genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  164  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50047242--50047363	39	3.1	39	82	4	138	22	24	23	29	1.99
50047218--50047398	40	4.6	40	78	6	165	22	27	24	26	2.00
50054528--50054710	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
50062550--50062733	40	4.7	39	78	6	151	23	26	22	27	2.00
50084911--50085040	40	3.2	40	81	4	156	24	27	24	23	2.00
50087740--50087779	20	2.2	20	86	13	59	0	32	0	67	0.91
50087769--50087814	18	2.6	18	80	10	58	8	10	0	80	0.91
50090909--50090933	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
50092941--50093001	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
50095360--50095384	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
50096302--50096350	21	2.3	22	92	3	82	30	32	10	26	1.89
50097404--50097464	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
50099825--50099851	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
50106952--50106995	20	2.4	18	88	11	63	0	34	0	65	0.93
50108764--50108795	16	2.0	16	93	0	55	50	15	6	28	1.68
50110254--50110372	29	4.2	29	79	6	136	28	12	30	28	1.93
50110258--50110370	58	2.0	57	85	5	156	28	13	30	27	1.94
50137793--50137837	20	2.2	20	84	0	54	35	13	4	46	1.63
50140105--50140161	30	1.9	30	82	13	73	26	3	31	38	1.73
50154865--50154996	59	2.2	60	85	5	180	40	3	4	50	1.41
50166600--50166742	40	3.6	40	84	0	160	23	28	22	25	1.99
50166640--50166782	40	3.6	41	82	5	141	22	25	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50168601--50168654	20	2.8	19	80	5	63	35	3	5	55	1.41
50174363--50174512	43	3.5	43	72	13	121	34	26	14	25	1.94
50175904--50175973	34	2.1	34	86	0	95	34	20	17	28	1.95
50179480--50179552	29	2.6	29	80	2	85	21	32	17	27	1.96
50187317--50187394	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
50193904--50193937	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
50197605--50197762	43	3.7	44	79	9	157	31	27	17	24	1.97
50199452--50199537	42	2.0	42	100	0	172	38	16	15	30	1.89
50218754--50218866	27	4.2	27	81	4	138	38	19	9	32	1.84
50218761--50218867	54	2.0	54	88	3	162	39	16	9	34	1.81
50218846--50218936	27	3.4	26	75	6	92	36	15	18	29	1.92
50219073--50219156	27	3.2	26	80	8	98	21	25	21	32	1.98
50219079--50219172	27	3.5	27	72	8	84	19	25	23	31	1.98
50219315--50219410	33	2.9	33	85	3	131	31	22	21	23	1.99
50228210--50228376	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
50228210--50228376	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
50230168--50230201	5	6.6	5	93	6	59	0	17	0	82	0.67
50230168--50230202	11	3.3	11	96	4	63	0	17	0	82	0.66
50233978--50234094	25	4.7	25	80	4	128	29	22	21	26	1.99
50233970--50234094	50	2.5	50	78	2	144	29	24	20	25	1.99
50239709--50239763	26	2.1	26	86	6	76	43	14	12	29	1.82
50242441--50242568	40	3.2	40	79	7	134	26	15	23	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50251906--50252090	79	2.3	80	81	8	216	24	28	23	23	1.99
50251906--50252090	40	4.6	40	80	11	200	24	28	23	23	1.99
50255996--50256146	40	3.7	40	84	5	187	23	15	27	33	1.95
50260295--50260655	47	7.7	46	73	13	247	23	28	19	27	1.98
50260295--50260652	94	3.8	94	80	8	365	23	28	19	28	1.98
50260295--50260655	141	2.6	140	78	8	331	23	28	19	27	1.98
50260991--50261048	30	1.9	30	92	0	98	32	24	8	34	1.86
50267204--50267231	9	3.1	9	100	0	56	42	0	21	35	1.53
50268180--50268299	51	2.4	51	80	8	129	27	15	27	30	1.96
50269784--50269854	30	2.4	30	95	0	124	18	28	35	18	1.94
50279390--50279451	28	2.1	30	94	5	110	11	3	12	72	1.23
50279533--50279595	30	2.1	30	93	0	108	26	4	9	58	1.49
50279636--50279692	25	2.4	23	76	21	64	28	0	8	63	1.24
50280296--50280331	5	7.0	5	87	6	54	22	0	0	77	0.76
50280297--50280331	16	2.2	16	94	0	61	20	0	0	80	0.72
50285754--50285875	50	2.5	49	82	5	142	27	22	14	35	1.93
