genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  203  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62760443--62760631	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
62764752--62764935	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
62764792--62764980	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
62766009--62766057	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
62766879--62767045	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
62787822--62787862	8	5.1	8	85	11	57	80	2	0	17	0.82
62795048--62795100	26	2.0	26	100	0	106	45	22	7	24	1.78
62805532--62805615	43	2.0	43	82	0	105	27	29	17	25	1.98
62807323--62807366	20	2.2	20	100	0	88	40	29	0	29	1.57
62810300--62810512	40	5.3	40	84	3	214	31	20	21	26	1.97
62810300--62810512	80	2.6	79	83	2	246	31	20	21	26	1.97
62810545--62810650	40	2.7	40	85	2	142	29	18	23	28	1.98
62810402--62810719	143	2.2	143	88	3	460	30	18	21	28	1.97
62810794--62810846	15	3.5	15	84	7	72	18	0	37	43	1.51
62810804--62810916	22	5.2	21	77	14	88	21	0	37	41	1.53
62810789--62810964	14	12.3	14	68	13	72	21	0	36	41	1.53
62810880--62810962	29	2.9	29	70	8	71	21	0	38	39	1.54
62810789--62810936	7	20.7	7	72	9	57	21	0	35	43	1.53
62823144--62823177	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
62824059--62824116	27	2.1	28	80	3	64	20	22	18	37	1.94
62824431--62824533	28	3.7	28	80	0	125	25	34	15	24	1.94
62827535--62827606	35	2.1	35	86	5	101	34	0	4	61	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62827754--62827928	43	4.1	41	81	7	118	25	18	28	27	1.98
62827789--62827928	43	3.3	42	83	9	167	25	20	27	27	1.99
62831022--62831143	43	2.9	41	74	7	118	30	36	14	18	1.91
62830947--62831101	43	3.6	43	72	8	154	30	32	14	21	1.94
62830962--62831143	85	2.1	85	86	2	249	30	34	15	20	1.93
62833232--62833286	28	2.0	28	88	0	83	30	30	12	25	1.93
62833273--62833405	40	3.3	40	77	4	117	34	23	15	26	1.95
62845292--62845345	28	1.9	28	96	0	99	29	25	16	27	1.97
62845357--62845468	40	2.8	40	87	0	161	32	25	19	23	1.98
62851439--62851495	17	3.5	17	72	18	66	31	15	19	33	1.93
62851441--62851507	32	2.1	32	100	0	134	32	14	17	34	1.91
62851491--62851525	17	2.1	17	100	0	70	42	11	17	28	1.83
62851723--62851778	28	2.0	28	92	0	94	30	28	14	26	1.95
62851763--62851899	40	3.4	40	80	0	157	34	23	16	25	1.95
62853782--62853853	19	3.8	19	90	3	119	34	15	13	36	1.87
62853782--62853853	37	1.9	38	91	2	119	34	15	13	36	1.87
62854229--62854351	45	2.7	45	92	2	203	29	25	13	32	1.93
62854374--62854668	78	3.8	78	86	2	387	27	22	17	32	1.96
62877039--62877114	22	3.7	21	75	15	68	42	15	6	35	1.73
62877075--62877186	17	5.9	19	80	15	135	37	14	11	36	1.82
62877052--62877186	40	3.5	37	82	15	150	38	14	10	36	1.81
62882559--62882628	29	2.4	29	76	9	72	68	4	1	25	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62883639--62883710	9	7.4	10	75	10	60	65	1	4	29	1.20
62885511--62885564	24	2.2	25	93	3	92	70	22	3	3	1.19
62885510--62885565	25	2.2	26	87	9	89	71	21	3	3	1.17
62885528--62885598	32	2.2	32	94	0	124	76	15	4	4	1.10
62886166--62886200	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
62888175--62888210	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
62895046--62895230	69	2.6	70	83	9	234	26	14	23	35	1.93
62895131--62895474	115	2.9	121	79	12	395	26	15	22	35	1.94
62894874--62895309	193	2.3	185	83	8	524	27	15	22	34	1.94
62895372--62895589	71	3.0	71	79	4	249	24	18	22	33	1.96
62895508--62895679	94	1.8	93	82	3	220	26	21	20	31	1.98
62895581--62896241	74	8.8	75	72	15	347	29	17	19	33	1.95
62895368--62896268	242	3.9	237	79	12	878	28	17	20	33	1.96
62895845--62896236	140	2.7	140	83	8	456	31	16	18	33	1.94
62895845--62896236	70	5.5	72	82	8	396	31	16	18	33	1.94
62901903--62902070	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
62909988--62910097	40	2.7	41	86	8	138	20	29	27	23	1.99
62914785--62914853	27	2.5	27	95	2	120	28	27	14	28	1.95
62919645--62919755	24	4.6	24	97	0	213	21	17	25	36	1.95
62919645--62919777	24	5.5	24	92	1	196	24	17	24	34	1.96
62925692--62925761	27	2.6	27	93	2	113	28	30	14	27	1.95
62928681--62928729	21	2.3	21	80	19	57	71	0	8	20	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62933585--62933613	7	4.3	7	95	4	51	31	0	10	58	1.31
62939934--62940150	42	5.1	42	72	11	145	26	26	17	29	1.98
62940106--62940327	48	4.6	49	80	4	148	26	30	15	27	1.96
62940153--62940330	48	3.7	48	86	0	239	24	30	16	28	1.96
62941693--62941790	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
62949350--62949533	39	4.7	39	86	0	242	22	30	22	24	1.99
62954324--62954406	39	2.2	39	93	2	141	30	18	24	27	1.98
62954593--62954629	6	6.2	6	93	0	65	81	0	2	16	0.81
62961800--62961966	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
62969795--62969974	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
62973777--62973943	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
62977434--62977469	17	2.1	17	89	0	54	50	22	0	27	1.50
62993610--62993674	32	2.0	32	93	0	112	23	26	30	20	1.98
62995505--62995608	55	1.9	55	97	0	199	38	28	5	26	1.79
62995505--62995626	55	2.2	54	88	5	156	39	29	5	25	1.79
62995941--62995970	14	2.1	14	100	0	60	30	13	13	43	1.82
62996916--62996954	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
62999437--62999469	3	10.7	3	93	6	57	36	0	0	63	0.95
63003796--63003969	46	3.8	46	93	0	285	25	31	8	34	1.85
63003997--63004329	47	7.1	47	94	1	580	25	27	12	34	1.92
63003957--63004329	186	2.0	187	89	3	572	25	28	12	33	1.92
63003997--63004354	139	2.6	136	88	4	452	27	27	11	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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63127307--63127365	29	2.0	31	80	12	70	37	1	20	40	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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