genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  88  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24092879--24092937	16	3.4	16	72	28	57	35	3	27	33	1.74
24093388--24093461	37	2.0	37	89	5	114	22	18	32	25	1.97
24096722--24096926	43	4.8	43	77	4	189	25	17	28	28	1.97
24096722--24096926	86	2.4	86	80	3	234	25	17	28	28	1.97
24099361--24099391	11	2.8	11	95	0	53	77	0	12	9	0.99
24100635--24100778	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
24100636--24100818	78	2.3	79	89	1	269	24	22	29	22	1.99
24103532--24103561	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
24105724--24105809	25	3.4	25	91	0	145	30	22	22	25	1.99
24105724--24105830	50	2.1	50	84	0	133	31	21	21	25	1.98
24112021--24112083	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
24114088--24114275	39	4.8	39	90	0	241	24	31	21	22	1.98
24114124--24114276	39	3.9	39	94	0	261	24	32	20	23	1.98
24114093--24114275	78	2.3	79	90	1	278	23	31	21	23	1.99
24125802--24125989	39	4.8	39	90	0	241	24	31	21	22	1.98
24125838--24125990	39	3.9	39	94	0	261	24	32	20	23	1.98
24125807--24125989	78	2.3	79	90	1	278	23	31	21	23	1.99
24135024--24135052	11	2.6	11	100	0	58	20	0	17	62	1.33
24145410--24145635	48	4.8	48	78	7	232	27	26	19	26	1.99
24145963--24145992	14	2.2	13	94	5	51	53	13	0	33	1.40
24154318--24154347	14	2.2	13	94	5	51	53	13	0	33	1.40
24158298--24158352	28	2.0	28	96	0	101	20	14	34	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24158299--24158364	28	2.4	28	89	0	96	21	15	34	28	1.93
24158681--24158993	27	11.7	27	79	9	311	39	19	9	30	1.84
24158681--24158993	80	3.9	81	84	5	343	39	19	9	30	1.84
24158681--24158991	107	2.9	108	85	5	391	40	19	9	30	1.84
24158945--24159033	27	3.3	27	82	6	108	38	14	15	31	1.88
24160037--24160071	18	2.0	18	88	5	54	40	8	20	31	1.82
24166788--24166955	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
24166804--24166955	80	1.9	80	89	5	236	25	26	23	25	2.00
24171594--24171649	22	2.5	22	100	0	112	19	33	35	10	1.87
24186400--24186622	48	4.8	48	78	8	244	30	26	17	25	1.98
24188744--24188824	9	8.9	9	82	11	71	2	8	2	86	0.75
24188744--24188824	1	81.0	1	72	0	63	2	8	2	86	0.75
24191586--24191648	15	4.4	15	73	18	62	73	4	1	20	1.11
24191575--24191643	21	3.3	20	74	9	66	71	4	2	21	1.17
24192554--24192579	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
24202218--24202296	41	1.9	41	97	0	149	53	6	10	30	1.59
24204546--24204646	46	2.2	46	84	7	125	21	29	17	30	1.97
24212678--24212775	44	2.2	44	80	3	108	39	17	24	18	1.91
24215536--24215815	50	5.6	49	79	8	271	33	27	15	24	1.95
24215524--24215770	101	2.5	99	84	1	305	30	27	16	25	1.97
24217853--24218012	27	5.9	27	78	7	164	41	19	8	31	1.80
24217854--24218012	81	2.0	81	90	5	250	41	19	7	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24217859--24218012	82	1.9	82	90	4	231	42	20	7	29	1.78
24219332--24219385	27	2.0	27	100	0	108	22	25	25	25	2.00
24221805--24222002	27	7.3	26	78	11	152	40	18	7	33	1.79
24221957--24222015	27	2.2	27	90	3	93	40	15	15	28	1.87
24222432--24222516	27	3.1	27	76	6	75	20	16	20	43	1.88
24226100--24226136	15	2.5	15	95	0	65	56	13	16	13	1.67
24229923--24230103	101	1.8	100	88	1	281	28	26	18	26	1.98
24229860--24230108	49	5.0	50	77	4	261	28	27	18	25	1.98
24232094--24232192	28	3.5	29	80	6	105	29	27	16	27	1.97
24234183--24234344	58	2.8	59	85	3	195	26	16	32	25	1.96
24234183--24234284	29	3.5	29	94	0	186	29	14	29	26	1.95
24243052--24243122	28	2.5	28	90	6	108	29	26	14	29	1.95
24250894--24250994	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
24253263--24253429	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
24253279--24253429	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
24253809--24253919	57	1.9	57	82	8	136	27	15	18	38	1.90
