genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.399.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  399  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124587130--124587170	20	2.0	20	100	0	82	41	24	19	14	1.89
124589018--124589060	10	4.1	10	80	11	50	39	0	2	58	1.11
124589017--124589060	22	2.0	22	90	0	70	40	0	2	56	1.11
124597172--124597224	25	2.1	25	100	0	106	32	24	18	24	1.97
124598982--124599009	13	2.2	13	100	0	56	64	7	7	21	1.43
124599074--124599137	29	2.2	29	78	10	69	48	3	3	45	1.34
124599270--124599321	14	3.6	14	73	14	52	61	0	5	32	1.20
124599294--124599338	22	2.2	19	88	11	63	57	0	4	37	1.19
124599271--124599338	21	3.3	22	82	10	72	60	0	4	35	1.17
124599387--124599428	20	2.2	19	87	12	59	50	4	0	45	1.23
124600920--124601816	44	20.5	44	85	2	1008	28	25	14	31	1.95
124607223--124607470	40	6.2	40	87	1	338	23	20	28	27	1.99
124613866--124614044	40	4.5	39	78	9	173	26	26	21	25	2.00
124613866--124614038	80	2.1	81	84	3	215	27	25	20	26	1.99
124620868--124621075	40	5.2	39	87	4	240	24	25	23	26	2.00
124620891--124621128	40	5.9	40	87	0	287	25	25	22	26	2.00
124626369--124626430	27	2.2	29	77	11	67	50	3	1	45	1.27
124626582--124626631	22	2.5	22	87	12	72	58	0	6	36	1.23
124626680--124626721	20	2.2	19	87	12	59	50	4	0	45	1.23
124629262--124629383	42	2.8	44	75	11	119	31	26	18	23	1.97
124631249--124631325	29	2.8	28	76	7	77	32	16	5	45	1.70
124631279--124631381	40	2.6	40	89	3	154	33	16	3	45	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124631345--124631426	27	3.0	26	83	15	103	35	18	1	45	1.57
124631305--124631433	67	1.9	67	87	3	188	35	17	1	45	1.58
124637989--124638053	24	2.8	24	90	2	96	24	47	3	24	1.66
124638422--124638459	18	2.2	17	90	4	58	21	34	23	21	1.97
124638422--124638464	17	2.4	18	88	3	61	20	37	23	18	1.94
124638508--124638553	18	2.6	17	82	3	65	15	50	23	10	1.75
124641488--124641705	40	5.5	40	87	2	280	22	22	27	26	1.99
124646564--124646619	25	2.2	25	78	6	60	50	3	5	41	1.43
124647211--124647245	15	2.3	15	90	9	54	0	8	2	88	0.61
124647891--124648468	88	7.0	83	71	15	299	36	18	16	27	1.93
124648059--124648120	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
124648216--124648250	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
124648268--124648608	72	4.5	73	81	6	380	32	19	17	30	1.95
124648641--124648785	74	1.9	75	88	5	222	28	22	18	31	1.97
124648717--124648890	89	2.0	88	87	6	253	33	18	20	27	1.96
124648465--124648944	164	2.9	164	88	4	671	31	20	18	30	1.96
124649009--124649174	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
124649049--124649439	122	3.0	124	80	9	392	38	22	14	25	1.92
124649174--124649582	70	5.8	72	85	4	521	36	21	14	27	1.93
124649174--124649581	143	2.9	141	89	3	588	36	21	14	27	1.93
124649585--124649726	74	1.9	74	89	4	223	26	23	19	30	1.98
124649430--124649724	161	1.9	156	88	5	448	31	21	17	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124649688--124649809	60	2.0	61	88	1	183	39	16	13	30	1.88
124649792--124649952	72	2.2	72	88	4	236	41	20	14	23	1.89
124649827--124650073	122	2.0	124	88	3	374	38	22	13	24	1.91
124649952--124650123	71	2.5	70	85	5	215	34	24	14	26	1.94
124655155--124655190	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
124656991--124657051	24	2.4	25	81	13	72	55	4	4	34	1.43
124658213--124658270	29	2.0	29	100	0	116	37	17	13	31	1.89
124674321--124674363	15	3.2	15	69	30	51	65	0	6	27	1.18
124674314--124674363	25	2.0	25	100	0	100	64	0	8	28	1.22
124679991--124680064	33	2.3	33	86	6	100	44	4	0	51	1.20
124680057--124680276	11	21.4	10	68	27	83	64	2	2	30	1.22
124680106--124680179	22	3.1	22	90	9	103	70	4	4	21	1.21
