genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.151.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  151  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45539835--45539865	15	2.1	15	93	0	53	41	0	0	58	0.98
45543677--45543726	22	2.3	22	89	0	73	60	8	12	20	1.57
45551226--45551268	18	2.4	18	96	0	77	46	11	9	32	1.72
45554113--45554145	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
45554655--45554684	4	7.5	4	100	0	60	26	0	23	50	1.50
45554682--45554708	4	6.8	4	100	0	54	25	0	48	25	1.52
45555886--45555939	25	2.2	24	80	3	63	42	12	11	33	1.79
45566382--45566527	40	3.7	40	79	5	152	25	28	23	22	2.00
45569155--45569257	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
45575745--45575886	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
45575784--45575896	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	23	2.00
45585778--45585984	45	4.7	45	77	10	171	27	18	25	28	1.98
45585837--45585984	41	3.5	42	77	10	106	29	19	25	25	1.99
45592400--45592624	40	5.7	40	90	4	314	24	21	26	27	1.99
45600414--45600556	40	3.6	39	81	12	175	24	22	26	26	2.00
45600413--45600579	79	2.1	79	81	9	198	25	21	25	26	2.00
45614099--45614184	37	2.3	36	92	7	138	26	33	18	20	1.96
45614253--45614465	49	4.4	49	92	1	347	31	27	7	32	1.86
45614233--45614465	97	2.4	98	91	2	369	30	28	8	32	1.87
45618298--45618376	40	2.0	39	92	2	131	29	26	18	25	1.98
45618305--45618389	40	2.1	40	84	4	109	31	27	18	22	1.97
45618365--45618493	40	3.2	40	80	5	145	27	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45620355--45620440	37	2.3	36	92	7	138	26	33	18	20	1.96
45620509--45620722	49	4.4	49	93	0	356	31	28	7	33	1.85
45629533--45629581	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
45630403--45630569	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
45633011--45633107	6	15.8	6	72	16	74	47	15	17	19	1.83
45633020--45633117	31	3.2	31	92	0	133	47	14	18	19	1.82
45633152--45633199	22	2.0	23	84	11	62	29	45	6	18	1.74
45633538--45633894	27	13.3	27	87	2	486	24	22	20	32	1.98
45633879--45634004	27	4.7	27	76	3	92	27	10	19	42	1.84
45633592--45633948	81	4.4	81	85	2	297	25	20	20	33	1.97
45633961--45634018	27	2.1	27	87	0	80	29	6	24	39	1.81
45633876--45634379	54	9.4	54	77	6	197	33	9	20	35	1.86
45633997--45634193	27	7.3	27	87	2	270	40	8	21	29	1.82
45633997--45634195	81	2.5	80	88	4	301	40	8	21	30	1.82
45634174--45634327	81	1.9	78	80	11	177	31	9	20	38	1.85
45634205--45634379	27	6.6	27	81	7	205	29	10	20	40	1.85
45634205--45634379	53	3.3	52	83	7	217	29	10	20	40	1.85
45645940--45646162	40	5.6	40	83	4	263	24	21	28	26	1.99
45645944--45646133	83	2.3	80	87	3	256	23	21	28	26	1.99
45653793--45654014	40	5.6	40	80	8	231	24	21	28	26	1.99
45653793--45653985	80	2.4	81	86	4	257	23	21	27	26	1.99
45661667--45661891	40	5.6	40	84	3	299	24	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45661671--45661861	83	2.3	80	89	2	274	23	22	28	26	1.99
45664203--45664305	53	1.9	53	86	0	143	19	16	24	39	1.91
45664198--45664306	27	4.1	27	87	2	139	19	17	23	39	1.92
45668925--45668984	27	2.2	27	84	0	75	26	16	13	43	1.85
45676148--45676257	27	4.1	27	88	4	159	20	16	22	40	1.91
45677421--45677521	28	3.5	28	84	4	103	28	13	27	29	1.95
45677450--45677521	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
45685408--45685508	28	3.5	28	84	4	103	28	13	27	29	1.95
45685437--45685508	29	2.5	29	91	6	112	30	13	26	29	1.94
45688870--45688972	29	3.6	29	88	2	145	25	14	32	28	1.95
