genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.377.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  377  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117879918--117880287	100	3.8	99	82	10	419	26	17	18	38	1.92
117880319--117880519	65	3.0	62	74	17	197	31	16	18	33	1.93
117880204--117881299	144	7.6	146	83	8	1306	31	16	19	33	1.94
117880204--117881299	73	15.2	73	82	7	1278	31	16	19	33	1.94
117880204--117881305	218	5.1	219	88	6	1506	31	16	19	33	1.94
117881274--117881692	91	4.7	90	79	8	387	28	17	17	36	1.93
117881231--117881625	91	4.5	87	81	10	369	28	17	18	34	1.95
117881232--117881625	177	2.2	176	83	7	478	28	18	19	34	1.95
117882408--117882506	30	3.3	30	94	0	171	26	51	6	16	1.67
117882985--117883113	23	5.6	24	72	13	74	34	6	3	55	1.40
117883132--117883194	25	2.5	24	84	7	72	30	4	6	58	1.43
117883137--117883208	25	2.8	25	77	10	67	30	5	4	59	1.39
117883255--117883310	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
117884015--117884117	51	2.0	51	100	0	206	47	15	11	25	1.79
117884848--117884903	24	2.3	24	87	0	76	41	19	21	17	1.91
117884860--117884913	24	2.2	24	86	0	72	38	20	24	16	1.92
117886371--117886396	8	3.2	8	100	0	52	50	11	38	0	1.39
117888031--117888169	43	3.3	41	81	3	152	33	23	20	23	1.97
117894001--117894056	9	6.2	9	80	0	67	33	0	17	48	1.48
117893981--117894021	21	2.0	21	85	0	55	31	0	19	48	1.49
117895277--117895343	33	2.0	33	94	0	116	44	16	23	14	1.85
117897773--117897825	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117899312--117899387	26	2.9	26	98	0	143	36	26	5	31	1.79
117900771--117900804	17	1.9	17	88	5	50	73	2	0	23	0.97
117901128--117901260	7	18.6	7	67	4	50	40	36	1	21	1.63
117901126--117901277	79	1.9	80	90	1	243	38	37	1	23	1.63
117901510--117901559	18	2.8	18	81	0	64	46	28	2	24	1.64
117902342--117902442	41	2.4	43	83	8	129	31	21	14	31	1.94
117903114--117903512	131	3.0	131	84	5	484	27	18	18	35	1.94
117909026--117909133	26	4.2	26	95	0	198	32	7	25	35	1.84
117910731--117910870	27	5.2	27	80	11	162	18	23	23	34	1.96
117910731--117910866	54	2.5	54	91	2	211	19	24	22	34	1.96
117910731--117910888	27	5.9	26	81	8	131	19	24	22	34	1.97
117910740--117910888	81	1.9	80	83	12	198	20	24	20	34	1.97
117913687--117913717	15	2.1	15	100	0	62	48	6	0	45	1.28
117914200--117914250	19	2.7	20	81	6	52	21	7	1	68	1.25
117914948--117914974	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
117915375--117915415	16	2.6	16	84	0	64	31	41	9	17	1.82
117915896--117915957	25	2.6	23	77	10	70	29	19	32	19	1.96
117922428--117922529	44	2.3	44	83	3	116	35	21	15	27	1.94
117922561--117922782	94	2.4	94	84	5	281	34	17	19	27	1.95
117922632--117922862	44	5.1	44	72	12	182	34	18	20	25	1.96
117922561--117922793	93	2.5	94	83	4	267	35	16	20	27	1.94
117929301--117929343	13	3.3	13	84	12	61	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117930670--117930698	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
117934195--117934227	12	2.5	13	85	14	50	33	0	0	66	0.92
117935779--117935815	2	18.5	2	94	0	65	45	2	51	0	1.15
117940374--117940400	14	1.9	14	100	0	54	7	29	14	48	1.71
117941347--117941555	40	5.1	40	79	5	195	40	17	19	23	1.91
117941347--117941555	81	2.6	80	78	6	222	40	17	19	23	1.91
117941625--117941658	17	1.9	18	88	5	52	50	32	0	17	1.47
117942143--117942191	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
117942452--117942492	7	5.7	7	88	5	64	24	0	29	46	1.53
117942452--117942492	15	2.9	14	89	7	64	24	0	29	46	1.53
117942459--117942503	22	2.0	22	87	8	65	24	0	31	44	1.54
117942840--117942891	22	2.4	22	77	6	61	65	3	1	28	1.21
117943012--117943159	72	2.1	71	84	6	192	12	37	4	45	1.60
117946493--117946560	25	2.7	25	90	0	109	10	41	19	29	1.84
117946966--117947006	10	4.1	10	87	0	55	41	2	0	56	1.13
117947494--117947622	69	1.9	69	91	3	215	34	6	22	37	1.79
117947482--117947622	23	6.1	23	85	4	176	34	7	21	36	1.81
117947482--117947622	46	3.0	47	86	2	196	34	7	21	36	1.81
117949205--117949547	43	7.8	43	71	10	163	29	23	18	28	1.98
117949272--117949441	86	2.0	85	83	5	218	28	21	20	29	1.98
117949279--117949463	86	2.2	86	80	3	194	28	22	20	28	1.98
117952383--117952445	32	2.0	32	96	0	117	34	23	6	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117956859--117957190	114	2.9	113	80	5	355	30	18	17	34	1.94
117957306--117957372	3	22.7	3	96	3	127	32	0	0	67	0.91
117957698--117957818	22	5.5	22	67	15	61	26	1	23	48	1.60
117957757--117957891	7	18.4	7	72	13	94	24	0	29	45	1.59
117957757--117957863	37	2.9	38	90	4	130	25	0	28	45	1.59
117957712--117957915	96	2.1	96	79	8	220	25	1	26	45	1.62
117957902--117957975	22	3.4	22	71	23	75	18	1	32	47	1.58
117957817--117958019	59	3.6	57	75	13	206	23	1	29	45	1.61
117958162--117958284	42	2.9	42	89	2	176	27	22	21	28	1.99
117958152--117958497	40	8.7	40	75	10	208	26	22	21	29	1.99
117958246--117958542	155	1.9	155	88	0	450	26	21	20	30	1.98
117967129--117967169	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
117967095--117967168	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
117970961--117971057	27	3.4	28	74	5	106	20	4	1	74	1.05
117970951--117971061	57	2.0	57	94	5	201	20	4	1	72	1.11
117971139--117971216	8	10.2	8	89	6	110	34	0	1	64	1.02
117971139--117971216	15	5.1	15	89	3	120	34	0	1	64	1.02
117971807--117971856	7	7.0	7	79	4	55	46	30	2	22	1.63
117971804--117971854	15	3.5	15	78	5	59	47	29	1	21	1.62
117971993--117972027	17	2.0	18	88	5	54	14	0	31	54	1.40
117971969--117972080	54	2.1	55	83	6	140	18	0	31	50	1.48
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117972088--117972288	81	2.5	81	78	8	237	18	19	24	37	1.94
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117995607--117995685	32	2.5	33	71	8	83	55	6	2	35	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117995646--117995745	23	4.4	22	75	8	78	52	5	7	36	1.51
117995785--117995855	25	2.8	26	79	8	76	56	4	5	33	1.42
117995789--117995870	25	3.5	23	77	12	62	58	4	4	31	1.40
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117997915--117998199	136	2.1	136	95	0	516	32	25	17	24	1.96
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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