genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  213  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66048266--66048448	39	4.6	39	86	2	233	23	30	22	24	1.99
66050369--66050476	50	2.2	50	94	0	189	15	7	23	53	1.67
66056057--66056143	25	3.5	25	82	0	93	34	17	27	20	1.95
66062195--66062247	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
66063731--66063840	26	4.2	26	96	0	175	36	23	5	34	1.78
66068793--66068951	43	3.7	42	77	10	137	23	18	25	32	1.97
66068779--66068934	43	3.6	42	76	10	138	23	17	24	34	1.96
66071536--66071593	30	1.9	30	85	0	80	32	10	25	31	1.89
66071923--66072137	46	4.6	46	76	7	168	28	18	29	24	1.98
66079469--66079630	43	3.8	42	84	11	204	23	18	26	31	1.97
66090934--66090962	12	2.3	13	94	5	51	51	3	0	44	1.18
66092493--66092607	43	2.7	42	83	4	131	27	26	16	29	1.97
66095365--66095398	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
66095299--66095421	58	2.2	57	84	12	157	51	4	0	43	1.26
66100213--66100264	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
66104899--66104942	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
66106735--66106803	28	2.5	28	92	2	113	42	27	10	20	1.84
66108110--66108210	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
66108110--66108292	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
66117378--66117523	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
66117410--66117561	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
66124901--66124939	20	2.0	20	94	0	69	79	2	17	0	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66124898--66124939	15	2.9	14	85	7	57	80	2	16	0	0.81
66127067--66127141	27	2.8	28	78	8	66	37	20	20	22	1.94
66127123--66127266	27	5.3	27	80	6	166	27	20	15	36	1.94
66127122--66127266	54	2.7	54	89	3	211	26	20	16	35	1.94
66132181--66132261	29	2.8	29	90	0	117	24	29	18	27	1.98
66134420--66134549	64	2.0	64	88	2	190	26	16	18	39	1.91
66137550--66137613	16	3.9	17	72	13	53	39	35	3	21	1.70
66141943--66142165	79	2.8	79	82	8	254	25	21	26	26	1.99
66141943--66142167	40	5.7	40	84	7	264	25	21	27	26	1.99
66141944--66142167	119	1.9	120	81	8	278	25	21	27	25	1.99
66143946--66144031	43	2.0	43	93	0	145	30	33	17	18	1.94
66145574--66145645	23	3.1	23	93	0	126	38	26	11	23	1.88
66148981--66149020	20	2.0	20	95	0	71	32	15	7	45	1.74
66150016--66150063	12	3.6	13	80	11	53	81	4	0	14	0.84
66151561--66151592	7	4.4	7	96	4	55	75	0	0	25	0.81
66151545--66151602	22	2.7	21	76	15	64	72	3	1	22	1.09
66163028--66163079	21	2.2	24	80	16	65	28	7	19	44	1.78
66165223--66165396	46	3.8	45	81	12	219	28	28	21	21	1.98
66165231--66165401	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	21	1.98
66167777--66167865	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
66167777--66167856	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
66167788--66167865	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66170771--66170944	46	3.8	45	81	12	219	28	28	21	21	1.98
66170779--66170949	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	21	1.98
66170822--66170963	45	3.1	44	73	23	132	30	27	20	21	1.98
66173307--66173363	30	1.9	30	85	7	80	40	7	28	24	1.81
66173836--66173993	43	3.7	43	83	1	174	22	17	28	32	1.96
66173963--66174062	51	2.0	51	85	0	137	24	17	27	32	1.96
66174945--66175014	35	2.0	35	100	0	140	45	17	14	22	1.84
66176518--66176564	24	2.0	24	95	0	85	25	4	21	48	1.68
66176938--66176998	20	3.0	20	67	13	52	26	27	11	34	1.91
66176793--66177029	41	5.8	41	79	2	217	21	26	15	36	1.94
66177525--66177735	116	1.8	118	90	4	347	45	23	8	22	1.79
66177902--66177948	16	2.9	16	84	15	69	31	0	25	42	1.55
66177972--66178017	17	2.8	16	80	6	56	19	6	34	39	1.78
66181152--66181318	43	3.9	43	79	3	176	32	23	15	27	1.95
66181438--66181507	35	2.0	35	83	5	88	48	12	5	32	1.65
66187236--66187294	24	2.5	24	78	13	59	66	1	30	1	1.12
66207456--66207534	31	2.5	31	93	0	140	27	25	17	29	1.98
66207558--66207649	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
