genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.307.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  307  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95900347--95900497	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
95908361--95908491	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
95908378--95908528	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
95910511--95910655	26	5.7	26	79	3	159	61	5	4	28	1.39
95910579--95910624	24	1.9	24	86	0	65	58	8	8	23	1.56
95912818--95912933	48	2.4	47	80	4	126	26	23	20	29	1.99
95914180--95914219	18	2.2	18	100	0	80	32	12	20	35	1.90
95914481--95914520	2	19.5	2	84	5	53	42	2	5	50	1.37
95919390--95919441	28	1.9	26	84	7	68	36	3	7	51	1.49
95921118--95921149	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
95925290--95925397	25	4.3	25	76	2	92	37	8	14	39	1.77
95928351--95928483	65	2.0	65	98	0	257	17	15	28	39	1.89
95935008--95935191	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
95935048--95935236	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
95943104--95943287	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
95943144--95943332	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
95945257--95945302	21	2.2	21	84	0	56	15	21	39	23	1.92
95947426--95947571	46	3.2	44	85	5	177	28	21	21	29	1.98
95947443--95947585	46	3.2	45	86	5	182	27	20	21	29	1.98
95947443--95947620	46	3.9	45	81	8	171	28	20	21	29	1.98
95949994--95950047	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
95950301--95950526	49	4.8	49	75	16	226	26	16	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95950349--95950432	26	3.3	26	63	21	68	26	16	25	32	1.96
95950354--95950524	86	2.0	86	87	2	243	26	17	25	30	1.97
95959058--95959291	116	2.0	117	95	0	425	29	13	20	35	1.91
95959916--95960043	68	1.9	68	83	3	168	40	13	19	26	1.88
95973733--95973822	40	2.2	40	80	7	112	23	24	28	23	1.99
95981327--95981457	29	4.5	30	85	7	162	35	14	24	25	1.93
95981327--95981457	57	2.2	60	86	4	178	35	14	24	25	1.93
95989342--95989473	59	2.3	58	95	1	237	37	14	23	25	1.92
95989312--95989473	88	1.8	89	89	1	254	35	14	24	25	1.93
95989342--95989473	29	4.5	29	95	1	237	37	14	23	25	1.92
95994185--95994242	15	3.6	16	79	6	73	25	32	20	20	1.97
95994284--95994328	14	3.2	14	83	0	63	31	31	11	26	1.91
95994273--95994396	45	2.8	44	76	6	135	29	33	12	25	1.92
95994524--95994560	14	2.5	15	95	4	67	29	29	21	18	1.97
95996534--95996605	30	2.4	30	88	0	108	27	19	27	25	1.99
95999311--95999475	80	2.0	81	94	1	287	27	16	15	40	1.89
96001447--96001480	17	2.1	17	88	5	52	32	5	14	47	1.69
96016402--96016492	40	2.3	40	81	11	98	31	15	24	28	1.95
96028199--96028239	19	2.2	19	100	0	82	34	9	9	46	1.70
96033255--96033421	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
96041266--96041433	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
96043162--96043199	11	3.5	11	88	0	58	36	26	21	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96045118--96045247	28	4.5	28	91	7	208	24	24	14	36	1.93
96045118--96045277	59	2.7	59	88	4	200	25	25	14	35	1.94
96053095--96053209	29	4.0	29	89	4	108	26	22	14	36	1.93
96053107--96053209	29	3.5	29	96	2	188	24	24	14	36	1.93
96053106--96053239	59	2.2	60	89	1	207	25	25	14	35	1.93
96056039--96056268	46	4.8	48	78	7	184	23	31	17	27	1.97
96056037--96056220	94	1.9	99	83	7	245	23	31	18	26	1.97
96057754--96057863	58	1.9	56	87	7	159	19	20	30	30	1.97
96057753--96057924	85	2.0	85	85	2	229	20	19	28	31	1.97
96057750--96057911	15	11.3	15	69	12	99	21	19	27	31	1.97
96057762--96057943	85	2.2	85	81	3	215	21	21	26	29	1.99
96058091--96058138	18	2.7	17	83	6	51	33	6	27	33	1.82
96058281--96058323	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
96061385--96061436	11	4.9	11	83	9	72	28	28	0	42	1.56
96061379--96061436	20	2.7	21	86	10	82	31	27	0	41	1.56
