genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  221  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68187648--68187960	96	3.3	96	93	1	506	31	7	30	30	1.85
68189833--68189876	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
68194525--68194594	24	2.8	24	80	10	70	32	14	20	32	1.92
68194540--68194594	24	2.2	25	96	3	103	30	16	21	30	1.95
68199616--68199729	29	4.0	29	75	5	90	28	31	12	28	1.93
68202442--68202478	17	2.2	17	90	0	56	51	10	16	21	1.74
68202929--68202982	18	3.0	17	76	10	54	31	31	1	35	1.69
68205351--68205382	7	4.2	8	92	8	50	21	0	25	53	1.46
68206242--68206284	23	1.9	22	85	4	59	51	25	4	18	1.66
68208245--68208388	40	3.6	40	81	3	121	29	23	26	20	1.99
68208282--68208411	40	3.3	39	79	4	143	26	23	26	24	2.00
68210191--68210361	43	4.0	43	74	14	131	32	24	15	26	1.95
68210191--68210311	43	2.8	44	79	9	135	31	24	17	26	1.97
68215642--68215685	22	2.0	22	90	0	70	43	2	22	31	1.66
68216491--68216653	40	4.1	39	79	10	177	25	21	27	25	1.99
68223484--68223646	40	4.1	39	79	10	177	25	21	27	25	1.99
68228983--68229011	10	2.9	10	100	0	58	68	31	0	0	0.89
68229925--68229994	31	2.3	30	80	4	79	28	18	17	35	1.93
68230019--68230086	33	2.1	33	94	0	118	29	10	11	48	1.73
68231990--68232211	124	1.8	122	81	5	277	31	11	24	32	1.90
68232170--68232320	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
68232207--68232336	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68232169--68232336	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
68234259--68234512	54	4.8	54	78	7	211	36	16	25	22	1.94
68234571--68234598	5	5.6	5	100	0	56	42	0	39	17	1.50
68234714--68234744	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
68238760--68238807	25	1.9	25	82	0	60	37	8	18	35	1.81
68249293--68249343	23	2.2	23	100	0	102	49	11	25	13	1.76
68253656--68253809	29	5.5	27	81	4	155	31	24	14	28	1.95
68253656--68253759	55	1.9	55	100	0	208	36	23	13	26	1.92
68257323--68257353	12	2.7	12	95	5	55	19	6	0	74	1.03
68259069--68259253	40	4.7	40	85	6	227	25	27	22	24	2.00
68259069--68259253	80	2.3	80	87	3	268	25	27	22	24	2.00
68267070--68267215	40	3.7	40	84	7	181	23	21	27	27	1.99
68270698--68270875	39	4.6	39	90	3	272	25	27	23	23	2.00
68276415--68276522	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
68281612--68281742	40	3.3	40	78	2	147	22	27	24	25	2.00
68281628--68281779	40	3.8	41	77	11	145	21	26	24	28	1.99
68286183--68286293	40	2.8	41	85	9	133	24	25	28	21	1.99
68287780--68287872	44	2.2	43	83	7	111	26	16	29	27	1.97
68290956--68291013	19	3.0	19	82	2	71	6	24	24	44	1.77
68294158--68294328	39	4.3	39	88	5	220	25	29	20	24	1.99
68299886--68299933	24	2.0	24	91	0	78	16	35	4	43	1.67
68303484--68303522	18	2.2	18	90	9	62	20	46	17	15	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68305385--68305429	22	2.0	22	91	0	72	35	17	13	33	1.89
68309765--68309818	27	2.0	27	96	0	81	37	14	20	27	1.92
68313927--68314058	40	3.3	40	87	2	176	28	22	23	25	1.99
68313944--68314071	39	3.3	39	86	1	166	27	22	25	25	2.00
68313997--68314081	39	2.2	39	89	0	125	25	22	28	23	1.99
68320631--68320728	39	2.5	39	89	0	151	25	22	27	24	2.00
68329016--68329069	26	2.0	26	82	3	63	38	18	12	29	1.88
68331695--68331723	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
68334651--68334675	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
68336885--68336909	13	1.9	13	100	0	50	16	44	24	16	1.86
68344367--68344537	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
68344362--68344534	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
68348305--68348353	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
68349176--68349341	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
68356281--68356329	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
68357150--68357315	40	4.2	39	77	9	158	25	21	27	24	1.99
68358804--68359050	40	6.4	38	82	11	226	26	21	27	25	1.99
68358800--68359018	40	5.7	40	85	10	271	24	21	27	26	2.00
68360953--68360983	14	2.2	14	100	0	62	29	9	25	35	1.88
68366905--68367125	79	2.8	80	82	10	283	25	21	27	25	2.00
68366906--68367127	40	5.6	39	84	8	256	25	21	27	25	1.99
68366912--68367160	79	3.2	79	81	10	278	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68370238--68370504	119	2.2	120	86	2	367	24	20	29	25	1.99
68370238--68370504	40	6.7	40	91	1	367	24	20	29	25	1.99
68373947--68374241	47	6.3	47	92	0	464	35	8	28	27	1.86
68381384--68381553	46	3.7	45	77	12	177	28	27	21	22	1.99
68381389--68381557	91	1.8	93	91	2	279	27	28	21	21	1.99
68381975--68382034	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
68402256--68402294	17	2.3	17	86	8	53	56	0	38	5	1.22
68403653--68403820	40	4.2	40	79	1	149	22	26	23	26	2.00
68411630--68411797	40	4.2	40	79	1	158	23	26	23	26	2.00
68411646--68411795	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
68416796--68416834	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
68417296--68417386	28	3.2	28	89	4	130	32	23	23	20	1.98
68417491--68417555	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
68421981--68422172	40	4.8	39	81	6	156	23	22	28	25	1.99
68421981--68422172	79	2.4	81	82	8	225	23	22	28	25	1.99
68421981--68422198	79	2.7	77	80	10	208	24	22	27	26	2.00
68424834--68424906	29	2.5	29	97	0	137	32	15	27	24	1.95
68424893--68424965	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
68429267--68429683	208	2.0	209	94	0	728	25	20	23	30	1.99
68437137--68437246	26	4.2	26	92	2	168	36	23	4	35	1.76
68439477--68439562	40	2.2	39	87	2	118	29	26	17	26	1.98
68443498--68443608	43	2.6	43	82	5	152	32	26	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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68498854--68499003	79	1.9	79	82	8	189	24	27	22	26	1.99
68500714--68500906	40	4.8	40	88	1	280	23	22	26	27	1.99
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68536873--68536948	31	2.5	31	100	0	152	15	31	32	19	1.94
68536894--68536949	18	3.4	18	62	23	50	14	32	33	19	1.92
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68575133--68575193	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
68576043--68576130	5	16.8	5	70	25	58	19	4	1	75	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68576043--68576087	20	2.2	20	92	4	72	20	2	0	77	0.87
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68601300--68601444	40	3.6	40	83	9	188	24	22	27	26	1.99
68609382--68609527	40	3.7	40	84	7	181	24	21	26	26	2.00
68609382--68609550	80	2.1	80	81	7	193	26	21	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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