genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  284  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88815641--88815719	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
88815652--88815728	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
88818675--88818846	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
88818667--88818842	46	3.8	45	80	12	214	28	29	21	20	1.98
88818718--88818861	46	3.1	46	73	11	141	29	29	20	20	1.98
88821391--88821495	52	2.0	52	94	0	183	52	5	12	29	1.62
88821397--88821491	25	3.7	25	80	8	120	51	5	12	30	1.62
88826895--88827025	69	1.9	69	90	3	210	38	19	19	21	1.93
88827307--88827345	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
88831724--88831817	42	2.2	43	80	12	115	40	1	2	56	1.18
88835072--88835123	20	2.5	20	87	3	77	25	13	11	50	1.75
88841040--88841126	43	2.0	43	100	0	174	34	9	16	40	1.80
88847424--88847562	43	3.3	42	80	8	147	28	25	20	25	1.99
88852207--88852309	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
88860286--88860388	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
88862411--88862519	54	2.0	53	87	1	155	34	20	25	19	1.96
88862411--88862509	27	3.7	27	84	6	130	35	19	26	19	1.95
88863828--88863903	24	3.2	24	88	0	116	23	40	3	31	1.73
88868056--88868178	44	2.8	43	89	4	185	23	26	22	27	2.00
88870248--88870420	46	3.8	45	75	15	174	21	17	28	31	1.97
88870243--88870413	93	1.8	93	91	2	281	21	18	28	30	1.97
88876772--88876804	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88877383--88877489	43	2.5	43	95	1	187	24	28	23	23	1.99
88887919--88888049	6	21.3	6	69	16	72	48	12	18	20	1.81
88887945--88888015	19	3.8	19	74	10	65	47	12	19	19	1.81
88887928--88888008	37	2.2	37	88	4	119	49	11	18	20	1.78
88887977--88888046	25	2.8	25	86	0	86	47	12	20	20	1.82
88888334--88888396	22	2.9	22	79	13	76	34	23	23	17	1.96
88888856--88888930	27	2.9	25	75	16	71	36	26	18	18	1.94
88888910--88889024	27	4.3	27	82	1	133	26	22	16	34	1.95
88891127--88891345	40	5.5	40	95	2	381	22	23	27	26	2.00
88891127--88891345	79	2.8	80	94	3	381	22	23	27	26	2.00
88898458--88898676	40	5.5	40	90	2	336	22	23	26	27	2.00
88898458--88898676	79	2.8	80	89	3	336	22	23	26	27	2.00
88900059--88900162	27	3.9	27	87	0	145	25	22	17	35	1.95
88900155--88900258	27	3.9	27	70	0	82	31	5	24	38	1.79
88902781--88902865	44	1.9	44	88	4	127	31	27	17	23	1.97
88909567--88909653	37	2.3	36	92	5	138	26	33	18	21	1.96
88909722--88910423	49	14.2	49	95	2	1217	31	30	8	29	1.87
88910225--88910317	31	3.2	31	66	25	92	31	32	8	27	1.87
88915152--88915244	31	3.2	31	66	27	94	21	4	8	65	1.38
88915149--88915260	56	2.0	56	100	0	224	23	5	8	62	1.45
88915908--88915958	18	2.8	18	71	11	50	13	5	15	64	1.46
88929105--88929253	42	3.5	43	73	13	128	29	18	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88929149--88929261	43	2.7	42	75	9	113	28	21	23	27	1.99
88930630--88930703	37	2.0	37	94	0	130	25	22	9	41	1.84
88930918--88930962	20	2.2	20	84	7	56	35	13	4	46	1.63
88936314--88936350	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
88945099--88945316	46	4.7	46	81	12	248	27	20	28	22	1.99
88945102--88945316	94	2.3	92	87	3	306	27	20	28	23	1.98
88945102--88945362	46	5.7	45	77	10	226	27	19	28	24	1.98
88945096--88945399	136	2.2	141	80	8	340	27	19	28	25	1.99
88951371--88951592	50	4.4	50	82	3	286	26	19	25	29	1.98
88951376--88951557	101	1.8	101	95	0	328	27	20	24	28	1.99
88951804--88951833	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
88953860--88953926	22	3.0	22	100	0	134	50	13	17	17	1.77
88958831--88958965	55	2.5	55	83	0	171	25	32	22	20	1.97
88969457--88969559	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
88980869--88981013	76	1.9	76	84	0	191	42	17	14	26	1.87
88989723--88989867	40	3.6	40	86	4	202	22	26	25	25	2.00
88997744--88997888	40	3.6	40	86	4	202	22	26	25	25	2.00
89000239--89000547	154	2.0	154	92	1	521	30	17	17	34	1.93
89004283--89004315	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
89004328--89004361	16	2.1	16	88	0	50	26	2	0	70	1.01
89007236--89007457	40	5.6	40	86	8	301	26	27	22	24	2.00
89007236--89007457	83	2.8	79	87	6	306	26	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89015331--89015474	40	3.5	40	87	7	202	26	27	22	22	1.99
89025571--89025791	48	4.6	48	90	0	343	25	29	19	24	1.98
89027872--89028038	40	4.2	40	79	3	167	24	26	22	26	2.00
89030513--89030696	40	4.6	40	81	1	188	34	25	15	24	1.95
89038393--89038616	48	4.7	47	78	5	177	25	26	19	28	1.98
89038443--89038624	48	3.9	46	83	4	204	27	26	17	28	1.98
89038443--89038624	94	1.9	94	86	6	262	27	26	17	28	1.98
89044646--89044721	40	1.9	40	86	5	109	31	26	18	23	1.97
89046826--89046953	46	2.8	46	81	2	123	29	17	27	25	1.97
89047023--89047190	49	3.5	47	77	11	153	27	20	27	23	1.99
89048220--89048244	13	1.9	13	100	0	50	24	28	40	8	1.83
89055397--89055624	50	4.6	49	78	9	219	30	25	18	25	1.98
89059645--89059732	27	3.3	26	76	6	86	38	21	20	19	1.93
89059870--89060040	27	6.3	27	81	0	189	25	18	19	36	1.94
89059864--89060018	81	1.9	81	89	0	238	25	19	19	35	1.95
89059872--89060040	81	2.1	81	86	0	230	25	18	19	36	1.94
89067119--89067227	42	2.6	42	82	5	132	29	22	16	32	1.96
89067243--89067304	30	2.1	30	96	0	115	17	22	9	50	1.75
89071410--89071449	8	5.0	8	87	0	53	5	37	30	27	1.78
89071736--89071789	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
89071790--89071908	27	4.4	27	85	0	166	26	21	17	34	1.96
89077547--89077762	50	4.3	50	84	4	220	27	13	19	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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89111936--89112013	29	2.7	30	80	7	99	25	15	32	26	1.95
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89136722--89136906	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89136723--89136914	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
89136722--89136939	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
89144953--89145207	55	4.8	53	79	8	243	36	18	25	20	1.95
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89152769--89152915	40	3.7	40	92	0	231	25	27	21	24	1.99
89152736--89152915	80	2.2	80	84	5	247	26	27	21	25	1.99
89167773--89167835	22	2.9	22	76	9	74	33	22	25	19	1.97
89167979--89168058	40	2.0	40	90	0	124	30	27	17	25	1.97
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89168378--89168585	54	3.9	54	76	6	190	28	6	22	42	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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