genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  93  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25881283--25881348	20	3.3	20	73	0	69	15	15	24	45	1.84
25881200--25881351	40	3.8	40	75	11	141	19	18	22	40	1.92
25881191--25881394	82	2.5	79	79	7	205	20	18	23	38	1.93
25881240--25881399	40	4.0	40	78	5	144	20	19	23	36	1.95
25881239--25881394	80	1.9	82	82	2	199	20	19	23	37	1.95
25884908--25884936	12	2.3	13	94	5	51	58	13	6	20	1.58
25887131--25887199	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
25888968--25889077	42	2.6	42	85	5	143	31	15	24	28	1.95
25889009--25889096	42	2.1	42	80	0	95	29	13	27	29	1.94
25892213--25892268	23	2.4	23	82	14	71	67	0	3	28	1.07
25895364--25895425	31	2.0	31	96	0	115	30	14	25	29	1.95
25900914--25900941	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
25903112--25903257	31	4.7	31	94	0	258	28	26	17	28	1.97
25903282--25903413	42	3.1	42	98	0	255	34	19	14	31	1.92
25903548--25903629	25	3.3	25	83	8	80	25	23	24	26	2.00
25903561--25903630	25	2.8	25	86	4	97	25	22	27	24	2.00
25904555--25904763	27	7.7	27	77	6	143	32	9	18	39	1.83
25904555--25904691	56	2.5	54	80	5	141	32	8	18	40	1.81
25904622--25904777	81	1.9	81	87	5	226	29	9	20	40	1.84
25904621--25904777	27	5.8	27	84	4	176	29	9	21	40	1.84
25904776--25904878	54	1.9	54	90	4	163	39	3	24	32	1.73
25904776--25904878	27	3.8	27	85	2	136	39	3	24	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25904780--25904892	54	2.1	54	85	3	147	38	6	25	29	1.80
25925950--25925974	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
25926995--25927030	19	1.9	19	88	5	56	69	0	5	25	1.10
25939333--25939441	55	2.0	55	96	0	200	30	13	15	40	1.86
25941272--25941302	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
25941269--25941308	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
25941494--25941738	52	4.7	53	78	8	200	21	26	16	35	1.95
25941494--25941746	55	4.8	52	75	13	193	21	26	16	35	1.94
25947735--25948001	136	2.0	136	96	0	489	33	22	17	25	1.96
25948969--25948999	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
25948966--25949005	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
25949191--25949445	55	4.8	54	78	9	251	21	25	16	36	1.94
25952482--25952595	29	4.0	28	81	8	131	28	28	15	27	1.96
25952473--25952581	58	1.9	58	88	1	166	26	29	16	27	1.97
25958008--25958299	43	6.8	43	85	3	365	30	28	16	23	1.97
25958354--25958422	34	2.1	33	89	8	104	39	8	2	49	1.49
25974170--25974218	15	3.3	15	82	0	62	14	10	16	59	1.61
25975876--25976057	39	4.6	39	90	0	247	21	31	23	23	1.98
25975906--25976057	39	3.9	39	93	0	250	22	31	22	23	1.98
25983138--25983249	39	2.8	39	86	1	152	23	31	20	25	1.98
25984557--25984585	15	2.0	15	93	6	51	10	13	20	55	1.68
25990673--25990858	39	4.7	38	84	9	223	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25990673--25990859	79	2.4	78	84	5	243	25	27	21	25	1.99
26004319--26004367	15	3.3	15	82	0	62	14	10	16	59	1.61
26004319--26004397	15	5.3	15	69	3	52	11	17	17	53	1.73
26005069--26005097	15	2.0	15	93	6	51	10	13	20	55	1.68
26006946--26007046	28	3.5	28	86	4	130	28	13	27	29	1.95
26012445--26012499	21	2.6	21	76	2	56	16	29	34	20	1.94
26016519--26016600	24	3.4	24	86	0	110	24	24	7	43	1.79
26019275--26019338	23	2.8	23	95	0	119	28	28	20	23	1.99
26019819--26019888	30	2.3	31	78	12	72	38	22	2	35	1.69
26025435--26025566	23	5.7	23	82	3	158	28	25	22	23	1.99
26025456--26025574	46	2.6	46	91	2	186	28	23	24	23	2.00
26032400--26032463	32	2.0	32	93	0	110	43	23	6	26	1.77
26036179--26036279	28	3.5	29	85	6	125	28	27	14	28	1.96
26043855--26043955	28	3.5	29	85	6	125	28	27	14	28	1.96
26046512--26046644	46	2.9	46	86	1	176	30	22	23	24	1.99
26054340--26054610	27	10.0	27	75	4	143	39	19	8	32	1.82
