genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  237  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73461374--73461430	27	2.2	26	90	6	89	68	0	1	29	1.00
73461393--73461443	25	2.0	25	84	3	66	64	1	0	33	1.05
73461710--73461785	29	2.6	30	75	12	77	31	3	0	64	1.12
73461740--73461867	56	2.3	55	80	12	136	36	1	0	60	1.11
73462136--73462197	31	2.0	32	83	3	81	32	8	19	40	1.81
73466755--73466961	109	1.9	109	84	4	274	34	21	14	28	1.93
73474965--73475056	25	3.7	25	71	5	78	23	18	26	31	1.97
73476003--73476084	42	2.0	42	85	0	110	20	31	23	24	1.98
73477985--73478078	28	3.2	27	71	21	73	27	26	19	26	1.99
73477985--73478114	60	2.2	59	80	8	138	28	23	19	28	1.98
73478119--73478161	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
73484535--73484573	19	2.1	19	95	0	69	25	33	5	35	1.78
73485784--73485828	24	1.9	23	82	13	56	40	13	20	26	1.89
73493776--73493907	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
73501120--73501251	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
73512982--73513021	20	2.0	20	95	0	71	22	27	10	40	1.86
73513938--73514332	198	2.0	198	97	0	754	35	15	17	32	1.91
73515454--73515480	12	2.2	12	100	0	54	59	0	7	33	1.25
73518355--73518433	39	2.0	39	97	0	149	30	29	5	35	1.79
73521809--73521860	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
73524400--73524593	48	4.0	48	97	0	361	35	6	28	30	1.82
73524734--73524806	37	2.0	37	89	5	112	24	19	28	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73529770--73529899	40	3.2	40	83	4	165	24	29	23	22	1.99
73533775--73533898	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
73533775--73533898	54	2.3	54	92	0	203	41	20	7	30	1.79
73533775--73533927	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
73533881--73533942	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
73533775--73533925	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
73534561--73534657	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
73539099--73539126	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
73539123--73539182	27	2.3	26	85	2	75	21	21	20	36	1.95
73540565--73540772	40	5.2	39	81	1	200	24	25	23	26	2.00
73540565--73540770	80	2.6	81	83	3	238	24	25	23	26	2.00
73548677--73548844	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
73555081--73555257	46	3.9	44	80	11	203	22	20	28	28	1.99
73555078--73555249	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
73558175--73558224	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
73560605--73560780	46	3.9	44	75	12	176	22	19	27	29	1.98
73560603--73560772	92	1.8	93	88	3	263	22	20	28	28	1.99
73562128--73562166	20	1.9	21	89	5	62	38	7	2	51	1.44
73578467--73578529	26	2.4	26	81	7	74	34	26	11	26	1.90
73578793--73578837	20	2.3	20	88	3	65	28	15	26	28	1.96
73578866--73578972	28	3.7	28	70	21	76	26	20	28	25	1.99
73578858--73579002	61	2.4	61	86	8	188	25	20	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73584655--73584904	47	5.3	47	91	1	410	34	8	29	27	1.86
73584655--73584904	96	2.6	94	91	2	410	34	8	29	27	1.86
73586007--73586063	27	2.1	27	100	0	114	19	10	22	47	1.80
73587632--73587664	17	1.9	17	100	0	66	60	0	24	15	1.35
73587804--73587864	26	2.4	26	86	2	79	44	11	9	34	1.74
73591160--73591199	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
73593734--73594063	48	6.9	48	80	2	322	25	28	18	26	1.98
73593780--73594063	144	2.0	144	85	0	388	26	29	17	26	1.98
73596461--73596502	21	2.0	22	86	13	61	35	26	2	35	1.70
73600330--73600365	3	12.3	3	88	5	56	0	30	0	69	0.89
73601774--73601875	30	3.2	30	76	18	84	52	2	0	43	1.22
73603420--73603451	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
73614556--73614772	40	5.5	40	91	3	309	23	23	27	24	2.00
73614556--73614772	79	2.7	80	89	5	309	23	23	27	24	2.00
73614556--73614772	119	1.8	119	85	9	309	23	23	27	24	2.00
73622576--73622791	40	5.5	40	90	4	291	24	23	27	24	2.00
