genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  264  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82030677--82030745	3	22.7	3	75	11	54	26	1	4	68	1.17
82030677--82030748	12	5.7	12	72	18	65	25	1	4	69	1.14
82030683--82030745	17	4.1	15	77	22	53	26	1	4	66	1.20
82032740--82032856	58	2.0	58	88	3	173	27	17	11	43	1.84
82041730--82041852	57	2.2	58	82	12	157	46	5	18	29	1.72
82041762--82041865	57	1.9	56	83	11	137	47	8	17	26	1.76
82043342--82043483	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
82043381--82043509	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
82051352--82051493	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
82051391--82051519	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
82054453--82054516	9	7.1	9	85	0	83	50	14	6	29	1.67
82054453--82054516	18	3.6	18	86	0	92	50	14	6	29	1.67
82054453--82054516	27	2.4	27	94	0	119	50	14	6	29	1.67
82057194--82057234	11	3.9	11	93	6	68	26	26	9	36	1.88
82057507--82057542	17	2.1	17	89	0	54	30	2	5	61	1.33
82066893--82066921	13	2.3	13	94	5	51	58	0	0	41	0.98
82066939--82066983	22	2.0	23	86	4	65	53	6	0	40	1.27
82073554--82073605	23	2.4	22	75	12	54	32	17	7	42	1.77
82073822--82073969	57	2.6	57	79	7	149	29	19	17	33	1.95
82074738--82074775	20	2.0	20	89	5	60	31	18	2	47	1.62
82080545--82080738	47	4.1	47	89	0	280	32	10	29	27	1.90
82080574--82080645	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82080619--82080694	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
82080703--82080892	98	1.9	97	90	6	303	36	6	25	31	1.82
82080708--82080892	48	3.8	48	88	5	291	36	6	25	31	1.82
82081039--82081110	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
82083007--82083258	63	3.9	63	75	14	156	29	17	28	24	1.97
82083075--82083258	63	2.9	64	75	12	180	28	17	30	23	1.97
82084333--82084360	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
82087485--82087656	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
82087509--82087692	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
82091875--82092124	63	3.9	64	76	11	199	29	16	29	24	1.97
82093893--82094019	40	3.2	40	86	5	168	22	29	25	22	1.99
82093893--82094060	40	4.2	40	83	0	156	23	27	24	25	2.00
82096547--82096572	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
82102626--82102708	37	2.2	37	97	0	157	21	33	18	26	1.96
82102803--82103089	49	5.9	49	97	1	542	30	28	8	32	1.87
82102803--82103089	145	2.0	146	97	1	549	30	28	8	32	1.87
82102803--82103091	96	3.0	96	97	1	542	30	28	8	32	1.86
82106061--82106126	25	2.6	26	76	13	75	27	27	13	31	1.94
82106130--82106201	25	2.9	25	79	4	65	34	26	15	23	1.94
82117542--82117711	46	3.7	46	78	4	198	30	29	18	21	1.97
82117550--82117721	93	1.8	93	93	0	299	29	29	19	22	1.98
82122399--82122634	107	2.2	106	82	10	272	44	0	4	49	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82122395--82122633	54	4.3	57	75	14	189	45	0	4	49	1.28
82122803--82122856	16	3.4	16	84	0	72	29	24	1	44	1.64
82132228--82132348	46	2.6	46	93	0	197	29	29	21	19	1.97
82132220--82132354	46	3.0	45	85	4	155	29	31	20	18	1.97
82134209--82134264	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
82141212--82141345	26	5.2	26	97	0	250	35	25	7	32	1.84
82141735--82141866	45	2.9	45	87	0	183	26	15	12	44	1.83
82148296--82148349	25	2.2	25	89	0	81	50	7	11	31	1.66
82148415--82148466	15	3.5	15	76	10	61	55	5	1	36	1.35
82148534--82148658	23	5.3	23	74	21	91	57	3	5	33	1.38
82148573--82148733	47	3.6	45	77	16	140	57	4	3	34	1.34
82148532--82148733	23	8.8	24	70	23	84	56	3	4	34	1.38
82148639--82148673	16	2.2	16	90	10	54	68	0	0	31	0.90
82148627--82148737	11	10.1	11	66	11	57	58	5	1	34	1.31
82148851--82148960	23	4.6	23	75	15	91	60	4	3	31	1.34
82148854--82148972	23	5.0	23	74	17	77	59	4	4	31	1.35