45691005--45691173	40	4.2	40	78	6	164	26	21	27	24	2.00
45691005--45691173	80	2.1	80	83	4	207	26	21	27	24	2.00
45702535--45702637	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
45704660--45704827	40	4.2	40	78	6	155	26	22	26	25	2.00
45704660--45704827	80	2.1	80	82	5	198	26	22	26	25	2.00
45716190--45716352	39	4.2	39	92	0	254	22	20	32	24	1.98
45721082--45721244	43	3.8	43	79	15	160	21	18	27	32	1.97
45725325--45725477	67	2.3	67	93	0	252	18	21	26	33	1.97
45727387--45727728	50	6.8	50	79	5	305	27	17	24	30	1.97
45727493--45727677	101	1.8	101	87	2	273	27	17	25	29	1.98
45727438--45727727	151	1.9	151	85	1	402	27	18	25	29	1.98
45728285--45728622	180	1.9	180	88	0	514	40	7	19	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45735234--45735582	50	6.9	50	77	3	351	25	18	25	30	1.98
45735190--45735571	101	3.8	101	83	2	426	25	17	25	31	1.97
45736145--45736498	180	2.0	180	87	2	514	38	8	19	33	1.82
45738491--45738527	20	1.9	18	89	10	56	37	0	8	54	1.30
45740512--45740545	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
45742929--45743100	93	1.8	93	93	2	301	28	30	20	20	1.98
45742921--45743096	46	3.8	46	79	11	216	29	29	20	20	1.98
45742972--45743115	46	3.1	45	74	11	139	29	29	20	20	1.98
45745105--45745227	51	2.4	51	82	5	142	28	30	13	26	1.94
45745108--45745245	51	2.7	51	80	4	118	28	29	14	26	1.95
45745210--45745326	49	2.4	49	81	4	128	29	25	18	25	1.98
45745250--45745379	51	2.6	49	81	6	145	34	26	13	25	1.93
45747150--45747207	25	2.3	26	80	11	68	36	3	3	56	1.33
45749577--45749739	40	4.1	39	80	10	177	25	21	28	25	1.99
45757544--45757706	40	4.1	39	80	10	186	25	22	27	25	2.00
45761730--45761892	40	4.1	39	80	10	186	25	22	27	25	2.00
45769681--45769843	40	4.1	39	80	10	186	25	22	27	25	2.00
45781036--45781102	20	3.3	20	87	0	98	34	11	20	32	1.90
45781152--45781297	49	3.0	49	91	5	237	30	19	19	30	1.96
45781152--45781297	24	6.1	24	89	4	233	30	19	19	30	1.96
45784612--45784649	20	2.0	18	90	10	58	84	0	15	0	0.63
45785904--45786121	40	5.5	40	90	2	307	22	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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45812759--45812818	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
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45871391--45871472	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
45881609--45881875	40	6.7	40	92	0	421	25	28	21	25	1.99
45881593--45881875	120	2.4	119	93	2	487	25	28	21	25	1.99
45884421--45884531	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
45884535--45884716	46	4.0	46	97	0	337	31	27	7	34	1.84
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45911849--45911916	28	2.5	28	90	4	104	20	8	26	44	1.81
45912553--45912702	54	2.8	53	89	3	230	32	7	20	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45912551--45912702	27	5.7	27	81	3	200	32	7	20	39	1.81
45912562--45912729	79	2.1	81	77	4	180	33	7	20	38	1.81
45912695--45912945	81	3.1	81	85	4	371	39	8	23	28	1.84
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45912696--45912945	54	4.6	54	91	0	401	39	8	23	28	1.84
45913849--45914073	51	4.5	48	84	5	252	29	24	19	26	1.98
45913890--45914071	100	1.8	102	87	2	278	29	23	20	26	1.99
45920829--45920932	29	3.6	28	79	5	118	22	16	32	28	1.95
45929577--45929744	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
45929593--45929742	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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