genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  177  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54653311--54653378	34	2.0	34	100	0	136	61	17	0	20	1.34
54655216--54655265	25	2.0	25	100	0	100	36	12	12	40	1.79
54656260--54656298	11	3.5	11	80	13	53	35	10	10	43	1.73
54656257--54656299	22	2.0	22	100	0	86	37	11	9	41	1.74
54658790--54658977	40	4.7	39	88	3	225	25	22	27	23	2.00
54658790--54658990	80	2.5	80	82	3	251	24	21	27	25	2.00
54666824--54666980	40	4.1	38	85	11	205	22	21	29	26	1.99
54669274--54669439	40	4.2	39	80	6	142	24	27	22	25	2.00
54677275--54677441	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
54678834--54678864	11	2.8	11	100	0	62	38	9	22	29	1.86
54691726--54691789	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
54691981--54692146	24	7.0	24	90	4	239	26	22	21	29	1.99
54692196--54692256	20	3.0	20	95	0	113	34	19	9	36	1.85
54692196--54692251	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
54693586--54694141	27	20.6	27	86	2	690	40	9	21	28	1.84
54697527--54697556	15	2.0	15	93	0	51	53	30	6	10	1.60
54698900--54699043	29	5.0	29	85	1	175	27	15	28	28	1.96
54702167--54702281	42	2.7	42	79	2	115	32	23	14	29	1.94
54706350--54706480	27	4.9	27	86	0	163	42	18	13	25	1.87
54710612--54710745	48	2.8	48	88	0	187	29	23	18	29	1.98
54713621--54713803	24	7.6	24	96	0	312	36	24	17	21	1.94
54713599--54713803	48	4.3	47	91	3	284	35	23	17	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54721493--54721699	24	8.6	24	97	0	369	36	25	17	20	1.94
54726345--54726568	40	5.6	40	84	3	281	23	26	24	25	2.00
54726345--54726568	79	2.8	80	84	3	290	23	26	24	25	2.00
54726309--54726568	119	2.2	120	82	7	316	24	25	23	26	2.00
54729924--54730074	40	3.8	40	78	8	139	25	27	23	23	2.00
54730779--54730804	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
54737747--54737970	40	5.6	40	85	3	290	23	26	24	25	2.00
54737711--54737970	80	3.3	79	83	5	310	23	26	24	25	2.00
54737711--54737970	120	2.2	119	83	6	323	23	26	24	25	2.00
54741154--54741590	226	1.9	226	95	0	784	27	14	26	31	1.95
54744514--54744660	43	3.5	42	80	5	170	26	15	25	32	1.95
54748184--54748372	94	2.0	94	96	0	351	34	10	13	41	1.78
54750585--54750722	37	3.7	37	95	0	222	26	32	16	24	1.96
54750865--54750975	48	2.3	48	93	0	195	30	28	5	35	1.80
54763899--54764073	46	3.8	45	81	4	199	21	21	28	29	1.99
54763896--54764067	93	1.8	93	93	0	299	22	21	28	27	1.99
54772019--54772207	29	6.5	29	84	3	229	25	30	16	27	1.97
54780030--54780528	49	10.3	49	95	0	839	31	8	30	30	1.86
54782687--54782941	55	4.8	53	79	8	261	36	17	24	21	1.94
54782694--54782894	108	1.8	110	88	4	309	34	17	25	22	1.96
54783015--54783059	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
54783138--54783168	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54790252--54790485	55	4.4	53	79	9	255	36	17	24	21	1.95
54790259--54790459	108	1.8	110	89	4	318	34	17	24	22	1.96
54790575--54790619	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
54790698--54790728	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
54805426--54805592	79	2.1	80	84	3	212	25	21	27	25	1.99
54805426--54805592	40	4.2	40	81	7	196	25	21	27	25	1.99
54813531--54813692	40	4.1	40	79	8	179	24	21	28	25	1.99
54821052--54821121	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
54821052--54821133	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
54823191--54823222	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
54830771--54830821	18	2.8	18	96	0	93	41	13	11	33	1.81
54831187--54831250	31	2.1	31	87	0	92	25	23	17	34	1.96
54831444--54831539	25	4.0	24	84	9	124	27	21	21	29	1.99
54831465--54831538	23	3.1	23	90	3	112	28	20	21	29	1.98
54831598--54831654	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
54831594--54831656	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
54832893--54832964	27	2.7	27	77	0	81	29	8	22	40	1.83
54832956--54833352	27	14.7	27	85	3	476	40	9	22	27	1.84
54846208--54846244	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
54846284--54846317	9	3.7	9	88	4	50	32	20	14	32	1.93
54853586--54853751	40	4.2	39	91	3	260	27	25	21	24	1.99
54853596--54853758	80	2.1	79	95	1	290	28	25	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54861658--54861819	78	2.1	77	95	2	288	27	28	20	23	1.99
54861658--54861832	40	4.5	39	92	5	282	26	28	21	24	1.99
54864918--54864990	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
54866165--54866220	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
54872774--54872846	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
54873756--54873784	7	4.1	7	100	0	58	58	27	0	13	1.36
54874029--54874084	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
54883893--54883952	20	3.0	20	92	4	104	35	10	21	33	1.87
54883894--54883955	19	3.3	19	91	6	99	35	9	22	32	1.87
54884001--54884143	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
54884001--54884143	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
54884001--54884144	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
54884335--54884398	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
54890820--54890867	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
54890910--54890970	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
54891020--54891138	24	5.0	24	87	5	170	28	20	22	28	1.98
54891020--54891138	47	2.5	48	89	5	170	28	20	22	28	1.98
54891330--54891393	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
54892889--54893088	27	7.4	27	84	0	247	35	17	21	26	1.95
54893847--54893905	27	2.2	26	84	3	73	20	23	20	35	1.96
54899218--54899250	14	2.2	16	89	10	52	24	0	21	54	1.45
54913041--54913176	56	2.4	56	97	0	254	27	15	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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54922169--54922334	24	7.0	24	92	4	248	26	22	22	28	1.99
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54925712--54925759	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54925796--54925862	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
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54925913--54926077	47	3.5	46	87	6	217	29	22	21	26	1.99
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54926268--54926331	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
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54930839--54930886	25	1.9	25	82	0	60	35	22	16	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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