genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  223  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68825502--68825546	6	7.0	6	85	10	54	20	0	2	77	0.87
68825500--68825539	13	3.1	13	82	10	55	20	0	2	77	0.88
68825502--68825546	19	2.3	19	88	3	72	20	0	2	77	0.87
68825502--68825546	13	3.5	12	82	11	54	20	0	2	77	0.87
68825902--68825948	7	6.7	7	92	0	76	40	44	2	12	1.54
68825888--68825948	21	2.9	20	83	13	70	39	42	3	14	1.62
68825947--68825997	22	2.4	22	83	9	70	49	21	1	27	1.60
68826213--68826248	15	2.5	15	90	4	56	44	33	0	22	1.53
68826417--68826457	14	2.9	14	85	3	55	21	0	26	51	1.48
68826418--68826538	54	2.2	55	82	5	140	23	0	27	48	1.51
68826550--68826728	41	4.4	40	89	4	243	21	24	21	32	1.98
68828342--68828401	29	2.1	29	84	6	77	51	10	6	31	1.61
68835787--68835943	79	2.0	79	86	2	217	22	21	31	24	1.98
68835787--68835912	39	3.2	39	95	1	216	22	19	32	26	1.97
68835799--68835981	79	2.3	78	80	6	190	23	21	31	24	1.98
68838394--68838482	21	4.2	21	70	16	67	65	2	2	30	1.17
68841002--68841034	17	1.9	17	93	0	57	78	0	0	21	0.75
68841068--68841118	22	2.4	22	78	21	63	60	0	1	37	1.08
68841902--68841954	25	2.1	26	89	3	81	45	28	11	15	1.80
68845240--68845332	33	2.8	32	79	7	98	30	19	26	23	1.98
68851044--68851221	27	6.7	27	89	2	254	41	20	7	30	1.80
68851044--68851320	27	10.3	27	83	3	251	38	21	8	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68851271--68851776	27	18.8	27	86	4	646	27	22	9	40	1.84
68851271--68851840	54	10.6	53	83	4	252	28	22	9	39	1.84
68853013--68853060	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
68853103--68853163	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
68853213--68853356	24	6.0	24	92	2	218	28	22	22	27	1.99
68853549--68853612	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
68856258--68856436	27	6.7	27	89	1	254	41	20	7	30	1.79
68856258--68856490	81	2.9	80	82	5	272	40	21	8	30	1.82
68856420--68856494	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
68856486--68856993	27	18.8	27	86	3	630	28	22	8	40	1.83
68856513--68857057	54	10.1	53	83	3	239	29	22	8	39	1.84
68858233--68858280	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
68858323--68858383	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
68858433--68858575	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
68858433--68858575	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
68858433--68858576	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
68858767--68858830	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
68861758--68861917	51	3.2	49	72	18	123	31	14	18	36	1.90
68861850--68861945	50	1.9	50	85	4	131	34	16	14	34	1.90
68861957--68862024	19	3.5	19	83	2	82	25	26	14	33	1.94
68862809--68862839	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
68863203--68863382	88	2.0	88	95	0	324	41	19	7	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68865694--68865749	19	3.3	19	63	31	54	32	17	10	39	1.84
68865695--68865759	31	2.1	31	100	0	130	33	18	10	36	1.86
68870016--68870052	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
68870230--68870297	14	4.6	14	72	13	55	70	13	5	10	1.32
68871467--68871523	23	2.5	23	82	0	69	17	8	21	52	1.71
68875870--68876091	46	4.7	46	79	10	177	29	19	29	21	1.98
68877671--68877800	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
68877671--68877834	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
68880800--68880878	39	2.0	39	100	0	158	40	12	20	26	1.88
68887748--68887807	30	2.0	30	96	0	111	58	10	5	26	1.51
68890718--68890779	30	2.1	30	85	8	83	11	6	6	75	1.17
68890819--68890856	17	2.1	19	90	9	62	21	7	10	60	1.54
68892867--68893091	40	5.7	40	82	8	160	25	20	27	26	1.99
68892874--68893124	79	3.2	79	77	10	244	27	19	26	26	1.99
68900998--68901217	40	5.6	39	86	9	265	25	21	27	25	1.99