73628721--73628775	12	4.6	12	82	8	67	12	23	0	63	1.29
73628707--73628775	36	1.9	36	81	0	84	15	24	0	59	1.37
73628721--73628775	24	2.3	24	87	0	74	12	23	0	63	1.29
73629803--73629828	10	2.6	10	100	0	52	15	0	7	76	0.99
73632254--73632293	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
73650149--73650451	27	11.2	27	87	0	408	29	20	8	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73650434--73650603	27	6.3	27	79	8	175	41	21	6	30	1.78
73650444--73650596	54	2.8	54	87	2	200	43	22	5	28	1.76
73650444--73650705	27	9.8	27	76	8	162	39	20	10	29	1.86
73650439--73650598	81	2.0	81	91	2	259	43	21	5	29	1.76
73650639--73650881	27	9.0	27	87	0	335	35	20	20	23	1.96
73651084--73651178	25	3.8	25	92	0	154	27	26	22	24	2.00
73651084--73651214	25	5.2	24	83	8	120	30	22	22	24	1.99
73651082--73651203	50	2.4	50	81	5	149	27	25	22	24	2.00
73655319--73655391	28	2.6	28	71	0	65	36	17	19	26	1.94
73658490--73658582	48	1.9	48	88	0	141	27	20	20	31	1.97
73661472--73661679	53	3.9	54	79	5	206	22	25	16	35	1.95
73661483--73661671	55	3.5	53	80	6	202	21	25	17	35	1.95
73662492--73662549	30	1.9	31	92	3	100	31	25	8	34	1.86
73667700--73667806	42	2.5	42	79	13	137	28	22	15	32	1.95
73667685--73667806	43	2.9	42	79	7	147	28	23	15	31	1.95
73670367--73670417	25	2.0	25	96	0	93	25	9	23	41	1.85
73685402--73685541	51	2.7	51	81	4	140	27	27	19	26	1.99
73685551--73685680	52	2.6	50	81	2	143	33	27	13	25	1.94
73688981--73689112	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
73691921--73692194	130	2.1	130	99	0	539	32	12	20	34	1.90
73692733--73692862	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
73704382--73704512	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73704382--73704512	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
73712320--73712450	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
73712320--73712450	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
73714112--73714260	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
73714153--73714260	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
73717620--73717961	171	2.0	171	97	0	648	29	26	10	33	1.90
73719363--73719436	29	2.7	27	79	8	85	40	17	17	24	1.91
73729503--73729543	19	2.2	19	95	0	73	26	4	34	34	1.78
73731235--73731377	65	2.2	65	93	0	241	16	8	30	45	1.76
73735252--73735281	9	3.3	9	100	0	60	20	10	10	60	1.57
73739725--73739810	44	2.0	44	97	0	163	25	12	25	36	1.92
73742820--73742949	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
73743487--73743760	130	2.1	130	97	0	521	34	19	12	32	1.90
73751033--73751199	40	4.2	40	82	2	185	23	26	22	26	2.00
73761928--73762111	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
73761968--73762156	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
73763787--73763917	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
73763786--73763917	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
73771744--73771874	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
73771743--73771874	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
73780547--73780730	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
73780587--73780775	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73785632--73785717	43	2.0	43	81	4	102	26	26	18	27	1.98
73787286--73787371	43	2.0	43	83	0	109	23	19	29	27	1.98
73789182--73789253	36	2.0	36	97	0	135	40	13	12	33	1.83
73793995--73794077	43	1.9	43	87	0	121	19	20	28	31	1.97
73806869--73806998	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
73810685--73810842	39	4.1	39	91	1	237	23	23	31	21	1.98
73810694--73810871	78	2.3	78	86	3	225	24	23	30	21	1.99
73812379--73812520	40	3.4	41	79	7	128	28	11	24	34	1.91
73823269--73823362	37	2.6	37	80	8	102	13	10	31	43	1.79
73836125--73836179	24	2.3	24	81	6	67	18	25	20	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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