genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  78  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20988466--20988525	20	3.0	20	95	0	102	31	21	11	35	1.90
20997212--20997345	46	3.0	45	77	4	117	34	13	23	28	1.93
20997538--20997595	18	3.3	18	72	13	66	37	0	20	41	1.53
20997516--20997578	17	3.7	17	72	14	58	47	0	20	31	1.51
20997525--20997595	35	2.0	35	100	0	142	42	0	21	36	1.53
21001312--21001494	39	4.6	39	83	8	212	23	22	28	25	1.99
21001308--21001492	79	2.3	78	84	5	230	24	22	28	24	1.99
21001308--21001527	79	2.8	78	78	12	225	25	21	27	25	1.99
21004679--21004886	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
21004681--21004886	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
21012672--21012879	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
21012674--21012879	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
21022374--21022411	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
21022640--21022805	46	3.6	46	74	11	167	31	28	16	22	1.96
21022641--21022811	93	1.8	93	91	0	279	31	28	18	22	1.97
21023231--21023286	29	1.9	29	85	0	76	33	23	5	37	1.78
21024183--21024324	48	2.9	50	82	8	175	29	23	19	27	1.98
21026067--21026184	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
21026035--21026198	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
21034794--21034933	43	3.3	42	80	7	149	30	25	17	27	1.97
21046024--21046195	67	2.7	64	78	9	197	29	16	29	24	1.97
21046024--21046147	64	1.9	64	86	5	176	29	16	29	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21048295--21048339	19	2.4	19	92	0	72	17	28	35	17	1.93
21055555--21055653	27	3.5	28	87	4	119	29	27	14	29	1.95
21063348--21063446	27	3.5	28	87	4	119	29	27	14	29	1.95
21067634--21067815	40	4.6	39	74	8	129	26	23	26	22	2.00
21075741--21075924	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
21075781--21075969	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
21085781--21085889	42	2.6	43	80	4	123	25	18	25	30	1.98
21085786--21085900	43	2.7	42	78	5	124	26	19	25	28	1.98
21096098--21096285	48	3.9	48	88	2	272	29	24	16	29	1.96
21095969--21096307	42	7.7	42	74	16	197	29	25	17	27	1.98
21096279--21096417	37	3.8	36	80	6	156	26	25	17	29	1.98
21098894--21098950	28	2.0	28	82	0	69	29	29	8	31	1.87
21100292--21100355	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
21100562--21100689	24	5.4	24	90	4	206	27	21	21	29	1.98
21100569--21100688	23	5.1	23	91	3	195	28	20	21	29	1.98
21100569--21100690	47	2.6	47	96	2	219	27	20	22	29	1.98
21100735--21100785	20	2.5	20	90	0	75	33	21	9	35	1.86
21100822--21100869	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
21102028--21102119	27	3.4	27	87	3	123	18	23	21	35	1.95
21102173--21102224	27	1.9	27	84	7	70	34	13	13	38	1.84
21102263--21102362	27	3.7	26	85	5	137	29	8	22	41	1.82
21102265--21102377	27	4.2	27	80	6	97	31	7	19	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21107676--21107711	17	2.1	17	89	0	54	80	13	5	0	0.88
21108951--21109101	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
21108987--21109117	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
21117536--21117859	47	7.0	47	89	1	465	32	11	29	26	1.92
21117629--21117756	25	5.4	25	64	23	78	33	10	27	28	1.89
21117750--21117825	23	3.2	25	62	24	63	28	14	34	22	1.93
21118030--21118135	37	2.5	44	73	21	127	23	16	33	25	1.96
21118055--21118137	37	2.2	37	95	0	148	21	16	32	28	1.96
21119415--21119836	40	10.6	40	86	1	560	26	20	25	26	1.99
21123880--21124394	47	11.0	47	89	0	769	32	11	28	27	1.92
21123901--21124402	94	5.3	94	95	0	862	32	11	28	26	1.92
21123998--21124121	22	5.4	22	63	24	67	30	11	29	29	1.91
21124283--21124358	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