82149052--82149101	24	2.2	24	86	10	70	54	2	4	40	1.31
82149052--82149187	12	11.7	11	69	16	62	61	4	3	30	1.32
82149141--82149202	3	21.0	3	83	6	74	64	3	3	29	1.25
82149831--82149855	9	2.8	9	100	0	50	8	0	0	92	0.40
82149865--82149894	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
82150782--82151092	87	3.5	88	83	6	355	34	19	16	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82163318--82163448	25	4.9	25	73	14	118	57	5	6	31	1.46
82163433--82163480	13	3.5	13	75	10	51	56	6	2	35	1.36
82163579--82163736	24	7.0	24	71	23	78	58	5	3	32	1.38
82163544--82163738	24	8.5	23	71	21	76	57	4	5	32	1.41
82163648--82163681	15	2.2	16	94	5	61	67	0	0	32	0.91
82164447--82164494	25	1.9	25	100	0	96	39	16	12	31	1.86
82164838--82164904	35	1.9	35	93	0	116	35	1	10	52	1.45
82166043--82166970	47	19.6	47	91	1	1496	28	28	9	34	1.87
82166043--82166970	190	4.9	188	93	1	1505	28	28	9	34	1.87
82166545--82166620	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
82166043--82166970	143	6.5	141	94	1	1523	28	28	9	34	1.87
82176148--82176204	19	3.2	19	65	23	50	36	1	8	52	1.43
82176151--82176217	35	1.9	35	87	6	100	34	2	11	50	1.54
82177892--82177943	12	4.3	12	76	13	54	53	5	1	38	1.36
82177893--82177962	36	2.0	35	83	13	90	54	7	1	37	1.37
82177910--82177962	18	2.9	18	77	5	54	54	7	1	35	1.40
82177890--82178098	24	9.6	20	66	26	74	57	4	3	33	1.38
82177997--82178055	27	2.1	28	81	9	66	59	3	1	35	1.24
82178023--82178094	22	3.4	21	80	17	71	58	4	2	34	1.32
82178012--82178094	23	3.5	22	76	16	71	57	4	2	34	1.33
82178021--82178107	20	4.2	19	71	17	57	60	4	2	32	1.29
82178175--82178216	3	14.0	3	80	9	50	59	0	4	35	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82178175--82178297	12	10.7	11	68	17	54	61	3	4	30	1.32
82186886--82186938	24	2.2	24	100	0	106	33	15	13	37	1.86
82193769--82193898	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
82201192--82201249	23	2.6	22	89	7	91	3	15	22	58	1.52
82201201--82201253	23	2.3	23	100	0	106	3	18	15	62	1.47
82201664--82201714	25	2.0	25	100	0	102	19	7	35	37	1.81
82202464--82202530	20	3.4	19	80	12	64	37	11	17	32	1.87
82202580--82202689	26	4.3	26	89	5	165	29	20	23	26	1.99
82210001--82210169	47	3.6	47	95	0	293	30	12	31	26	1.93
82210143--82210232	46	2.0	46	86	0	126	34	8	30	26	1.87
82216363--82216679	94	3.3	94	74	14	263	23	29	17	29	1.97
82216352--82216679	48	6.9	48	75	11	255	23	29	18	28	1.98
82216353--82216674	142	2.2	146	86	8	448	23	29	18	29	1.98
82222431--82222469	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
82226333--82226550	40	5.6	40	90	5	340	24	21	27	27	1.99
82226333--82226550	78	2.8	80	91	5	349	24	21	27	27	1.99
82234383--82234604	40	5.6	40	91	1	349	24	21	26	27	1.99
82236414--82236596	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
82242388--82242570	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
82245568--82245788	40	5.6	40	78	6	227	24	27	23	24	2.00
82255081--82255119	19	2.1	19	85	4	53	43	17	10	28	1.82
82255122--82255202	42	1.9	42	97	0	153	41	6	18	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82265514--82265538	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
82265747--82265773	8	3.4	8	100	0	54	0	11	0	88	0.50
82267071--82267250	88	2.0	88	87	4	256	36	21	8	32	1.85
82272607--82272809	86	2.4	82	79	12	214	30	8	20	40	1.83
82273948--82273980	16	2.0	17	88	5	50	39	0	3	57	1.14
82274059--82274103	17	2.8	17	80	12	51	37	0	6	55	1.26
82275790--82275988	27	7.4	27	83	3	222	28	23	12	36	1.90
82275794--82275988	81	2.4	81	86	3	259	28	23	11	36	1.90
82275792--82275988	54	3.6	54	89	0	277	28	22	11	36	1.90
82275790--82276016	54	4.2	54	85	1	231	28	22	12	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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