genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.141.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  141  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42133461--42133625	42	3.9	42	82	6	199	32	16	24	26	1.96
42133797--42133826	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
42138402--42138509	54	2.0	54	96	0	198	37	9	20	32	1.84
42141186--42141411	40	5.7	40	94	2	395	25	27	22	24	2.00
42148885--42148963	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
42148835--42149188	49	7.3	49	93	1	540	29	30	7	31	1.86
42152665--42152847	24	7.6	24	96	0	303	20	18	25	35	1.95
42152665--42152869	48	4.3	48	91	3	243	22	18	24	34	1.96
42159916--42159941	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
42160390--42160594	24	8.6	24	95	1	324	20	18	25	35	1.95
42167797--42167826	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
42168275--42168481	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
42172625--42172812	40	4.7	40	95	1	333	24	27	23	24	2.00
42172585--42172812	79	2.9	80	89	3	336	25	26	23	25	2.00
42183219--42183320	28	3.6	28	91	0	159	29	23	10	36	1.89
42186026--42186104	15	5.2	15	73	10	63	13	16	13	55	1.69
42192000--42192039	20	2.0	20	85	0	53	45	7	2	45	1.45
42192842--42192943	28	3.6	28	91	0	159	29	23	10	36	1.89
42195648--42195726	15	5.2	15	73	10	63	13	16	13	55	1.69
42200623--42200662	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
42203069--42203325	46	5.5	46	75	10	200	29	17	29	22	1.97
42207933--42208097	42	3.9	42	86	3	233	31	16	24	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42207933--42208097	85	2.0	84	86	3	233	31	16	24	26	1.97
42224677--42224701	9	2.8	9	100	0	50	24	24	0	52	1.48
42227109--42227141	17	1.9	17	88	11	50	30	24	12	33	1.91
42228067--42228091	9	2.8	9	100	0	50	48	0	0	52	1.00
42229319--42229362	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
42229382--42229423	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
42229386--42229422	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
42229455--42229511	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
42235991--42236479	131	3.7	130	78	5	418	35	18	18	27	1.94
42237071--42237112	21	2.0	21	81	9	50	54	0	7	38	1.28
42237638--42237747	26	4.2	26	91	0	175	33	6	24	35	1.81
42240534--42240560	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
42245112--42245155	23	1.9	23	100	0	88	27	15	18	38	1.91
42245346--42245392	21	2.2	22	88	11	71	63	0	6	29	1.19
42248124--42248169	19	2.3	20	92	3	76	28	10	15	45	1.79
42250829--42251162	170	1.9	174	87	6	491	48	8	28	13	1.73
42254773--42254802	11	2.7	11	94	0	51	30	0	13	56	1.37
42254877--42254919	16	2.6	16	82	13	52	34	4	2	58	1.32
42255703--42255749	23	2.0	23	100	0	94	42	4	4	48	1.42
42261398--42261819	231	1.9	223	85	5	576	35	12	7	44	1.70
42264101--42264170	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
42266074--42266333	49	5.4	49	94	2	429	29	9	31	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42266435--42266519	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
42268576--42268793	29	7.7	29	95	3	372	27	16	31	25	1.96
42271975--42272187	49	4.4	49	95	1	349	30	9	31	29	1.88
42272289--42272373	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
42276635--42276780	42	3.5	42	80	5	145	32	23	15	28	1.95
42280440--42280490	25	2.0	26	92	3	86	47	17	5	29	1.71
42281877--42281929	24	2.2	24	96	0	97	32	3	43	20	1.70
42283312--42283422	27	4.2	26	86	5	141	15	24	23	36	1.93
42292405--42292522	46	2.5	48	86	5	161	25	27	17	29	1.98
42298642--42298820	40	4.4	40	87	0	232	23	26	23	26	2.00
42302489--42302554	6	10.8	6	76	15	64	45	15	19	19	1.85
42302498--42302563	31	2.1	31	91	0	105	46	13	21	18	1.83
42302994--42303219	27	8.4	27	87	1	303	24	20	19	34	1.96
42303004--42303248	133	1.8	133	81	3	305	26	19	18	35	1.95
42303239--42303287	24	2.0	24	88	0	71	28	10	24	36	1.88
