genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  288  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90183996--90184174	52	3.5	51	87	6	231	27	29	15	27	1.96
90185991--90186092	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
90193876--90193977	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
90200427--90200618	47	4.1	47	93	0	294	31	11	30	25	1.92
90200592--90200728	46	3.0	46	86	0	193	35	8	30	25	1.86
90206179--90206225	24	2.0	23	84	16	60	38	8	17	36	1.80
90208805--90209007	53	3.8	54	75	4	176	21	24	16	36	1.94
90208817--90209000	55	3.4	53	76	2	161	21	25	17	35	1.95
90211713--90211750	19	2.0	19	100	0	76	42	26	10	21	1.85
90215710--90215756	24	2.0	24	86	0	67	36	2	36	25	1.68
90217166--90217276	27	4.1	26	79	7	114	18	22	21	37	1.94
90217166--90217276	54	2.1	54	84	3	143	18	22	21	37	1.94
90218881--90219065	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
90218874--90219065	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
90226925--90227109	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
90226918--90227109	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
90229877--90229907	16	2.0	15	93	6	53	3	19	25	51	1.62
90232793--90232941	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
90232834--90232941	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
90240904--90241052	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
90240945--90241052	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
90246780--90247068	50	5.7	50	75	5	226	24	16	26	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90246831--90247075	101	2.4	101	83	5	293	24	17	26	31	1.97
90256369--90256466	43	2.3	43	80	0	115	37	20	14	27	1.91
90266866--90266994	49	2.7	47	79	6	134	27	18	31	23	1.98
90283311--90283605	49	5.9	50	74	5	193	26	16	25	32	1.96
90283365--90283616	49	5.0	50	75	4	204	25	17	25	31	1.97
90283362--90283542	101	1.8	100	86	1	263	28	18	23	29	1.98
90285159--90285289	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
90285176--90285326	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
90293192--90293360	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
90295137--90295166	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
90297650--90297726	40	1.9	40	86	5	111	36	24	15	23	1.94
90303767--90303980	46	4.6	46	76	11	179	25	28	17	29	1.97
90315453--90315486	17	2.0	17	100	0	68	41	5	17	35	1.74
90315538--90315578	21	1.9	22	90	5	66	58	31	0	9	1.31
90315637--90315710	19	4.0	18	77	10	69	60	2	1	35	1.19
90315637--90315710	17	4.0	18	79	10	69	60	2	1	35	1.19
90318502--90318530	11	2.7	11	94	5	51	55	6	0	37	1.27
90318663--90318707	24	1.9	23	86	13	65	48	6	6	37	1.56
90319041--90319115	22	3.3	22	71	20	64	57	9	5	28	1.52
90319522--90319609	3	29.0	3	70	13	56	61	3	3	31	1.29
90320636--90320671	13	2.8	13	91	0	54	13	8	36	41	1.75
90323730--90323947	46	4.8	45	78	7	183	26	19	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90323730--90323984	90	2.8	90	78	7	255	25	19	30	24	1.98
90326973--90327036	31	2.1	31	85	8	87	56	10	6	26	1.57
90340485--90340552	27	2.6	27	93	6	113	50	23	0	26	1.50
90341297--90341406	40	2.7	40	87	4	159	34	20	23	21	1.97
90341314--90341438	40	3.1	40	86	2	144	36	21	18	23	1.95
90342182--90342216	15	2.4	14	90	4	52	20	0	34	45	1.51
90342225--90342298	14	5.2	14	77	4	69	17	4	41	36	1.68
90342229--90342282	28	1.9	28	88	7	83	14	1	46	37	1.56
90342447--90342479	14	2.4	14	94	0	57	21	3	30	45	1.67
90342491--90342545	7	7.6	7	78	8	56	20	0	29	50	1.48
90342496--90342545	15	3.4	15	83	2	66	18	0	32	50	1.47
90342491--90342545	22	2.5	22	79	5	58	20	0	29	50	1.48
90343000--90343050	21	2.5	21	84	9	61	17	5	27	49	1.70
90343439--90343567	41	3.1	41	85	5	156	33	13	24	28	1.93
90343439--90343599	82	2.0	82	80	9	186	32	14	23	29	1.94
90343847--90343932	3	28.7	3	90	4	138	62	0	36	1	1.03
