genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  219  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67583922--67584047	46	2.7	46	95	0	216	21	22	26	29	1.99
67585800--67585942	48	2.9	50	84	6	211	23	30	20	26	1.98
67588360--67588543	19	9.9	18	72	16	135	48	14	17	19	1.81
67588360--67588543	6	29.8	6	72	15	135	48	14	17	19	1.81
67588368--67588521	37	4.5	37	72	18	152	48	14	17	18	1.81
67588414--67588480	25	2.7	25	88	0	98	49	16	17	16	1.80
67588377--67588542	62	2.7	62	92	0	269	48	15	18	18	1.81
67588476--67588543	25	2.7	25	83	0	91	48	14	17	19	1.81
67588662--67588713	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
67588959--67589231	53	5.1	52	82	5	278	26	19	19	35	1.95
67588993--67589231	27	8.9	27	82	6	256	26	17	19	36	1.94
67588976--67589231	80	3.2	80	78	12	274	25	18	19	36	1.95
67589236--67589650	27	15.4	27	82	3	235	37	8	21	32	1.84
67589236--67589650	54	7.7	54	78	4	347	37	8	21	32	1.84
67589251--67589663	81	5.1	81	75	5	377	36	8	21	33	1.83
67589576--67589771	27	7.3	26	78	6	115	32	8	21	37	1.83
67589561--67589774	54	4.0	52	77	11	130	33	8	21	35	1.84
67589630--67589775	27	5.4	27	79	6	136	31	9	19	39	1.84
67589628--67589803	54	3.3	54	79	4	194	31	9	20	38	1.85
67590642--67590828	48	3.9	48	82	6	207	25	27	18	28	1.98
67599170--67599391	40	5.6	40	88	1	313	29	26	21	23	1.99
67608461--67608485	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67609373--67609473	24	4.2	24	94	0	157	32	1	40	24	1.67
67610878--67610988	27	4.1	27	89	1	152	15	23	22	38	1.92
67620914--67621017	49	2.2	48	86	5	140	36	14	24	25	1.93
67625233--67625338	46	2.2	46	85	8	131	35	14	24	25	1.93
67633453--67633603	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
67633490--67633619	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
67641478--67641580	40	2.6	40	84	0	125	29	25	27	18	1.98
67648673--67648933	40	6.6	40	76	7	246	24	26	22	26	2.00
67653772--67653939	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
67653772--67653939	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
67661663--67661830	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
67661663--67661830	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
67665042--67665068	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
67669619--67669682	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
67669876--67670040	24	7.0	24	88	6	230	26	21	23	28	1.99
67669875--67670039	47	3.5	46	86	6	224	26	21	23	28	1.99
67669876--67670040	71	2.3	70	89	4	242	26	21	23	28	1.99
67670095--67670157	20	3.2	20	95	0	108	30	19	12	38	1.89
67670194--67670241	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
67671400--67671477	27	2.9	26	78	14	86	21	20	21	35	1.96
67671533--67671766	27	8.7	26	79	9	213	40	9	21	28	1.85
67671533--67671766	54	4.3	54	86	1	299	40	9	21	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67671535--67671766	81	2.9	81	85	3	306	40	9	21	28	1.85
67671535--67671797	81	3.2	81	83	4	298	38	9	23	28	1.86
67674752--67674820	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
67679463--67679566	49	2.2	48	86	5	140	36	14	24	25	1.93
67683785--67683887	46	2.2	48	87	3	147	35	14	25	24	1.93
67688106--67688209	49	2.2	48	86	5	140	36	14	24	25	1.93
67692433--67692534	46	2.2	47	89	1	152	36	14	24	24	1.93
67692433--67692551	47	2.6	46	86	1	148	36	15	22	26	1.93
67695299--67695472	45	3.8	45	79	13	203	20	20	29	29	1.98
67695296--67695465	92	1.8	92	93	2	297	21	21	29	28	1.98
67700777--67700951	46	3.8	46	82	10	214	23	21	26	28	1.99
67703876--67703938	24	2.6	24	92	0	108	34	0	41	23	1.55
67705361--67705465	54	2.0	53	84	1	138	17	22	20	39	1.93
67705360--67705470	27	4.2	26	82	10	125	16	23	21	38	1.92
67707704--67707740	19	2.0	18	89	5	56	24	16	40	18	1.90
67707809--67707927	29	4.2	29	79	6	136	28	15	29	26	1.96
67708960--67708993	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
67715232--67715379	43	3.5	43	74	9	124	26	25	21	26	2.00
67717041--67717171	49	2.6	51	82	9	162	29	25	19	24	1.99
67722920--67723317	54	7.5	54	75	12	333	36	16	24	22	1.94
67722927--67723289	55	6.9	52	72	14	255	35	15	25	23	1.94
67722882--67723313	109	4.1	107	77	12	425	35	15	25	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67722882--67723313	209	2.1	209	93	0	740	35	15	25	23	1.94
67722974--67723274	155	1.9	153	79	10	335	36	15	24	22	1.94
67723439--67723471	16	2.0	17	94	5	59	42	3	18	36	1.66
67726896--67726998	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
67730734--67731054	45	6.8	48	75	12	238	28	16	29	25	1.97
67730740--67731054	137	2.2	144	81	9	357	27	17	29	25	1.97
67733153--67733311	43	3.7	43	73	5	117	34	22	17	25	1.96
67739792--67739840	25	2.0	25	83	0	62	36	20	14	28	1.92
67739871--67739916	10	4.6	10	87	12	60	36	10	17	34	1.85
67739877--67739908	11	3.0	11	95	4	57	37	15	18	28	1.92
67739877--67739916	21	1.9	21	90	10	64	37	12	17	32	1.87
67739965--67740021	24	2.4	25	77	16	66	26	21	24	28	1.99
67742869--67742902	13	2.6	13	95	0	59	61	5	0	32	1.20
67743127--67743173	20	2.2	22	88	7	71	34	21	25	19	1.96
67743441--67743481	22	1.9	21	85	5	55	48	14	17	19	1.81
67750070--67750314	40	6.1	40	89	4	327	23	22	26	26	2.00
67755440--67755546	27	4.0	26	83	7	117	37	19	23	19	1.94
67755705--67755769	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
67756176--67756317	27	5.3	26	85	6	169	25	17	19	37	1.94
67756185--67756319	55	2.5	54	85	2	191	26	18	18	36	1.94
67762157--67762279	44	2.9	41	81	9	140	21	20	26	32	1.97
67762157--67762283	42	3.0	41	81	13	132	21	19	25	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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67840810--67840981	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
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67842782--67842938	85	1.8	85	97	0	296	31	24	14	29	1.94
67842855--67842980	48	2.6	48	89	1	191	31	23	13	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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