26054344--26054610	54	4.9	54	74	5	198	39	19	8	32	1.82
26054593--26054654	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
26054487--26054636	54	2.8	54	84	4	151	42	18	9	30	1.82
26054487--26054639	81	1.9	81	85	5	211	41	18	9	30	1.82
26055216--26055299	41	2.0	41	100	0	168	28	20	21	29	1.98
26055287--26055383	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26058610--26058925	27	11.7	27	75	5	149	38	18	10	31	1.85
26058756--26058882	54	2.4	54	90	0	200	41	18	7	31	1.79
26058756--26058908	81	1.9	81	83	5	202	41	18	9	31	1.82
26058756--26058905	54	2.8	54	86	2	167	42	18	9	30	1.81
26059485--26059568	41	2.0	41	100	0	168	28	20	21	29	1.98
26059556--26059640	28	3.0	28	94	0	152	45	24	9	20	1.80
26069534--26069770	33	7.1	32	68	9	114	29	15	25	29	1.96
26069533--26069798	101	2.6	101	90	1	417	29	15	24	30	1.95
26076033--26076216	40	4.6	40	81	4	219	22	27	25	25	2.00
26084066--26084286	40	5.6	40	81	4	243	23	26	24	25	2.00
26085873--26086005	46	2.9	43	77	12	126	29	30	19	21	1.97
26093334--26093505	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
26093327--26093502	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
26097037--26097107	35	2.0	35	97	0	133	30	33	8	26	1.86
26098157--26098217	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
26100587--26100611	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
26101536--26101583	24	2.0	24	100	0	96	37	29	4	29	1.76
26102632--26102692	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
26111159--26111365	40	5.2	39	80	6	202	25	23	26	25	2.00
26111164--26111365	79	2.5	80	83	2	237	25	23	26	24	2.00
26119177--26119369	40	4.8	40	82	2	199	26	24	25	23	2.00
26119179--26119369	80	2.4	80	84	3	224	26	24	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26122765--26122790	9	2.9	9	100	0	52	34	11	7	46	1.69
26131540--26131768	48	4.8	48	80	3	273	35	28	15	20	1.93
26131543--26131768	96	2.4	96	94	0	407	34	29	15	20	1.93
26135456--26135493	20	2.0	20	84	5	51	21	2	2	73	1.07
26137088--26137157	35	2.0	35	97	0	131	18	25	32	22	1.97
26137430--26137695	54	4.9	55	82	7	305	40	18	9	31	1.83
26137429--26137694	81	3.3	78	78	8	277	40	18	9	30	1.82
26137424--26137694	27	10.1	26	78	9	217	40	19	9	30	1.83
26137647--26137707	27	2.3	27	88	5	88	39	14	16	29	1.88
26138199--26138261	32	2.0	32	87	0	90	23	22	20	33	1.97
26141750--26141848	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
26149769--26149842	28	2.6	28	91	4	114	31	25	14	28	1.95
26152960--26153067	29	3.8	29	80	6	121	27	28	15	27	1.96
26152957--26153067	58	1.9	58	85	1	152	27	29	15	27	1.96
26153291--26153325	16	2.2	16	89	0	52	11	22	14	51	1.74
26154979--26155176	27	7.3	27	75	8	163	41	16	10	31	1.82
26154977--26155176	54	3.7	54	79	5	208	41	16	11	32	1.83
26154978--26155176	81	2.5	82	78	10	212	41	16	10	32	1.82
26155662--26155733	32	2.2	32	85	0	99	20	20	23	34	1.96
26155945--26155998	28	1.9	28	84	0	72	24	24	22	29	1.99
26160436--26160469	17	2.0	17	94	0	59	20	41	8	29	1.82
26163650--26163817	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26163666--26163815	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
26171608--26171735	40	3.2	40	80	2	150	24	28	24	23	2.00
26184213--26184304	43	2.2	42	82	5	105	35	30	15	18	1.92
26184213--26184314	42	2.4	43	83	4	118	34	29	15	20	1.94
26187750--26188056	97	3.1	98	84	6	361	27	27	18	26	1.98
26189042--26189092	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
26195481--26195531	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
26196179--26196497	48	6.8	48	71	12	159	27	19	28	24	1.99
26197487--26197521	18	1.9	18	94	0	61	25	8	22	42	1.82
26212330--26212468	46	3.0	47	74	16	144	23	19	26	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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