genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  271  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84414626--84414728	29	3.6	28	84	8	127	29	27	16	27	1.97
84418523--84418582	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
84423425--84423498	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
84423366--84423498	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
84426605--84426686	29	2.8	29	98	0	155	29	14	30	25	1.95
84434489--84434569	28	2.8	29	94	3	146	29	14	29	25	1.95
84447749--84447916	40	4.2	40	79	4	160	25	23	26	24	2.00
84451579--84451788	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
84459729--84459830	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
84462804--84462907	40	2.6	39	92	1	163	24	28	23	24	1.99
84462804--84462938	40	3.4	40	86	5	132	25	28	21	23	1.99
84462836--84463024	40	4.7	40	79	5	123	29	28	20	22	1.98
84465009--84465367	49	7.4	49	92	1	560	30	28	8	32	1.87
84465009--84465367	97	3.7	98	92	1	578	30	28	8	32	1.87
84465007--84465367	146	2.5	146	90	2	562	30	28	8	32	1.87
84465262--84465337	24	3.2	24	60	14	57	27	30	7	34	1.85
84471714--84471796	27	3.1	27	91	0	139	40	24	18	16	1.90
84471718--84471852	27	5.0	27	80	0	135	41	22	17	18	1.90
84471714--84471824	54	2.1	54	85	0	150	43	21	18	17	1.88
84471817--84471880	27	2.4	27	94	0	110	34	15	17	32	1.91
84471817--84471890	27	2.7	27	89	4	96	31	18	14	35	1.92
84475811--84475978	46	3.6	46	75	7	169	29	19	27	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84475808--84476008	94	2.1	94	82	1	251	29	19	26	23	1.99
84476042--84476167	49	2.6	49	80	1	135	32	22	23	21	1.98
84477756--84477864	18	6.1	18	96	0	191	22	43	21	12	1.86
84479073--84479202	43	3.0	42	76	7	136	32	25	13	28	1.94
84490498--84490577	40	2.0	40	100	0	160	45	5	12	37	1.64
84492557--84492612	29	1.9	29	92	0	94	33	12	12	41	1.81
84492973--84493054	40	2.0	40	92	0	137	37	24	6	31	1.80
84493899--84493983	36	2.4	36	84	5	102	41	14	20	24	1.89
84498960--84499000	20	2.0	20	85	4	55	39	12	0	48	1.41
84500597--84500755	43	3.7	43	72	10	137	24	18	25	32	1.97
84509576--84509670	29	3.3	28	80	5	109	29	32	15	22	1.95
84513240--84513317	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
84513420--84513542	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
84521625--84521803	40	4.5	39	84	4	205	24	27	22	25	2.00
84521585--84521803	80	2.7	80	83	1	242	23	26	23	26	2.00
84531433--84531480	24	2.0	24	100	0	96	33	12	8	45	1.72
84533126--84533174	19	2.6	19	100	0	98	30	34	18	16	1.93
84534919--84534962	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
84539731--84539913	24	7.6	24	97	0	285	20	18	25	35	1.95
84539731--84539935	72	2.8	72	88	2	288	22	18	24	34	1.96
84539731--84539935	48	4.3	48	91	2	225	22	18	24	34	1.96
84547452--84547658	24	8.6	24	97	0	333	20	18	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84550908--84550959	21	2.4	22	81	9	54	65	1	7	25	1.30
84550928--84550985	26	2.3	26	88	11	86	65	1	10	22	1.32
84566798--84566864	33	1.9	35	91	8	111	28	19	14	37	1.91
84574028--84574172	40	3.7	40	88	5	226	25	21	28	24	1.99
84574028--84574172	78	1.9	78	89	2	229	25	21	28	24	1.99
84574028--84574205	78	2.3	78	85	4	227	26	21	27	24	1.99
84582471--84582531	31	2.0	31	96	0	113	36	9	8	45	1.67
84583799--84583855	27	2.1	27	87	9	82	22	24	14	38	1.91
84583991--84584044	24	2.3	23	84	9	65	16	25	24	33	1.96
84587582--84587626	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
84589032--84589131	52	1.9	53	89	2	157	33	20	7	40	1.79
84592759--84592911	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
84592760--84592941	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