50290081--50290202	50	2.5	49	82	5	142	27	22	14	35	1.93
50292085--50292111	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
50295105--50295205	52	1.9	52	97	0	193	37	18	3	39	1.70
50297912--50298028	53	2.2	53	89	3	173	27	23	33	15	1.95
50304898--50304951	28	1.9	28	88	0	81	35	5	12	46	1.66
50305064--50305148	23	3.7	23	73	7	64	16	1	23	58	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50305212--50305254	20	2.1	21	87	12	63	30	2	2	65	1.18
50306968--50307011	21	2.1	21	83	8	54	0	36	20	43	1.52
50320222--50320377	43	3.6	43	80	6	181	32	23	16	28	1.96
50320498--50320571	35	2.1	36	82	7	89	51	9	5	33	1.57
50323682--50323788	32	3.5	31	87	2	144	38	3	0	57	1.23
50323685--50323785	31	3.3	29	86	5	94	38	2	0	57	1.21
50324166--50324221	21	2.7	21	97	0	103	25	26	37	10	1.88
50324785--50324826	2	21.5	2	92	4	68	52	0	2	45	1.13
50326456--50326504	8	6.1	8	90	0	80	63	2	0	34	1.06
50327930--50327986	24	2.3	25	85	8	73	63	0	0	36	0.95
50327958--50327991	18	1.9	18	88	5	52	70	0	0	29	0.87
50328025--50328072	25	1.9	25	86	0	69	41	2	2	54	1.24
50328120--50328146	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
50328190--50328228	18	2.2	18	85	0	51	64	2	5	28	1.28
50332808--50332902	47	2.0	47	100	0	190	44	6	8	41	1.60
50339915--50339958	16	2.6	16	85	7	52	63	2	0	34	1.07
50345348--50345530	79	2.3	80	84	7	230	25	27	22	24	2.00
50345346--50345530	40	4.7	40	82	7	234	25	27	22	24	2.00
50347303--50347475	49	3.6	47	75	11	145	27	16	30	26	1.97
50359550--50359584	18	1.9	18	94	0	61	45	0	20	34	1.51
50366057--50366096	15	2.7	15	92	7	64	60	17	10	12	1.59
50369460--50369647	101	1.9	99	91	2	304	29	23	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50369454--50369652	50	4.0	50	80	5	233	29	24	19	27	1.98
50380266--50380381	57	2.0	57	93	0	196	37	7	14	40	1.75
50381757--50381808	20	2.6	20	90	0	86	15	28	32	23	1.95
50385437--50385765	48	6.9	48	74	6	227	24	27	19	28	1.99
50385486--50385757	96	2.8	96	83	1	339	23	28	19	28	1.98
50385484--50385767	144	2.0	142	87	5	410	23	28	19	28	1.98
50385485--50385767	48	5.9	48	80	4	302	24	28	19	27	1.98
50387066--50387936	422	2.1	419	81	4	1013	32	27	9	30	1.89
50388809--50388845	14	2.5	15	86	8	58	64	0	0	35	0.94
50388970--50388997	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
50395628--50395669	6	6.8	6	84	10	50	50	0	0	50	1.00
50401556--50401595	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
50404291--50404380	45	2.0	44	89	2	135	24	12	24	38	1.89
50407795--50407926	29	4.6	29	81	1	131	24	32	17	25	1.97
50415597--50415669	28	2.6	28	93	2	128	26	31	15	27	1.95
50415539--50415669	29	4.6	29	81	2	131	24	32	17	25	1.97
50423284--50423415	29	4.6	29	81	1	131	24	32	17	25	1.97
50428133--50428177	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
50430310--50430582	46	5.9	46	92	0	395	41	13	23	21	1.89
50433625--50433765	40	3.5	40	94	1	230	23	29	23	24	1.99
50445296--50445463	40	4.2	40	75	6	160	25	22	26	25	2.00
50451213--50451268	16	3.4	16	69	26	53	32	32	3	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50451204--50451273	34	2.1	34	97	0	131	28	34	5	31	1.81
50451211--50451263	18	3.1	18	68	26	51	32	30	3	33	1.76
50451240--50451465	49	4.7	47	90	4	362	30	30	7	32	1.85
50451240--50451465	96	2.4	94	90	5	364	30	30	7	32	1.85
50456534--50456638	40	2.6	40	90	3	158	25	22	27	23	2.00
50461880--50461991	43	2.6	42	77	5	118	27	17	24	30	1.97
50476365--50476518	77	2.0	77	100	0	308	36	15	19	28	1.92
50477792--50477819	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
50478146--50478236	47	1.9	47	86	0	128	46	4	8	40	1.55
50478608--50478661	21	2.6	20	82	8	72	27	7	35	29	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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