777164--66777317	67	2.3	67	100	0	308	17	29	22	30	1.97
66777250--66777301	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
66777420--66777602	6	29.8	6	76	14	169	17	18	15	48	1.81
66777423--66777487	25	2.6	25	87	0	94	18	20	15	46	1.84
66777420--66777591	31	5.6	31	75	14	176	17	18	15	48	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66777442--66777524	37	2.2	37	86	0	121	19	19	15	45	1.85
66777421--66777611	61	3.1	61	91	2	285	17	17	15	48	1.81
66779583--66779746	27	6.1	27	79	2	150	37	21	7	32	1.82
66779555--66779731	54	3.3	53	81	2	194	39	20	8	31	1.83
66779708--66779943	27	8.8	27	89	0	323	30	23	8	38	1.84
66779935--66780194	27	9.7	27	85	5	314	34	20	20	24	1.96
66779935--66780194	54	4.8	54	86	5	357	34	20	20	24	1.96
66779935--66780194	81	3.2	81	86	2	355	34	20	20	24	1.96
66780457--66780508	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
66780438--66780591	67	2.3	67	100	0	308	17	29	22	30	1.97
66780524--66780575	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
66780694--66780876	6	29.8	6	75	14	151	18	18	14	49	1.80
66780697--66780761	25	2.6	25	87	0	94	18	20	15	46	1.84
66780694--66780865	31	5.6	31	75	14	158	18	18	15	48	1.81
66780716--66780798	37	2.2	37	86	0	121	19	19	15	45	1.85
66780695--66780885	61	3.1	61	90	2	267	18	17	15	49	1.80
66786428--66786573	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
66786460--66786611	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
66794207--66794427	124	1.8	121	83	4	291	32	11	23	33	1.90
66794386--66794532	40	3.8	37	76	11	125	26	23	27	21	1.99
66794428--66794573	77	1.9	77	81	2	177	21	23	30	23	1.99
66802369--66802552	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66802409--66802597	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
66809879--66809942	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
66810150--66810301	24	6.4	24	90	3	236	26	21	22	29	1.99
66810150--66810301	71	2.1	71	93	1	259	26	21	22	29	1.99
66810150--66810301	47	3.2	48	90	3	236	26	21	22	29	1.99
66810360--66810436	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
66810356--66810438	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
66810356--66810427	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
66810475--66810522	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
66811758--66811970	27	7.9	27	85	6	218	40	6	23	29	1.79
66811733--66811900	54	3.1	55	80	5	139	40	8	20	29	1.83
66811758--66811962	81	2.5	81	82	6	254	41	6	21	29	1.79
66811967--66812065	27	3.7	27	81	5	112	30	10	20	39	1.85
66811959--66812065	54	2.0	54	81	7	128	31	9	20	38	1.84
66811976--66812080	27	3.9	27	75	9	72	34	9	18	38	1.83
66813661--66813692	8	4.0	8	95	0	55	25	28	37	9	1.87
66813972--66814031	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
66821068--66821127	27	2.3	26	82	2	66	21	20	20	38	1.94
66832077--66832110	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
66839487--66839511	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
66840248--66840366	27	4.4	27	81	9	136	24	19	19	36	1.94
66840247--66840366	54	2.2	54	88	2	170	24	19	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66842217--66842382	40	4.2	40	82	3	185	24	27	22	25	2.00
66844565--66844645	27	3.0	27	85	1	81	39	20	8	30	1.83
66844578--66844645	27	2.5	27	90	0	109	39	22	7	30	1.81
66844630--66844989	27	13.3	27	87	0	450	37	17	18	26	1.93
66844630--66844986	81	4.4	81	90	0	516	37	17	18	26	1.93
66846500--66846550	26	1.9	27	96	4	95	29	31	23	15	1.95
66847512--66847598	42	2.1	42	82	0	102	26	26	25	21	2.00
66849320--66849383	31	2.1	31	93	0	110	34	12	17	35	1.87
66850502--66850549	23	2.1	23	96	0	87	20	4	25	50	1.66
66852753--66852794	19	2.3	18	88	12	59	9	7	4	78	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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