90347660--90347689	8	3.8	8	100	0	60	26	23	10	40	1.86
90348637--90348791	43	3.6	43	80	0	177	28	18	23	29	1.98
90348669--90348788	42	2.8	43	82	2	152	31	19	22	26	1.97
90355870--90355935	31	2.1	31	85	0	87	37	10	9	42	1.71
90357974--90357998	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
90370571--90370687	46	2.5	46	85	0	162	34	26	19	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90385404--90385482	41	1.9	41	100	0	158	24	22	8	44	1.81
90387811--90387839	7	4.1	7	100	0	58	58	0	0	41	0.98
90389898--90390105	40	5.2	40	79	4	204	25	25	24	25	2.00
90389898--90390104	80	2.6	80	83	3	238	25	25	24	25	2.00
90393592--90393758	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
90393592--90393758	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
90401605--90401771	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
90401605--90401771	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
90402597--90402642	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
90403656--90403717	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
90408689--90408864	40	4.4	40	91	1	273	23	20	28	26	1.99
90408675--90408877	80	2.6	80	88	1	311	23	20	28	27	1.99
90410693--90410739	15	3.3	14	82	11	60	21	2	0	76	0.89
90412310--90412371	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
90412367--90412398	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
90417733--90417774	21	2.0	21	85	0	57	40	2	11	45	1.54
90418390--90418514	25	5.2	25	85	4	136	19	22	18	40	1.92
90418603--90418657	18	3.3	18	63	31	50	47	0	23	29	1.52
90418604--90418662	31	1.9	31	100	0	118	47	0	23	28	1.52
90419172--90419210	19	2.1	19	85	4	53	38	0	15	46	1.46
90421524--90421569	19	2.4	19	92	0	74	30	23	6	39	1.80
90421591--90421644	3	18.0	3	100	0	108	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90425179--90425397	46	4.6	47	76	12	180	27	20	30	21	1.98
90428261--90428398	40	3.5	40	81	6	131	23	27	24	24	2.00
90428305--90428451	78	1.9	80	84	5	201	24	25	23	25	2.00
90434505--90434984	48	9.9	48	74	8	368	26	27	18	27	1.98
90434503--90434977	96	4.9	96	81	5	424	26	27	18	27	1.98
90434503--90434984	144	3.3	144	83	4	515	26	27	18	27	1.98
90434505--90434984	241	2.0	242	88	1	712	26	27	18	27	1.98
90439261--90439301	21	1.9	22	85	5	57	31	21	26	19	1.97
90448425--90448529	29	3.6	29	80	2	95	26	32	17	23	1.96
90448463--90448585	58	2.1	59	88	5	180	26	30	15	28	1.96
90448484--90448585	29	3.5	29	95	0	186	26	29	14	29	1.95
90450902--90450987	27	3.2	27	75	6	93	32	22	11	33	1.90
90454115--90454147	11	2.8	12	86	4	50	36	3	12	48	1.56
90456459--90456588	42	3.0	43	69	15	113	46	10	8	34	1.69
90457426--90457453	10	2.8	10	100	0	56	71	7	10	10	1.31
90459434--90459463	16	1.9	15	93	6	51	26	3	6	63	1.35
90474475--90474567	37	2.5	37	91	0	150	39	24	13	21	1.90
90488946--90489128	24	7.7	24	96	1	332	35	26	18	19	1.95
90488946--90489128	95	1.9	96	95	1	332	35	26	18	19	1.95
90494359--90494393	17	2.1	17	100	0	70	11	37	11	40	1.77
90495591--90495664	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
90495648--90495723	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90495591--90495723	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
90498558--90498670	24	4.7	24	97	0	208	36	26	17	19	1.94
90501915--90502012	41	2.4	41	81	3	110	37	20	29	12	1.89
90503008--90503047	13	3.0	14	82	17	50	40	5	0	55	1.22
90506022--90506122	49	2.1	49	98	0	193	33	18	8	38	1.82
90507290--90507327	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
90508500--90508564	9	7.1	9	78	1	67	47	0	1	50	1.10
90508512--90508559	18	2.7	18	100	0	96	45	0	0	54	0.99
90508835--90508895	18	3.3	17	77	18	59	31	0	0	68	0.89
90510327--90510403	39	2.0	39	100	0	154	36	7	18	37	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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