genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.367.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  367  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114459069--114459107	16	2.4	16	91	4	60	48	2	0	48	1.15
114460870--114460895	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
114470090--114470178	41	2.1	42	83	2	117	26	24	29	19	1.98
114472871--114472901	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
114486736--114486767	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
114486940--114487334	50	7.9	50	77	3	398	28	26	18	26	1.98
114487001--114487182	101	1.8	101	88	0	283	29	25	19	25	1.98
114486943--114487335	151	2.6	151	95	0	705	29	26	18	25	1.98
114486943--114487333	101	3.9	101	76	3	270	29	26	18	25	1.98
114487683--114487729	19	2.3	20	82	10	60	46	17	0	36	1.48
114489266--114489312	23	2.0	23	83	4	58	25	4	51	19	1.65
114494758--114494961	47	4.3	47	92	1	345	27	27	7	36	1.85
114497149--114497472	50	6.4	50	73	4	238	31	24	18	26	1.97
114497162--114497473	151	2.1	151	90	1	482	30	24	18	26	1.98
114497821--114497867	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
114500585--114500657	32	2.3	33	93	6	118	24	8	13	53	1.67
114500594--114500657	32	2.0	32	100	0	128	21	9	15	53	1.70
114505234--114505457	40	5.7	39	83	6	281	25	27	22	23	2.00
114505201--114505456	79	3.2	80	83	8	301	25	27	22	24	2.00
114505234--114505453	119	1.8	119	95	0	395	26	27	22	23	1.99
114513233--114513456	40	5.7	39	83	6	281	25	27	22	23	2.00
114513200--114513455	79	3.2	80	83	8	301	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114513233--114513452	119	1.8	119	95	0	395	26	27	22	23	1.99
114517865--114518028	71	2.3	71	98	0	319	34	18	28	18	1.95
114525399--114525562	71	2.3	71	98	0	319	34	18	28	18	1.95
114531570--114531641	30	2.2	32	85	9	94	58	6	22	12	1.58
114534270--114534313	23	1.9	23	95	0	79	31	4	13	50	1.62
114538201--114538243	21	2.0	21	82	8	52	6	11	9	72	1.29
114543696--114543748	21	2.5	21	82	14	65	47	1	3	47	1.31
114543696--114543743	20	2.3	20	86	10	62	47	0	4	47	1.21
114543763--114543819	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
114547804--114548250	222	2.0	223	96	0	824	33	19	12	34	1.90
114553937--114553999	30	2.1	30	93	0	108	22	1	15	60	1.44
114557700--114557919	46	4.7	46	73	10	146	24	28	19	27	1.99
114566061--114566257	37	5.3	37	77	10	145	22	16	17	43	1.88
114566061--114566257	74	2.6	74	80	6	193	22	16	17	43	1.88
114568154--114568448	50	5.9	50	77	5	256	25	16	25	32	1.96
114576098--114576191	46	2.0	46	93	0	161	36	7	10	45	1.67
114576676--114576733	31	1.9	30	86	10	82	53	5	10	31	1.57
114583193--114583470	138	2.0	138	98	0	538	39	25	10	24	1.88
114586940--114586992	23	2.3	23	83	3	63	56	15	16	11	1.67
114591377--114591544	35	4.6	35	85	7	185	33	23	10	32	1.89
114591372--114591544	75	2.4	73	83	9	210	33	23	10	32	1.89
114601873--114601905	16	2.1	16	88	11	50	33	24	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114604460--114604484	12	2.1	12	100	0	50	92	8	0	0	0.40
114613629--114613788	40	4.0	40	88	3	223	32	16	26	25	1.96
114613629--114613788	81	2.0	80	87	6	234	32	16	26	25	1.96
114614711--114614750	22	1.9	21	85	10	55	55	30	0	15	1.41
114615094--114615137	3	14.7	3	95	0	79	65	0	2	31	1.05
114615133--114615166	16	2.1	16	100	0	68	82	0	11	5	0.83
114618727--114618770	14	3.2	14	80	6	63	40	4	6	47	1.50
114618721--114618763	13	3.2	13	80	6	59	32	2	6	58	1.38
114618683--114618809	33	3.9	33	78	16	140	31	5	9	53	1.56
114618683--114618805	60	2.0	62	87	6	178	31	5	8	53	1.55
114619367--114619564	43	4.7	42	76	7	168	25	15	27	31	1.95
114625373--114625427	17	3.2	17	80	10	58	52	3	1	41	1.29
114629945--114630002	29	2.0	29	100	0	116	27	17	20	34	1.95
114640814--114641106	146	2.0	146	100	0	586	29	14	16	39	1.88
114646163--114646204	18	2.4	18	84	4	59	50	0	0	50	1.00
114646191--114646218	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