84600843--84600995	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
84600844--84601025	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
84613112--84613223	39	2.9	39	93	0	188	26	25	21	26	1.99
84617512--84617553	21	2.0	21	95	0	75	30	14	28	26	1.95
84622764--84622935	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
84622757--84622932	46	3.8	46	79	12	207	28	30	21	20	1.98
84622806--84622944	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
84626104--84626267	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
84626104--84626301	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84631489--84631669	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
84631491--84631661	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
84634568--84634651	29	2.9	29	82	10	100	10	16	15	57	1.65
84634577--84634655	15	5.4	15	80	10	92	10	17	12	59	1.60
84636992--84637164	46	3.8	46	79	14	214	20	21	29	28	1.98
84639564--84639787	40	5.6	39	83	6	222	26	27	19	26	1.99
84639564--84639787	80	2.8	79	83	6	283	26	27	19	26	1.99
84656450--84656579	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
84659273--84659330	6	9.5	6	80	10	64	50	13	18	17	1.79
84659283--84659375	25	3.5	25	77	16	96	46	13	20	19	1.84
84659276--84659358	31	2.7	31	90	0	130	46	14	20	18	1.83
84659498--84659632	27	5.0	27	86	4	139	36	20	22	20	1.95
84659790--84659848	22	2.7	22	81	5	66	28	22	27	22	1.99
84659939--84660018	27	3.0	26	87	3	106	33	21	23	21	1.97
84660242--84660500	27	9.6	27	86	1	322	27	21	17	34	1.95
84666358--84666607	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
84672533--84672565	8	4.1	8	100	0	66	51	0	24	24	1.48
84674093--84674135	18	2.4	18	80	3	52	39	6	6	46	1.58
84674761--84674892	49	2.8	47	90	2	201	21	15	28	34	1.95
84677563--84677811	120	2.1	121	83	2	313	26	22	25	24	2.00
84677561--84677793	40	5.8	40	89	2	272	26	22	25	25	2.00
84677614--84677835	120	1.9	120	82	1	284	27	22	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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84687100--84687405	46	6.7	46	78	1	245	26	19	20	33	1.96
84687045--84687429	92	4.2	91	81	3	333	28	18	19	32	1.96
84689670--84689813	37	3.9	37	93	0	234	27	32	17	22	1.96
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84690038--84690115	23	3.2	25	66	29	69	30	29	8	30	1.88
84690038--84690164	25	5.3	25	64	21	83	29	29	10	31	1.90
84689980--84690377	94	4.2	94	93	0	688	26	29	12	32	1.92
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84721909--84722010	27	3.8	26	87	5	123	36	22	23	17	1.95
84722169--84722233	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
84722686--84722774	27	3.3	27	76	3	90	26	13	20	39	1.90
84722661--84722776	54	2.2	54	84	4	146	28	16	17	37	1.91
84722731--84722861	27	4.9	27	78	3	111	27	7	22	41	1.81
84722728--84722855	54	2.4	54	80	2	150	27	8	22	41	1.83
84722758--84722897	54	2.6	54	83	0	154	29	7	24	39	1.82
84722808--84722870	27	2.3	27	83	0	90	28	7	25	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84722849--84723113	27	9.8	27	88	0	359	38	7	23	30	1.83
84723093--84723152	27	2.2	27	93	0	102	30	10	20	40	1.85
84725731--84725838	29	3.8	28	79	15	105	25	28	16	29	1.97
84726070--84726108	8	4.9	8	87	0	60	7	23	25	43	1.80
84726070--84726112	16	2.7	16	88	0	68	6	20	23	48	1.73
84729253--84729316	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
84729503--84729643	24	6.0	24	86	7	182	26	21	21	29	1.99
84729693--84729733	20	2.0	20	100	0	82	36	19	9	34	1.85
84729776--84729823	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
84735967--84736316	45	7.9	45	81	5	365	32	26	16	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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