68900998--68901250	79	3.3	76	80	12	232	26	20	26	25	1.99
68907458--68907625	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
68915383--68915546	40	4.1	40	79	3	177	24	21	28	25	1.99
68915383--68915546	80	2.0	80	82	2	195	24	21	28	25	1.99
68919143--68919388	49	4.9	50	83	4	291	26	17	26	29	1.98
68919146--68919375	100	2.3	98	85	3	291	25	17	26	30	1.98
68926644--68926889	49	4.9	50	79	4	273	26	17	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68929922--68930128	47	4.4	47	96	0	360	31	8	30	28	1.87
68930246--68930328	37	2.2	37	86	0	112	25	24	30	20	1.99
68932169--68932210	12	3.5	12	83	6	50	28	21	40	9	1.84
68934044--68934070	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
68936605--68936707	52	2.0	52	100	0	206	34	5	25	33	1.80
68938170--68938215	16	2.9	16	84	9	60	54	0	4	41	1.20
68941136--68941238	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
68949154--68949256	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
68954065--68954112	20	2.4	20	100	0	96	16	35	35	12	1.87
68954099--68954134	18	2.1	17	90	10	56	16	33	36	13	1.89
68954776--68954926	59	2.6	58	84	3	176	27	28	11	32	1.91
68954772--68954928	29	5.3	30	85	1	185	26	27	10	35	1.90
68955098--68955141	23	2.0	22	86	13	63	43	11	6	38	1.67
68961418--68961524	54	2.0	54	83	7	137	38	19	10	31	1.85
68961418--68961521	27	3.9	27	84	5	113	39	20	10	29	1.86
68961513--68961715	27	7.8	27	80	10	208	29	24	6	39	1.81
68961592--68961688	46	2.1	46	86	0	131	28	23	8	39	1.84
68961565--68961708	73	2.0	73	84	2	191	27	24	7	40	1.82
68961620--68961661	19	2.2	19	86	0	57	30	23	7	38	1.82
68961538--68961726	100	1.9	100	80	4	220	30	24	6	39	1.80
68961637--68961833	54	3.6	54	80	4	164	36	20	8	35	1.82
68961694--68961946	54	4.7	53	73	10	172	38	20	9	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68961667--68961946	27	10.3	27	78	4	152	37	20	9	32	1.85
68961977--68962068	27	3.4	27	90	3	141	31	19	27	21	1.97
68961954--68962068	54	2.1	54	81	9	137	34	20	22	22	1.96
68962870--68962955	26	3.3	26	88	0	136	30	22	23	24	1.99
68962870--68963082	52	3.9	52	83	13	293	28	22	23	26	1.99
68962922--68962992	37	1.9	37	91	0	115	33	18	25	22	1.96
68962959--68963082	26	4.8	26	90	1	196	26	22	23	27	2.00
68962870--68963044	89	2.0	89	89	0	269	30	20	23	25	1.99
68963227--68963318	42	2.2	42	86	3	123	31	15	19	33	1.93
68963342--68963416	31	2.4	31	95	0	132	29	16	26	28	1.96
68965907--68965967	31	2.0	31	93	0	104	24	26	16	32	1.96
68966181--68966323	23	6.1	23	93	2	241	30	20	20	27	1.98
68966181--68966323	70	2.0	70	95	2	261	30	20	20	27	1.98
68966160--68966324	47	3.5	47	90	5	253	29	21	21	27	1.99
68966382--68966427	9	4.9	9	79	10	56	36	21	6	34	1.80
68966391--68966429	20	2.0	20	94	0	69	33	20	10	35	1.86
68966370--68966427	29	2.0	29	96	0	107	34	22	8	34	1.85
68971927--68971982	28	2.0	28	100	0	112	42	21	0	35	1.53
68972247--68972386	29	4.8	29	80	8	160	25	23	12	37	1.91
68975801--68975826	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
68976979--68977053	20	3.5	20	69	15	60	22	13	26	37	1.91
68976976--68977072	45	2.2	44	92	5	162	24	12	25	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68977426--68977451	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
68985058--68985098	18	2.3	18	82	0	55	39	14	4	41	1.67
68985069--68985107	18	2.2	18	85	0	51	38	15	7	38	1.76
68988872--68988948	23	3.4	23	74	3	93	35	22	27	15	1.94
68990278--68990341	31	2.1	31	87	0	92	21	21	15	40	1.91
68992236--68992548	47	6.5	47	90	3	455	32	7	30	30	1.85
68992236--68992548	96	3.3	96	93	1	488	32	7	30	30	1.85
68994629--68994657	7	4.1	7	100	0	58	27	27	0	44	1.54
69008609--69008684	11	7.5	11	71	16	74	35	13	19	31	1.90
69008608--69008684	20	3.8	20	92	0	136	35	12	19	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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