42303205--42303355	27	5.7	27	76	9	143	27	7	23	41	1.81
42303375--42303651	27	10.3	27	90	0	410	39	8	22	29	1.83
42303666--42303750	27	3.2	25	77	12	80	30	8	21	40	1.82
42305833--42305901	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
42307525--42307562	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
42313793--42313861	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
42315484--42315521	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42317362--42317399	18	2.1	18	90	0	58	50	18	13	18	1.78
42320306--42320382	24	3.2	24	83	7	75	28	22	22	27	1.99
42320320--42320383	24	2.6	25	87	5	94	29	23	23	23	1.99
42320592--42320707	27	4.3	27	86	1	117	25	23	17	34	1.96
42320659--42320812	80	1.9	81	82	4	195	27	11	22	39	1.87
42320689--42321028	27	12.6	27	80	5	170	34	9	21	35	1.85
42320806--42320989	54	3.4	53	85	2	233	39	9	21	29	1.84
42320805--42321014	81	2.6	81	80	1	242	38	9	21	30	1.85
42320833--42320989	54	2.9	54	90	0	251	40	8	21	28	1.83
42324958--42325047	46	2.0	46	93	0	153	31	20	22	26	1.98
42330237--42330307	37	1.9	37	97	0	133	32	22	19	25	1.98
42334158--42334204	22	2.2	22	84	3	60	55	2	2	40	1.24
42352445--42352599	42	3.7	42	81	5	186	30	14	23	31	1.94
42355068--42355110	18	2.4	18	100	0	86	46	4	20	27	1.71
42359495--42359654	42	3.8	42	85	1	212	29	14	24	31	1.94
42359495--42359650	85	1.8	84	84	1	213	29	14	24	32	1.94
42361272--42361433	43	3.8	43	76	9	161	35	26	14	23	1.93
42361259--42361431	86	2.0	85	86	7	244	36	26	14	22	1.93
42365622--42365992	48	7.7	48	74	4	273	26	27	16	29	1.97
42365622--42365949	144	2.3	146	77	2	338	25	28	17	28	1.98
42365622--42365994	96	3.9	96	89	0	512	26	27	17	28	1.98
42373428--42373467	16	2.5	16	87	0	53	40	2	2	55	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42375372--42375432	28	2.2	28	81	0	77	32	3	11	52	1.54
42376376--42376417	21	2.0	21	85	0	57	28	2	2	66	1.16
42379847--42379899	26	2.0	26	92	0	88	39	9	28	22	1.85
42388472--42388899	48	8.9	48	82	3	387	26	19	29	24	1.99
42396694--42396763	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
42404592--42404687	28	3.5	28	98	1	185	29	11	26	33	1.91
42415198--42415420	122	1.8	120	88	1	338	39	10	21	29	1.86
42420634--42420809	46	3.8	46	77	12	198	20	21	28	29	1.98
42420631--42420802	93	1.8	93	94	0	308	20	21	29	28	1.98
42428167--42428342	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
42428164--42428335	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
42432848--42432930	43	1.9	43	87	0	121	24	15	30	30	1.96
42432892--42432991	51	2.0	51	82	4	121	25	15	27	33	1.95
42433250--42433317	33	2.1	33	100	0	136	29	0	20	50	1.49
42438278--42438305	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
42440011--42440111	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
42440040--42440115	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
42443046--42443196	43	3.5	44	80	8	141	20	17	30	31	1.96
42450266--42450521	49	5.3	49	94	1	439	32	7	30	30	1.86
42454724--42454895	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
42454716--42454891	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
42457272--42457360	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42457272--42457351	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
42457283--42457360	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
42460269--42460440	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
42460261--42460436	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
42463722--42464132	48	8.6	48	82	3	378	25	20	29	24	1.99
42467440--42467567	44	2.9	44	81	10	143	21	18	28	31	1.97
42475418--42475538	45	2.7	43	83	5	134	23	17	24	33	1.96
42475418--42475553	44	3.0	45	82	6	141	24	16	25	33	1.96
42480337--42480383	25	2.0	23	87	8	67	48	0	10	40	1.38
42480337--42480393	23	2.4	26	80	16	70	49	0	10	40	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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