genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  174  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53485448--53485525	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
53488476--53488647	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
53488468--53488643	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
53496739--53496956	47	4.6	48	79	7	211	25	28	17	27	1.98
53496735--53496956	93	2.4	94	81	8	274	24	28	18	27	1.98
53496735--53497006	47	5.8	46	76	13	168	25	28	18	28	1.98
53503407--53503493	24	3.6	24	95	0	156	21	18	25	34	1.96
53503407--53503515	48	2.3	48	90	3	166	24	18	23	33	1.97
53510102--53510188	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
53510102--53510210	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
53510102--53510210	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
53512941--53513053	47	2.4	48	88	5	160	24	29	18	27	1.98
53513866--53513890	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
53518535--53518567	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
53521500--53521564	6	10.7	6	85	3	85	81	1	4	12	0.91
53532864--53532942	28	2.8	28	94	0	140	32	27	7	31	1.85
53532973--53533059	40	2.2	40	91	4	140	34	28	16	20	1.94
53536720--53536788	34	2.0	34	97	0	129	36	15	23	24	1.94
53558928--53559111	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
53558968--53559156	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
53568515--53568637	47	2.6	47	90	0	192	36	14	21	26	1.93
53568616--53568833	54	4.0	54	80	4	206	37	16	24	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53576335--53576500	77	2.2	76	85	5	219	34	25	19	20	1.96
53582617--53582801	76	2.4	77	89	1	291	34	28	18	18	1.95
53583032--53583073	22	1.9	22	95	0	75	30	23	23	21	1.99
53593450--53593474	8	3.1	8	100	0	50	24	24	12	40	1.88
53593722--53593779	28	2.0	30	90	6	93	27	10	3	58	1.47
53593859--53593904	23	2.1	22	84	8	58	56	21	2	19	1.52
53600711--53600743	14	2.3	15	90	10	52	36	0	0	63	0.95
53605806--53605885	30	2.7	30	80	7	90	57	12	16	13	1.65
53605806--53605878	15	4.9	15	73	11	60	57	12	16	13	1.65
53609769--53609979	43	5.0	43	82	5	225	27	13	24	33	1.93
53612446--53612617	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
53612438--53612613	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
53614998--53615085	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
53614998--53615076	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
53615009--53615085	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
53618030--53618201	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
53618022--53618197	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
53624809--53624910	42	2.4	43	80	6	109	29	24	18	27	1.98
53626228--53626335	55	2.0	53	80	7	119	39	18	12	28	1.88
53628457--53628628	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
53628449--53628624	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
53630545--53630625	31	2.6	31	83	9	103	55	14	18	11	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53630536--53630616	15	5.4	15	78	10	85	58	13	18	9	1.63
53630547--53630625	15	5.2	15	77	6	79	55	15	17	11	1.68
53632681--53632850	92	1.8	92	92	2	288	27	30	22	20	1.98
53632673--53632846	46	3.8	46	78	12	205	28	29	21	20	1.98
53632723--53632865	46	3.1	45	72	12	130	28	29	20	20	1.98
53634232--53634381	40	3.8	38	81	8	158	26	22	27	24	2.00
53642148--53642318	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
53644397--53644471	28	2.6	29	77	6	82	21	34	21	22	1.97
53644455--53644528	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
53649965--53650056	44	2.1	44	95	0	166	41	13	22	22	1.88
53667459--53667684	27	8.4	27	79	1	220	26	15	17	40	1.90
53667459--53667673	81	2.7	81	85	0	286	26	15	16	40	1.88
53670313--53670413	42	2.4	42	81	0	130	44	17	20	16	1.87
53670337--53670408	21	3.4	21	64	0	63	48	16	18	16	1.81
53683835--53683970	40	3.4	40	85	0	173	25	27	20	27	1.99
53683857--53684008	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
53691946--53692081	40	3.4	40	85	0	173	25	27	20	27	1.99
53691968--53692119	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
53699665--53699712	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
53699755--53699815	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
53699865--53699983	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
53699865--53699983	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53700175--53700269	31	3.1	31	96	0	172	40	15	21	23	1.91
53702432--53702534	45	2.4	45	85	8	133	25	27	21	26	1.99
53702873--53702910	16	2.3	16	90	4	58	23	28	31	15	1.96
53702881--53703043	43	3.8	43	94	0	281	31	33	25	10	1.89
53703036--53703140	38	2.8	38	88	0	147	30	27	20	20	1.98
53723002--53723045	18	2.4	18	96	0	79	9	34	34	22	1.86
53723563--53723659	48	2.0	48	92	4	160	31	25	4	38	1.75
53725458--53725485	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
53726224--53726368	41	3.6	41	89	0	202	24	21	25	28	1.99
53726210--53726409	81	2.5	78	78	8	204	23	22	27	27	1.99
53728156--53728338	48	3.9	48	71	12	164	29	25	20	25	1.99
53730130--53730248	58	2.1	58	88	0	175	25	23	16	34	1.95
53741121--53741248	27	4.7	27	76	9	100	37	19	10	32	1.85
53741130--53741248	54	2.2	54	80	5	134	38	20	10	31	1.85
53741225--53741435	27	7.8	27	88	2	228	28	22	7	41	1.81
53741360--53741634	27	10.1	27	77	7	146	38	19	8	33	1.82
53741303--53741462	81	2.0	81	83	0	203	29	20	8	41	1.82
53741279--53741462	54	3.4	54	81	1	136	29	21	8	40	1.83
53741414--53741553	54	2.6	53	80	8	165	39	22	8	29	1.84
53741558--53741643	27	3.1	27	77	14	77	38	12	10	38	1.78
53741697--53741788	27	3.4	27	87	3	123	33	19	26	20	1.96
53743035--53743095	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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53870524--53870593	27	2.6	27	93	2	113	28	30	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53872059--53872128	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
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53886844--53887046	40	5.1	40	86	2	248	25	28	22	24	1.99
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53892797--53892883	45	1.9	45	88	0	129	40	24	12	22	1.89
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53905659--53905759	28	3.5	28	84	4	103	28	13	27	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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