genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  60  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15702671--15702731	19	3.2	19	68	13	61	50	6	4	37	1.50
15712938--15712980	16	2.4	19	77	22	56	18	2	0	79	0.85
15712938--15712980	17	2.5	18	85	11	63	18	2	0	79	0.85
15716221--15716346	47	2.7	47	86	6	166	21	30	20	27	1.98
15726571--15726638	25	2.8	25	73	10	68	32	25	17	25	1.97
15728659--15728739	26	3.1	26	82	7	110	19	11	33	35	1.87
15746166--15746268	40	2.6	40	83	3	129	31	22	25	21	1.98
15746166--15746306	39	3.6	40	83	4	155	29	22	26	21	1.99
15746205--15746345	39	3.6	37	83	6	147	25	22	29	22	1.99
15754814--15755051	44	5.5	43	78	5	214	34	22	24	18	1.96
15754817--15755014	85	2.3	85	82	4	236	35	22	24	17	1.95
15755389--15755532	44	3.3	44	68	14	136	34	21	23	20	1.96
15755341--15755627	86	3.3	86	85	2	337	36	20	22	20	1.95
15757773--15757815	20	2.0	21	82	13	52	37	4	2	55	1.33
15761971--15762029	31	2.0	30	86	6	84	33	5	13	47	1.65
15783934--15784082	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
15783975--15784082	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
15789749--15789804	28	2.0	28	89	0	85	21	26	17	33	1.96
15791393--15791445	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
15792930--15793064	26	5.2	26	97	0	227	36	24	5	34	1.78
15795081--15795119	16	2.4	16	91	0	60	33	7	28	30	1.85
15795105--15795194	44	2.0	46	86	4	130	32	5	26	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15795366--15795398	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
15795438--15795471	18	1.9	17	94	5	59	58	5	0	35	1.22
15798207--15798250	22	1.9	24	90	9	74	0	13	15	70	1.17
15802455--15802519	32	2.0	32	93	0	112	15	23	7	53	1.67
15803672--15803719	15	3.2	16	88	11	75	31	29	10	29	1.90
15803872--15804236	41	8.9	41	78	7	332	37	20	16	25	1.94
15803893--15804228	82	4.1	81	86	6	444	36	20	17	25	1.95
15803873--15804278	41	9.9	41	74	7	277	36	20	16	25	1.94
15804104--15804298	42	4.7	42	73	12	127	35	22	17	24	1.95
15803903--15804258	165	2.2	164	84	3	403	36	21	16	25	1.94
15804667--15804751	34	2.3	36	84	9	102	23	1	30	44	1.61
15804821--15804962	15	9.7	15	78	6	96	21	2	33	42	1.67
15804821--15804934	45	2.6	45	95	1	203	22	3	30	42	1.70
15804858--15804962	7	14.4	7	81	8	113	20	1	35	42	1.63
15805059--15805165	41	2.6	41	86	3	133	41	12	16	29	1.85
15806677--15806721	21	2.1	21	95	0	81	2	53	17	26	1.56
15812565--15813052	241	2.0	242	95	0	888	34	14	16	34	1.90
15814422--15814465	17	2.5	17	88	3	70	56	11	4	27	1.53
15815909--15816001	44	2.2	44	88	7	138	38	0	40	20	1.53
15816978--15817017	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
15817209--15817290	14	6.0	14	72	13	64	45	24	1	29	1.61
15817212--15817303	7	12.4	7	72	11	58	47	23	1	27	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15817569--15817594	12	2.2	12	100	0	52	46	23	15	15	1.83
15818241--15818556	9	35.2	9	67	16	147	47	15	2	34	1.59
15818250--15818552	16	19.0	16	72	12	151	47	14	2	34	1.59
15818241--15818552	34	9.7	34	70	19	215	47	15	2	34	1.59
15818268--15818427	64	2.5	65	87	3	236	46	15	3	34	1.62
15818344--15818521	46	3.8	46	93	3	275	48	14	2	34	1.58
15820444--15820728	136	2.1	136	98	0	552	31	25	18	24	1.98
15822500--15822608	26	4.2	26	91	1	166	37	22	5	33	1.78
15827483--15827513	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
15828787--15828994	64	3.2	64	63	17	163	30	26	17	25	1.97
15828753--15829035	134	2.1	135	97	1	532	31	25	18	24	1.97
15830813--15830922	26	4.2	26	92	0	175	37	23	5	33	1.78
15831689--15831720	16	2.1	15	94	5	55	28	6	12	53	1.62
15836724--15836755	15	2.1	15	100	0	64	31	25	9	34	1.87
15838658--15838710	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
15840192--15840299	26	4.2	26	87	0	162	34	24	7	34	1.83