24260464--24260630	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
24260480--24260630	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
24261011--24261127	58	2.0	58	83	6	148	26	16	17	40	1.90
24263703--24263773	28	2.5	28	86	4	90	32	21	15	30	1.94
24266814--24266844	13	2.3	14	94	5	55	58	12	0	29	1.35
24274263--24274430	56	3.0	56	84	3	205	34	23	13	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24276371--24276478	40	2.7	40	80	12	123	23	25	25	25	2.00
24284395--24284546	40	3.8	40	77	8	132	23	23	28	24	2.00
24286320--24286349	14	2.1	15	93	6	53	56	13	0	30	1.37
24288402--24288652	125	2.0	125	96	0	466	36	9	19	34	1.85
24296633--24296820	38	4.9	39	90	7	294	24	21	31	22	1.98
24296631--24296889	76	3.3	77	86	6	274	25	21	30	22	1.99
24304677--24304838	39	4.2	39	88	3	204	23	22	32	22	1.98
24304677--24304838	79	2.1	76	85	5	209	23	22	32	22	1.98
24308110--24308134	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
24317746--24317804	25	2.3	26	82	8	77	59	1	5	33	1.29
24317749--24317811	25	2.4	26	80	17	76	60	1	4	33	1.27
24318360--24318393	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
24325793--24325887	32	3.0	32	79	0	109	30	20	21	28	1.98
24326365--24326490	27	4.7	27	85	4	141	26	8	22	42	1.82
24329578--24329776	55	3.7	52	78	10	170	23	25	17	34	1.95
24332582--24332615	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
24336794--24336864	36	2.0	36	94	0	124	26	19	21	32	1.97
24342198--24342231	16	2.1	16	88	0	50	35	0	20	44	1.52
24348119--24348269	74	2.0	74	84	0	194	36	22	11	29	1.89
24354101--24354255	45	3.4	44	79	7	157	30	20	14	34	1.92
24354126--24354262	47	2.9	47	77	10	138	29	21	16	31	1.96
24355578--24355632	26	2.1	27	93	3	94	36	16	16	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24355578--24355641	26	2.4	26	87	7	76	37	14	18	29	1.90
24360979--24361150	93	1.8	93	88	2	265	27	28	20	23	1.99
24360973--24361146	46	3.8	46	76	14	169	29	27	20	23	1.99
24365181--24365356	46	3.8	45	79	12	205	21	20	29	28	1.98
24365178--24365349	93	1.8	93	94	0	308	21	20	29	27	1.98
24374023--24374434	27	15.3	27	83	5	483	26	21	9	41	1.85
24374439--24374634	27	7.3	27	86	0	248	35	19	19	25	1.95
24374832--24374914	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
24375225--24375298	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
24375416--24375517	6	16.8	6	76	17	95	21	16	12	49	1.79
24375416--24375517	30	3.4	30	89	6	161	21	16	12	49	1.79
24380533--24380726	48	4.0	48	95	0	334	35	6	28	29	1.83
24380867--24380973	37	2.9	37	91	1	171	24	18	31	25	1.98
24382242--24382519	40	6.9	40	92	0	430	20	21	29	27	1.98
24386142--24386201	27	2.3	27	94	2	104	36	0	25	38	1.56
24386169--24386478	48	6.5	48	93	0	512	35	6	26	31	1.81
24386619--24386726	37	2.9	37	88	0	162	25	19	29	25	1.98
24388494--24388644	74	2.0	74	87	2	214	33	23	11	31	1.90
24394678--24394789	40	2.8	40	88	0	161	21	28	23	26	1.99
24397832--24397986	45	3.4	44	77	7	148	31	20	14	33	1.92
24399314--24399369	27	2.1	27	96	0	103	35	16	17	30	1.92
24399314--24399379	27	2.4	27	90	5	89	36	13	21	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24422770--24422872	26	4.2	24	88	4	145	29	22	19	29	1.98
24422770--24422872	51	2.1	47	87	7	143	29	22	19	29	1.98
24422922--24422996	20	3.8	20	84	6	84	34	17	9	38	1.82
24422937--24422989	11	5.2	11	71	15	51	35	18	9	35	1.84
24423024--24423071	25	1.9	25	86	0	69	29	16	20	33	1.95
24423072--24423461	193	2.0	193	95	0	701	28	20	14	37	1.91
24430701--24430808	24	4.4	25	89	5	157	27	22	20	29	1.98
24430858--24430932	20	3.8	20	87	6	102	33	18	10	37	1.86
24439114--24439142	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
24445340--24446347	48	21.0	48	91	0	1595	36	5	26	31	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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