66207794--66207942	26	5.8	26	89	0	230	26	23	24	26	2.00
66207791--66207942	52	3.0	51	93	4	263	26	23	23	26	2.00
66208744--66208808	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
66208839--66209198	27	13.3	27	75	6	219	30	9	20	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66208952--66209198	54	4.6	53	82	4	273	29	8	22	40	1.83
66208950--66209184	81	2.9	80	90	3	355	28	8	21	40	1.83
66208924--66209345	27	15.7	27	80	4	237	32	8	21	37	1.84
66219293--66219475	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
66227308--66227490	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
66229498--66229629	40	3.3	40	91	2	203	22	22	26	28	1.99
66237427--66237670	40	6.1	40	93	1	368	22	23	27	26	2.00
66241713--66242010	47	6.3	47	89	0	452	28	30	9	31	1.89
66241713--66242010	94	3.2	94	95	0	542	28	30	9	31	1.89
66243429--66243638	40	5.2	40	84	4	226	24	25	23	26	2.00
66243429--66243649	80	2.7	79	83	2	262	24	25	23	26	2.00
66251061--66251591	47	11.3	47	95	0	902	32	9	29	27	1.88
66251709--66251791	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
66253702--66254099	40	10.1	40	94	2	671	28	19	25	26	1.99
66253702--66254099	158	2.5	159	93	2	669	28	19	25	26	1.99
66257206--66257784	47	12.3	47	94	0	960	33	9	29	27	1.89
66257901--66257982	37	2.2	37	91	2	130	24	23	32	19	1.97
66262034--66262077	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
66263394--66263448	2	27.5	2	96	0	92	50	3	0	45	1.19
66270877--66270998	33	3.7	33	95	0	217	27	26	13	33	1.93
66284425--66284502	36	2.2	36	97	0	147	34	24	7	33	1.84
66285639--66285879	48	5.1	48	73	9	199	26	23	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66287494--66287528	19	1.9	19	88	11	56	22	0	11	65	1.24
66289441--66289488	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
66289534--66289590	20	2.8	20	97	0	105	36	10	21	31	1.87
66289536--66289590	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
66289641--66289760	24	5.0	24	90	3	170	28	22	22	26	1.99
66289952--66290015	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
66291907--66292078	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
66291899--66292074	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
66294459--66294547	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
66294459--66294538	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
66294470--66294547	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
66297487--66297658	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
66297479--66297654	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
66306160--66306228	28	2.5	28	90	4	104	33	26	13	27	1.93
66313075--66313144	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
66313075--66313156	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
66321102--66321171	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
66321102--66321183	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
66329117--66329186	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
66329117--66329198	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
66331349--66331521	93	1.9	93	96	0	319	27	30	21	20	1.98
66331342--66331517	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66342874--66343015	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
66342913--66343041	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
66346996--66347164	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
66357949--66358117	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
66365286--66365355	25	2.8	25	97	0	131	25	24	25	24	2.00
66365388--66365418	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
66365559--66365747	27	7.0	27	82	1	220	26	20	17	35	1.95
66365567--66365745	54	3.3	54	88	2	263	26	20	16	35	1.94
66365735--66365891	27	5.9	27	79	12	117	31	10	19	38	1.86
66365750--66365912	54	3.0	54	83	7	197	30	9	20	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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