15842563--15842591	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
15843420--15843521	43	2.4	42	82	8	116	25	23	20	30	1.99
15844201--15844242	22	1.9	22	100	0	84	78	11	4	4	1.06
15846508--15846537	15	1.9	16	93	6	53	60	10	10	20	1.57
15846571--15846778	64	3.2	64	90	0	335	31	16	13	38	1.88
15847097--15847192	44	2.2	46	81	5	108	29	16	25	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15847051--15847322	132	2.1	133	85	3	361	29	18	23	28	1.98
15846960--15847626	309	2.1	310	81	7	780	30	18	24	26	1.98
15847358--15847762	137	3.0	137	83	4	419	30	18	24	26	1.98
15847543--15847775	44	5.2	44	74	11	186	31	16	24	27	1.96
15847630--15848025	177	2.2	176	83	4	485	31	18	22	27	1.97
15850534--15850584	26	2.0	24	82	14	59	33	7	21	37	1.82
15851849--15851881	11	2.8	12	86	13	50	51	33	3	12	1.54
15853155--15853205	24	2.0	26	85	7	70	39	3	0	56	1.18
15853177--15853283	24	4.0	27	72	12	87	28	4	2	64	1.27
15853163--15853426	26	10.0	26	69	14	134	29	6	4	59	1.41
15855048--15855162	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
15855048--15855162	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
15856779--15856914	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
15858240--15858330	28	3.2	28	96	0	164	59	10	9	19	1.59
15858240--15858341	28	3.6	28	94	0	159	59	10	10	18	1.59
15859852--15859895	24	1.9	22	86	9	61	79	6	6	6	1.06
15860670--15860726	28	2.0	28	100	0	114	29	10	17	42	1.83
15864535--15864595	30	2.0	31	84	9	81	29	24	6	39	1.80
15869703--15869742	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
15869808--15869941	27	5.0	27	84	9	134	35	20	23	20	1.96
15869808--15869940	53	2.5	55	84	8	166	34	21	24	20	1.96
15871549--15871606	26	2.2	26	96	0	107	37	24	3	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15875437--15875476	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
15875537--15875675	27	5.2	28	88	7	175	35	22	24	17	1.96
15875537--15875675	54	2.6	55	88	3	194	35	22	24	17	1.96
15877285--15877341	25	2.2	26	93	3	98	36	24	3	35	1.73
15880317--15880356	22	1.9	20	90	10	62	50	20	15	15	1.79
15881900--15882061	26	6.2	26	95	0	261	37	24	5	33	1.79
15885419--15885448	15	2.0	15	93	0	51	36	6	0	56	1.26
15886942--15886981	18	2.2	19	86	4	55	27	0	10	62	1.27
15887192--15887223	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
15887759--15887805	25	1.9	24	83	12	60	29	10	0	59	1.31
15895218--15895292	22	3.3	22	66	23	64	33	13	29	24	1.93
15895196--15895342	47	3.1	47	94	0	249	36	10	27	25	1.89
15904238--15904949	180	4.0	180	81	5	754	30	16	23	29	1.96
15906201--15906242	20	2.0	21	81	9	50	14	14	11	59	1.61
15906521--15906560	18	2.2	19	86	4	55	27	0	10	62	1.27
15907380--15907426	25	1.9	24	83	12	60	29	10	0	59	1.31
15909174--15909198	4	6.2	4	100	0	50	72	0	0	28	0.86
15909341--15909382	18	2.4	18	84	4	59	54	2	11	30	1.49
15909451--15909493	17	2.5	17	82	17	54	65	4	4	25	1.32
15909653--15909704	26	2.1	24	86	13	70	65	0	7	26	1.20
15910040--15910074	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
15912042--15912136	43	2.2	44	82	1	111	24	23	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15912582--15912682	50	2.0	50	98	0	193	26	15	14	42	1.86
15913673--15913782	26	4.2	26	95	0	175	32	6	24	36	1.81
15915265--15915317	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
15919393--15919483	26	3.5	26	93	0	146	30	7	24	37	1.83
15920958--15921005	24	2.0	25	83	4	62	39	20	14	25	1.91
15930317--15930354	20	1.9	20	94	0	67	57	10	0	31	1.32
15930715--15930854	27	5.2	27	81	2	147	18	22	22	35	1.95
15930715--15930848	54	2.5	55	85	2	164	19	22	22	35	1.96
15934845--15935006	26	6.2	26	97	0	288	33	6	24	35	1.80
15936620--15936742	27	4.5	27	85	1	147	21	24	21	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
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