Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   

This is table  287  of  438  ( 52554 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89886495--89886535
22
1.9
22
90
5
66
19
29
41
9
1.83
89889005--89889250
49
4.9
50
80
2
262
26
18
26
28
1.98
89889062--89889249
99
1.9
101
86
2
272
25
18
27
29
1.98
89893236--89893379
37
3.9
37
89
0
207
26
29
19
24
1.98
89893550--89893689
47
3.0
47
92
0
226
25
30
12
32
1.92
89907440--89907500
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
89911880--89911940
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
89916328--89916388
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
89919057--89919182
39
3.2
38
76
10
121
26
26
21
26
1.99
89926507--89927218
358
2.0
360
92
2
1182
35
21
14
28
1.92
89927384--89927549
40
4.2
40
82
4
196
25
27
22
25
2.00
89930367--89930403
18
2.0
19
89
5
58
37
10
8
43
1.69
89930465--89930516
20
2.6
20
81
0
59
36
7
11
44
1.70
89933347--89933499
39
3.9
39
92
0
252
23
20
32
23
1.98
89933348--89933530
39
4.6
39
89
0
249
23
22
31
22
1.99
89933354--89933568
78
2.7
78
84
5
218
24
22
30
22
1.99
89937364--89937434
33
2.2
33
94
0
124
32
22
5
39
1.77
89937649--89937694
24
1.9
24
90
0
74
32
21
21
23
1.98
89940439--89940508
27
2.5
28
86
2
97
32
25
14
27
1.94
89940516--89940622
42
2.5
42
96
0
196
22
33
14
28
1.94
89942820--89943038
40
5.5
39
83
5
217
24
26
23
26
2.00
89942820--89943040
80
2.7
79
83
2
271
24
25
23
26
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89947913--89948327
143
2.9
142
85
3
539
27
21
19
31
1.97
89948253--89948495
44
5.5
44
67
8
161
25
23
20
30
1.98
89948298--89949187
44
19.4
45
65
13
183
28
23
18
30
1.97
89948251--89948512
89
3.0
88
88
2
346
27
22
20
30
1.98
89948082--89948743
320
2.1
320
83
4
843
28
22
19
30
1.97
89948533--89948743
88
2.4
89
83
2
273
29
24
18
27
1.98
89948334--89949110
231
3.4
232
88
1
1049
28
22
18
30
1.97
89947915--89949110
463
2.6
458
80
6
1253
27
21
18
31
1.97
89950685--89950743
27
2.2
27
81
6
66
33
15
16
33
1.91
89950693--89950970
27
10.3
27
80
7
210
31
10
17
41
1.82
89950673--89950996
81
4.0
80
74
10
244
30
9
19
40
1.83
89950757--89951003
54
4.6
52
80
8
196
29
8
20
40
1.82
89950795--89950991
27
7.3
27
82
6
177
30
7
19
42
1.79
89951000--89951077
27
2.9
27
86
1
104
30
23
16
29
1.96
89953737--89953762
11
2.4
11
100
0
52
53
19
0
26
1.45
89954045--89954108
22
2.9
22
77
9
67
31
23
23
21
1.99
89954145--89954211
32
2.1
33
85
2
91
35
19
22
22
1.96
89954281--89954405
41
3.0
40
90
4
187
27
28
22
21
1.99
89954665--89954905
27
8.9
27
75
8
159
30
9
19
41
1.82
89954896--89954969
27
2.7
27
83
8
96
32
22
12
32
1.91
89956367--89956436
35
2.0
35
100
0
140
37
17
11
34
1.85
89964399--89964430
12
2.7
12
100
0
64
31
15
0
53
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89965788--89965817
16
1.9
16
93
6
53
6
20
0
73
1.05
89966670--89966725
19
3.1
19
85
15
82
35
12
5
46
1.65
89967020--89967372
46
7.7
46
89
2
487
21
23
14
40
1.90
89969211--89969244
14
2.5
13
86
13
50
67
0
0
32
0.91
89973181--89973210
15
2.0
15
93
0
51
60
36
0
3
1.14
89981535--89981567
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
89982758--89982804
23
2.0
23
84
8
60
48
21
2
27
1.61
89985978--89986026
17
2.8
17
79
14
55
28
0
6
65
1.16
89989301--89989336
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
90003848--90003913
30
2.1
32
83
10
84
43
1
4
50
1.32
90004670--90004727
27
2.1
27
81
6
64
70
3
20
5
1.21
90006100--90006126
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
90006317--90006369
2
26.5
2
96
0
97
49
0
1
49
1.12
90015449--90015504
28
2.0
29
85
3
78
21
44
19
14
1.86