124680180--124680215	2	18.5	2	88	5	56	55	0	0	44	0.99
124680218--124680325	20	5.6	20	69	21	61	60	0	5	33	1.26
124680190--124680286	15	6.5	15	72	25	57	61	0	4	34	1.15
124680050--124680278	32	7.5	29	71	17	135	63	2	2	31	1.21
124680300--124680383	26	3.6	23	69	13	64	53	3	0	42	1.18
124680304--124680392	23	3.7	26	71	13	82	51	4	1	42	1.29
124686032--124686062	15	2.1	15	100	0	62	19	12	0	67	1.22
124686736--124686769	16	2.1	17	94	5	61	64	0	11	23	1.26
124687670--124687731	16	4.0	15	74	13	54	20	9	11	58	1.61
124687688--124687738	16	3.2	16	97	0	93	21	11	13	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124689056--124689089	14	2.4	14	90	5	50	67	0	17	14	1.23
124690328--124690421	34	2.8	33	82	9	104	62	1	2	34	1.14
124690359--124690454	9	11.3	9	69	22	57	59	0	2	38	1.09
124690351--124690505	25	6.4	25	73	16	96	60	0	3	36	1.13
124690412--124690447	15	2.3	16	95	4	65	55	0	5	38	1.23
124690351--124690497	23	6.2	22	72	18	75	60	0	2	36	1.11
124690884--124690910	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
124691071--124691118	19	2.4	21	83	10	66	35	2	0	62	1.07
124691188--124691226	17	2.3	17	86	8	53	23	2	5	69	1.21
124691362--124691393	15	2.0	17	88	11	50	31	3	9	56	1.47
124691486--124691516	9	3.3	9	91	8	53	77	0	3	19	0.90
124695938--124695968	9	3.3	9	91	8	53	77	0	3	19	0.90
124696827--124696869	18	2.4	18	88	0	59	69	6	13	9	1.35
124696866--124696900	17	2.0	18	88	5	54	40	0	60	0	0.97
124701591--124701621	15	2.1	15	100	0	62	12	19	19	48	1.81
124705036--124705119	20	4.4	19	73	23	70	33	5	1	59	1.29
124705041--124705090	16	2.8	17	85	11	57	36	8	0	56	1.29
124706824--124706860	18	2.1	18	89	0	56	54	0	24	21	1.45
124709713--124709746	17	2.0	17	94	0	59	38	2	11	47	1.55
124715811--124715868	27	2.1	27	100	0	116	34	18	17	29	1.94
124720917--124721003	42	2.1	42	91	0	138	29	21	16	32	1.95
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124723969--124724136	40	4.2	40	83	1	203	25	20	26	27	1.99
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124740792--124740927	51	2.9	44	77	14	146	22	19	11	47	1.81
124740807--124740910	51	2.0	51	90	0	163	25	19	9	45	1.81
124740937--124740970	17	2.0	17	100	0	68	35	11	11	41	1.78
124741709--124741742	17	2.0	17	100	0	68	17	5	17	58	1.57
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124743716--124743947	60	3.8	57	70	20	143	61	2	3	32	1.26
124743777--124743951	27	6.4	27	69	23	100	61	1	3	33	1.23
124743799--124743941	14	9.8	15	65	24	56	60	1	4	34	1.25
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124754348--124754392	20	2.3	19	92	3	72	24	4	0	71	1.05
124754397--124754435	15	2.6	15	88	8	53	28	12	0	58	1.34
124756185--124756228	19	2.3	19	80	7	54	27	22	6	43	1.78
124756354--124756405	24	2.2	24	82	6	61	57	15	15	11	1.65
124758135--124758171	19	1.9	19	94	0	65	18	10	2	67	1.32
124760874--124761158	89	3.2	89	68	6	236	30	18	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124761139--124761235	45	2.2	45	79	3	106	29	13	26	29	1.94
124761285--124761516	45	5.2	45	73	6	166	32	18	23	25	1.97
124761395--124761531	45	3.1	44	78	4	150	34	18	21	25	1.96
124761403--124761525	44	2.8	44	78	3	131	33	21	19	26	1.97
124761361--124761584	89	2.5	88	76	5	243	33	20	18	26	1.96
124761979--124762013	5	7.0	5	87	12	54	20	0	0	80	0.72
124761979--124762009	14	2.1	15	94	5	55	19	0	0	80	0.71
124762516--124762701	3	62.3	3	67	10	60	27	6	5	59	1.47
124762783--124762824	21	2.0	21	86	9	59	23	9	0	66	1.21
124767558--124767658	43	2.3	43	89	0	148	28	28	25	16	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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