114646131--114646209	23	3.4	24	70	19	60	48	0	1	50	1.08
114647325--114647385	27	2.3	27	85	0	86	36	24	4	34	1.77
114651114--114651146	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
114651427--114651835	46	8.9	46	86	2	502	21	22	14	41	1.89
114651427--114651834	138	3.0	138	88	1	559	21	23	14	41	1.89
114654267--114654334	30	2.3	30	82	5	75	27	17	4	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114657734--114657834	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
114661593--114661758	88	1.9	88	83	5	219	27	26	17	28	1.98
114661662--114662243	132	4.4	132	84	3	695	25	23	20	29	1.99
114661686--114662244	264	2.1	265	86	1	782	25	23	20	30	1.99
114686984--114687017	15	2.3	15	90	5	52	88	2	8	0	0.62
114700580--114700786	73	2.9	71	86	5	283	30	16	24	28	1.97
114700489--114701245	233	3.3	232	81	11	887	29	17	21	30	1.96
114700813--114700946	71	1.9	71	90	0	214	30	16	23	29	1.96
114700659--114701104	159	2.8	160	92	1	716	28	17	22	31	1.96
114700972--114701256	71	4.0	71	89	6	377	32	18	20	29	1.96
114701311--114701455	78	1.8	79	81	10	181	23	13	16	46	1.82
114702221--114702256	16	2.3	16	90	4	56	88	2	8	0	0.59
114703081--114703121	20	2.0	21	90	4	66	39	0	2	58	1.11
114705564--114705769	71	2.9	71	86	7	283	30	16	23	28	1.97
114705473--114706234	232	3.3	231	81	11	912	29	17	21	30	1.96
114705635--114706087	159	2.8	159	91	3	698	29	17	22	31	1.96
114705797--114705929	71	1.9	71	90	0	212	30	16	23	30	1.96
114705955--114706306	74	4.8	74	92	1	516	31	18	21	28	1.97
114705797--114706350	159	3.7	145	84	7	585	30	17	21	30	1.96
114706390--114706532	47	2.8	52	75	17	147	27	16	20	34	1.94
114707215--114707248	15	2.3	15	90	5	52	88	2	8	0	0.62
114707244--114707281	17	2.3	17	81	4	51	60	31	0	7	1.25
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114708080--114708118	14	2.8	14	88	7	53	41	0	2	56	1.13
114712354--114712409	28	2.0	28	100	0	112	42	21	0	35	1.53
114716797--114716961	25	6.6	25	74	6	102	17	27	19	35	1.94
114716832--114716898	24	2.8	25	82	11	77	13	28	19	38	1.89
114716867--114716977	50	2.2	50	82	1	125	18	23	23	35	1.96
114716891--114716970	25	3.2	25	80	0	88	21	21	25	32	1.98
114720109--114720176	9	7.6	9	73	6	57	45	17	7	29	1.75
114720108--114720176	27	2.6	27	78	0	75	46	17	7	28	1.75
114720196--114720236	6	6.5	6	83	10	55	19	0	2	78	0.87
114720201--114720244	20	2.1	21	91	4	72	27	0	2	70	0.99
114720261--114720304	13	3.6	13	82	17	58	9	2	47	40	1.48
114733154--114733317	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
114733154--114733351	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
114740721--114740884	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
114740721--114740918	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
114743661--114743832	87	2.0	85	94	2	299	41	3	2	52	1.33
114743787--114743821	16	2.2	16	90	10	54	42	0	0	57	0.99
114743786--114743854	16	4.3	15	70	26	52	42	0	1	56	1.08
114748558--114748667	55	2.0	55	96	0	202	30	9	20	40	1.83
114752924--114752967	21	2.2	20	83	4	52	45	0	2	52	1.13
114754695--114754719	13	1.9	13	100	0	50	4	24	64	8	1.38
114755395--114755949	3	180.7	3	68	21	214	31	5	3	59	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114755346--114755712	184	2.0	177	93	4	628	31	4	4	59	1.37
114768237--114769155	73	12.2	73	77	12	782	29	15	20	34	1.94
114768387--114769064	230	2.9	230	91	4	1053	30	15	20	33	1.94
114768243--114769155	146	6.1	147	79	11	867	29	15	20	33	1.94
114769142--114769170	14	2.0	15	93	6	51	13	31	6	48	1.69
114771081--114771251	68	2.5	69	93	5	292	32	6	2	57	1.39
114771081--114771234	3	49.7	3	71	15	100	33	5	3	57	1.39
114771422--114771473	3	17.3	3	95	0	86	28	0	3	67	1.08
114779738--114779957	46	5.0	46	82	10	253	21	23	15	39	1.91
114779870--114779945	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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