90019693--90019755
31
2.0
32
84
9
85
46
0
4
49
1.23
90019832--90019867
2
18.5
2
94
5
65
50
0
0
50
1.00
90019877--90019930
15
3.5
15
78
12
56
74
3
16
5
1.16
90021332--90021380
20
2.4
21
76
10
66
61
0
6
32
1.21
90021546--90021652
47
2.3
47
86
0
151
17
18
21
42
1.90
90021780--90021865
18
4.7
18
82
1
100
36
9
13
40
1.77
90021777--90021865
36
2.4
37
83
1
117
35
10
14
39
1.80
90025958--90026021
15
4.4
15
84
11
89
60
12
15
10
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
90028945--90029085
46
3.0
45
75
10
149
29
30
19
21
1.97
90033935--90033971
20
1.9
18
89
10
56
43
0
21
35
1.53
90034529--90034704
46
3.8
46
76
12
180
20
18
29
31
1.97
90034526--90034696
93
1.8
93
91
0
279
20
19
29
29
1.97
90038238--90038404
43
3.9
43
81
8
189
27
16
24
31
1.96
90041546--90041634
29
3.2
29
81
10
105
24
16
23
34
1.95
90048566--90048784
46
4.7
46
81
9
266
22
20
26
30
1.98
90049009--90049046
19
2.0
20
85
15
53
36
0
23
39
1.55
90051952--90051977
13
2.0
13
100
0
52
15
30
30
23
1.95
90059663--90059714
18
2.9
18
69
11
52
26
19
1
51
1.57
90063790--90063865
33
2.4
33
95
4
138
34
30
5
30
1.80
90064425--90064453
10
2.9
10
100
0
58
58
0
0
41
0.98
90065478--90065533
22
2.6
22
91
2
87
44
0
16
39
1.47
90065877--90066035
42
3.7
41
72
12
129
24
21
28
25
1.99
90070405--90070534
38
3.4
38
75
7
136
37
25
16
20
1.93
90070404--90070566
78
2.1
79
79
7
181
34
25
17
21
1.95
90071323--90071356
2
17.5
2
93
6
61
52
0
0
47
1.00
90073733--90073815
33
2.5
33
94
0
139
26
13
9
50
1.72
90073758--90073813
20
3.2
20
67
32
63
25
16
10
48
1.78
90073719--90073847
33
4.1
33
82
8
137
28
11
11
48
1.75
90079961--90079999
14
2.8
14
92
0
60
38
10
20
30
1.86
90080547--90080583
16
2.3
16
86
13
58
40
0
0
59
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
90080595--90080649
22
2.7
21
83
8
60
50
0
0
49
1.00
90082316--90082354
17
2.3
17
95
0
69
43
15
38
2
1.60
90091079--90091141
30
2.2
29
85
5
83
34
22
6
36
1.80
90092052--90092081
5
6.0
5
92
0
51
23
16
0
60
1.36
90093499--90093535
17
2.1
19
85
10
51
54
5
18
21
1.64
90094485--90094519
17
2.0
18
88
5
54
28
8
5
57
1.52
90109542--90109700
46
3.5
46
80
9
157
23
29
20
27
1.98
90110196--90110234
19
2.1
19
85
9
53
30
23
0
46
1.53
90116161--90116274
54
2.1
54
93
0
192
17
30
27
24
1.97
90117097--90117319
46
4.8
45
78
12
186
23
29
19
26
1.98
90117106--90117327
94
2.4
92
80
10
240
24
30
19
26
1.98
90132973--90133018
23
2.0
22
87
4
65
32
4
8
54
1.51
90133048--90133086
19
2.1
19
95
0
69
30
12
5
51
1.62
90133156--90133187
7
4.4
7
96
4
55
43
0
0
56
0.99
90133446--90133568
26
4.8
24
68
26
74
32
7
2
57
1.39
90133550--90133583
17
2.0
17
88
0
50
41
0
2
55
1.15
90136612--90136667
27
2.2
27
84
9
73
30
3
8
57
1.47
90136697--90136745
2
25.0
2
95
4
91
51
0
0
48
1.00
90137751--90137799
3
16.3
3
100
0
98
32
0
0
67
0.91
90144777--90145087
100
3.1
100
90
0
496
31
21
23
24
1.98
90146804--90146850
25
2.0
24
84
15
64
48
0
2
48
1.13
90147795--90147950
69
2.2
71
89
3
253
10
33
4
50
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
90150920--90150986
33
2.0
33
94
0
116
25
13
22
38
1.90
90151121--90151154
13
2.8
12
91
8
52
38
0
0
61
0.96
90151453--90151485
17
1.9
17
93
0
57
39
0
0
60
0.97
90151432--90151563
58
2.3
57
83
8
155
43
0
3
51
1.25
90151729--90151766
16
2.4
16
90
0
58
34
23
5
36
1.78
90166162--90166209
19
2.6
19
80
9
55
35
2
14
47
1.56
90170906--90170998
43
2.1
43
82
2
105
32
4
13
49
1.62
90173156--90173188
12
2.8
12
95
4
59
60
18
0
21
1.36
90175051--90175233
47
4.0
45
81
9
183
31
27
19
21
1.97
90183996--90184179
51
3.6
50
82
5
210
28
29
15
27
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438