genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  228  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70272881--70273052	46	3.7	46	77	13	199	20	19	29	29	1.97
70272874--70273045	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
70275382--70275418	17	2.1	19	85	10	51	51	13	0	35	1.41
70277570--70277691	60	2.0	61	90	1	192	51	10	17	20	1.74
70280081--70280435	46	7.5	45	72	12	186	29	17	28	25	1.97
70280267--70280445	49	3.7	48	77	8	175	26	17	29	26	1.97
70285603--70285745	49	2.9	49	82	1	178	32	18	22	27	1.97
70285611--70285737	25	5.1	24	73	9	78	32	18	23	25	1.97
70287104--70287659	3	186.3	3	71	8	278	28	8	2	60	1.38
70287289--70287485	92	2.1	92	85	1	270	27	8	2	61	1.36
70295713--70295872	29	5.6	29	86	1	178	25	32	15	26	1.95
70295713--70295872	57	2.8	58	82	1	187	25	32	15	26	1.95
70297547--70297667	64	1.9	64	92	0	206	30	15	16	37	1.90
70297740--70298291	44	12.5	42	66	16	224	30	17	26	25	1.97
70297750--70298023	133	2.1	133	96	1	505	31	17	27	24	1.97
70297882--70298359	176	2.7	175	88	1	722	30	16	26	25	1.97
70297750--70298068	133	2.4	133	89	2	435	30	17	27	24	1.97
70298311--70298866	44	12.9	43	72	5	368	29	20	22	27	1.98
70298311--70298812	86	5.8	87	70	8	267	29	20	22	27	1.99
70298309--70298858	130	4.2	130	89	0	814	29	20	22	27	1.98
70299190--70299463	44	6.1	43	71	13	167	33	22	18	25	1.96
70299482--70299543	28	2.2	28	97	0	115	35	17	35	11	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70300831--70301262	3	144.3	3	70	9	204	28	9	1	59	1.38
70301257--70301343	17	5.8	16	69	28	50	26	8	0	65	1.20
70301272--70301322	23	2.1	23	78	7	57	25	7	0	66	1.18
70301332--70301379	14	3.6	14	73	21	57	31	2	8	58	1.39
70301320--70301442	26	4.7	26	73	24	75	30	4	5	59	1.42
70306356--70306525	46	3.7	46	74	10	184	29	28	20	21	1.98
70306364--70306534	93	1.8	93	89	0	270	28	28	20	22	1.98
70311209--70311249	14	2.8	15	82	14	50	51	2	4	41	1.36
70319666--70319704	18	2.1	18	85	4	51	12	10	0	76	1.01
70320542--70320579	20	1.9	20	89	10	60	84	0	13	2	0.73
70320542--70320577	12	2.8	13	91	4	56	86	0	11	2	0.68
70320589--70320626	16	2.3	17	90	4	60	81	2	7	7	0.96
70321557--70321647	38	2.3	38	96	3	164	56	8	0	35	1.31
70326027--70326197	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
70326019--70326199	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
70328576--70328664	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
70328576--70328655	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
70328587--70328664	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
70331611--70331782	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
70331603--70331778	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
70336665--70336756	27	3.4	27	83	5	123	29	23	7	39	1.83
70336788--70336885	27	3.7	25	78	11	97	43	22	7	26	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70336990--70337063	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
70337877--70337960	25	3.4	24	85	8	107	27	22	23	26	2.00
70338095--70338186	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
70341715--70341745	9	3.3	9	95	4	53	16	0	22	61	1.34
70342522--70342715	49	4.0	49	85	4	248	28	20	24	26	1.99
70344315--70344340	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
70357351--70357483	57	2.3	56	81	8	153	23	15	30	30	1.95
70357353--70357454	29	3.6	28	82	2	123	21	16	32	29	1.95
70357353--70357483	29	4.6	28	79	4	111	22	15	31	30	1.95
70362358--70362528	75	2.4	74	82	7	208	32	24	10	32	1.89
70362362--70362528	35	4.6	35	83	7	183	32	25	10	31	1.89
70375994--70376160	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
70375989--70376160	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
70382866--70383029	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
70382866--70383063	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
70390391--70390554	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
70390391--70390588	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
70392120--70392234	29	4.0	29	88	4	99	25	22	15	36	1.94
70392132--70392234	29	3.5	29	94	2	179	23	24	15	36	1.93
70392131--70392264	59	2.2	60	88	1	198	24	25	14	35	1.94
70393570--70393612	24	1.9	23	86	13	63	6	13	0	79	0.93
70397571--70397636	30	2.2	30	91	0	105	57	3	10	28	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70398610--70398693	39	2.2	38	82	6	98	22	19	27	30	1.98
70404266--70404294	12	2.3	13	94	5	51	82	0	0	17	0.66
70405197--70405229	12	2.8	12	100	0	66	15	42	15	27	1.86
70415289--70415333	12	3.8	12	81	0	63	37	13	11	37	1.80
70420963--70421032	28	2.5	28	100	0	140	32	27	12	27	1.93
70421414--70421617	109	1.9	109	96	0	381	42	14	7	35	1.74
70426742--70426920	40	4.4	40	80	4	173	26	24	25	23	2.00
70426742--70426920	80	2.2	81	82	4	211	26	24	25	23	2.00
70429432--70429647	46	4.7	45	77	12	181	26	19	30	22	1.98
70434340--70434380	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
70441192--70441240	20	2.4	21	83	10	66	42	0	0	57	0.99
70441194--70441231	18	2.1	19	85	5	51	44	0	0	55	0.99
70441219--70441253	14	2.6	14	90	4	54	40	0	2	57	1.14
70442366--70442399	14	2.3	15	90	5	52	44	0	23	32	1.54
70442502--70442556	24	2.3	24	77	0	65	40	9	14	36	1.78
70442614--70442796	54	3.4	54	86	0	224	34	14	23	27	1.93
70442774--70443263	117	4.2	117	75	5	391	40	15	22	21	1.91
70442774--70443268	39	12.7	39	77	4	345	40	15	22	21	1.91
70443256--70443476	54	4.1	54	83	1	246	39	14	20	25	1.91
70443453--70443533	39	2.1	39	81	4	92	41	8	24	24	1.83
70443549--70443713	39	4.2	39	81	1	170	40	12	22	24	1.89
70443510--70443671	78	2.1	78	83	2	200	41	12	20	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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70485755--70485841	19	4.5	19	74	10	70	34	3	1	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70485783--70485838	27	2.1	26	83	3	67	30	5	0	64	1.16
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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