96061462--96061492	15	2.1	15	93	0	53	22	6	0	70	1.09
96062593--96062640	7	6.9	7	100	0	96	27	0	14	58	1.37
96063683--96064416	116	6.3	116	96	0	1315	39	3	9	47	1.53
96067434--96067854	126	3.3	126	87	1	592	28	20	18	32	1.96
96067897--96068134	96	2.4	99	83	6	288	39	16	1	42	1.59
96068450--96068497	21	2.2	21	89	10	71	39	0	2	58	1.10
96070644--96070689	24	2.0	24	82	4	58	56	4	0	39	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96072785--96072900	40	2.9	40	74	7	110	28	27	18	25	1.98
96080925--96081040	40	2.9	40	83	7	155	25	28	20	25	1.99
96084127--96084650	131	4.0	130	76	5	439	34	17	19	28	1.95
96087386--96087435	22	2.3	22	80	12	59	42	8	4	46	1.52
96089245--96089292	25	2.0	24	87	4	69	60	6	6	27	1.45
96089407--96089468	21	3.0	20	76	17	56	62	4	3	29	1.31
96093313--96093396	26	3.2	26	94	0	141	34	4	25	35	1.77
96098562--96098894	82	4.1	82	83	1	391	45	13	12	27	1.80
96098528--96098903	164	2.3	163	84	1	475	46	13	12	27	1.80
96099571--96099622	25	2.1	25	81	0	59	53	9	7	28	1.61
96099852--96099885	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
96106280--96106341	30	2.1	30	96	0	115	29	8	25	37	1.85
96108178--96108215	19	2.0	19	100	0	76	26	10	31	31	1.90
96114177--96114355	89	2.0	89	100	0	358	36	11	26	25	1.90
96114616--96114788	46	3.7	46	77	13	174	21	19	30	29	1.97
96114610--96114780	93	1.8	93	91	0	279	21	19	29	29	1.98
96119553--96119610	30	2.0	30	89	3	91	36	8	10	44	1.69
96126851--96127164	82	3.8	81	84	1	340	47	13	10	28	1.75
96126851--96127161	164	1.9	164	82	0	397	47	12	10	28	1.74
96128871--96128974	43	2.4	43	87	3	129	37	25	13	23	1.91
96141091--96141182	41	2.3	41	90	1	141	17	29	17	35	1.93
96148659--96148691	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96149713--96149754	20	2.0	20	82	13	50	47	2	9	40	1.49
96150307--96150338	17	1.9	16	93	6	55	34	0	0	65	0.93
96150578--96150639	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
96154452--96154484	15	2.2	15	100	0	66	42	6	15	36	1.71
96166485--96166516	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
96166485--96166515	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
96171424--96171469	24	1.9	24	90	0	74	73	2	0	23	0.94
96171466--96171585	30	4.1	29	77	7	118	30	24	3	42	1.70
96171809--96171849	15	2.5	17	76	11	50	68	12	4	14	1.36
96172606--96172666	17	3.8	17	78	18	60	36	6	3	54	1.43
96176544--96176571	4	7.0	4	100	0	56	25	25	0	50	1.50
96186531--96186734	49	4.2	49	96	1	365	30	8	29	31	1.87
96186531--96186734	97	2.1	98	94	0	365	30	8	29	31	1.87
96186803--96186889	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
96188773--96189042	40	6.8	40	95	1	463	23	20	30	26	1.98
96189787--96189884	41	2.4	41	80	11	112	24	25	24	25	2.00
96189829--96189926	40	2.5	40	75	12	94	26	26	26	20	1.99
96192653--96192856	49	4.2	49	96	1	365	30	8	29	31	1.87
96192653--96192856	97	2.1	98	94	0	365	30	8	29	31	1.87
96192925--96193011	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
96195179--96195235	28	2.0	28	90	6	89	12	21	31	35	1.90
96205608--96205711	54	1.9	54	88	0	154	42	6	17	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96205742--96205846	54	1.9	54	90	0	165	45	9	13	31	1.75
96205623--96205913	135	2.2	135	85	2	388	43	8	14	33	1.77
96207036--96207060	13	1.9	13	100	0	50	28	16	0	56	1.41
96209902--96209933	17	2.0	17	88	11	50	46	6	12	34	1.67
96210648--96210677	11	2.6	12	89	10	53	60	0	13	26	1.34
96211128--96211235	26	4.2	26	95	0	198	31	6	25	36	1.82
96215640--96215864	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
96215859--96215988	40	3.3	39	83	6	156	22	25	28	23	1.99
96217486--96217574	44	2.0	44	82	4	108	21	19	25	33	1.97
96217718--96217797	18	4.4	18	83	0	97	33	11	15	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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