21124557--21124664	37	2.9	37	95	0	189	21	19	32	26	1.97
21128138--21128165	10	2.8	10	100	0	56	28	0	32	39	1.57
21142871--21143022	42	3.6	41	79	3	169	28	16	26	28	1.97
21142868--21143030	84	2.0	83	83	3	211	27	15	27	28	1.97
21161591--21161837	40	6.2	40	78	13	251	23	21	27	26	1.99
21161591--21161837	79	3.1	80	91	3	383	23	21	27	26	1.99
21163661--21163793	27	5.0	27	84	1	160	24	15	18	42	1.88
21166162--21166338	27	6.5	27	83	1	192	28	14	15	41	1.86
21168182--21168228	21	2.2	21	85	7	60	17	10	0	72	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21174980--21175044	34	1.9	33	90	3	103	23	23	24	29	1.99
21181385--21181549	43	3.8	43	76	6	172	22	18	26	32	1.97
21187095--21187311	40	5.5	40	92	3	334	24	23	26	25	2.00
21187095--21187311	79	2.7	79	91	4	332	24	23	26	25	2.00
21195152--21195369	40	5.5	40	91	2	307	24	22	26	26	2.00
21202271--21202401	47	2.8	47	89	6	194	33	29	15	21	1.94
21209136--21209241	43	2.5	43	89	6	155	28	27	16	28	1.97
21209884--21209914	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
21210426--21210452	14	1.9	14	100	0	54	44	22	0	33	1.53
21210552--21210916	48	7.7	47	75	12	254	24	30	17	26	1.97
21210552--21210916	46	7.7	46	76	13	246	24	30	17	26	1.97
21210552--21210961	48	8.7	47	74	14	253	24	30	17	27	1.97
21210552--21210964	94	4.4	97	76	11	378	24	30	17	26	1.97
21219026--21219073	14	3.4	14	88	0	60	29	0	25	45	1.53
21219272--21219338	28	2.4	28	97	0	125	58	5	14	20	1.58
21219330--21219829	126	4.0	126	91	1	804	36	16	18	28	1.92
21224055--21224108	7	7.7	7	93	0	90	59	12	1	25	1.44
21227210--21227247	8	4.9	8	87	6	51	39	0	0	60	0.97
21227193--21227248	23	2.3	24	87	6	78	39	0	1	58	1.08
21235995--21236064	27	2.5	28	90	2	106	31	14	25	28	1.95
21253722--21253888	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
21253722--21253888	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21254717--21254762	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
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21281124--21281427	146	2.1	144	81	4	344	31	24	14	29	1.94
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21292927--21293050	23	5.4	23	70	10	83	33	17	21	26	1.96
21292921--21293080	69	2.3	69	85	5	200	35	18	20	25	1.95
21292984--21293081	22	4.3	22	69	16	83	36	21	22	19	1.95
21298930--21298994	34	1.9	34	96	0	121	49	4	21	24	1.68
21315699--21315739	20	2.0	20	90	0	64	21	14	26	36	1.93
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21326777--21326857	26	3.2	26	92	3	137	24	12	35	27	1.91
21328271--21328366	40	2.4	41	77	11	101	27	15	27	30	1.96
21329699--21329822	44	2.9	43	82	8	119	27	16	22	33	1.96
21329721--21329822	44	2.3	44	85	6	127	27	18	23	30	1.98
21333891--21333949	21	2.8	22	82	7	61	23	1	6	67	1.24
21333904--21333949	22	2.2	22	84	7	60	26	0	4	69	1.07
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21333923--21333980	25	2.3	26	82	5	75	29	0	1	68	0.99
21335924--21335987	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21336011--21336102	42	2.2	42	86	3	123	40	21	10	27	1.87
21336244--21336385	23	6.1	23	90	3	214	27	21	22	28	1.99
21336242--21336386	24	6.2	24	89	4	217	26	22	22	28	1.99
21336444--21336500	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
21336439--21336502	20	3.2	20	95	0	119	32	18	12	35	1.89
21336439--21336491	11	5.2	11	69	17	51	32	18	13	35	1.90
21336539--21336586	25	2.0	24	87	4	69	25	16	25	33	1.96
21337850--21338067	27	8.0	27	80	2	184	33	10	17	38	1.84
21337943--21338081	54	2.6	54	87	0	197	31	9	20	38	1.84
21338059--21338139	27	3.0	27	89	3	110	39	9	24	25	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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