genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  199  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61665719--61665751	16	2.1	16	94	0	57	45	36	6	12	1.66
61667212--61667266	29	1.9	29	85	3	76	30	9	29	30	1.88
61668327--61668372	21	2.3	19	82	10	56	17	2	19	60	1.46
61668915--61668958	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
61675515--61675634	46	2.6	47	78	4	127	31	15	29	24	1.95
61678014--61678052	21	1.9	21	94	5	71	12	35	30	20	1.90
61681200--61681352	39	3.9	39	89	0	225	23	30	21	24	1.99
61681169--61681351	78	2.3	79	88	1	260	22	30	22	24	1.99
61687991--61688166	94	1.9	94	82	7	223	25	28	18	27	1.98
61693832--61693934	34	3.0	34	97	0	197	37	20	5	35	1.77
61697539--61697604	33	2.0	33	96	0	123	42	19	6	31	1.76
61699472--61699519	20	2.4	20	96	0	87	8	29	41	20	1.81
61705925--61706131	53	3.8	54	76	9	206	20	25	16	37	1.94
61710947--61711111	57	2.9	58	83	4	201	26	15	32	25	1.96
61710951--61711110	29	5.6	29	86	3	198	25	16	32	25	1.96
61710951--61711109	86	1.8	87	82	4	205	25	16	32	25	1.96
61718458--61718618	29	5.6	29	87	1	207	25	16	32	26	1.96
61724138--61724341	53	3.8	54	75	1	194	21	23	18	36	1.95
61729375--61729481	53	2.0	53	96	0	196	24	14	14	46	1.82
61734201--61734376	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
61734198--61734368	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
61737289--61737357	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61737280--61737367	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
61739731--61739906	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
61739728--61739898	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
61743221--61743392	75	2.4	74	84	11	216	31	11	23	33	1.90
61743226--61743390	35	4.6	35	84	9	174	31	11	23	33	1.90
61747097--61747128	16	2.0	16	93	0	55	46	6	9	37	1.61
61747814--61747928	56	2.1	56	98	0	221	28	20	25	25	1.99
61751655--61751694	15	2.7	15	84	0	53	17	5	17	60	1.54
61755146--61755183	19	2.0	19	100	0	76	47	5	15	31	1.68
61755582--61755693	43	2.6	43	81	4	138	19	17	32	30	1.95
61757037--61757096	29	2.1	27	84	6	75	18	21	41	18	1.90
61759842--61760073	40	5.8	40	85	6	326	27	26	21	25	1.99
61759822--61760073	80	3.2	80	94	0	425	27	26	20	25	1.99
61759813--61760073	120	2.2	120	84	8	329	27	26	20	25	1.99
61768181--61768285	32	3.1	32	70	21	104	21	28	22	26	1.99
61768142--61768355	71	2.9	73	90	6	306	24	27	21	26	2.00
61768213--61768355	40	3.6	40	85	6	193	25	26	21	25	2.00
61776915--61776954	2	20.0	2	89	0	62	45	0	0	55	0.99
61780812--61780849	16	2.6	14	81	18	51	36	0	0	63	0.95
61781345--61781416	30	2.4	30	86	4	101	38	0	5	55	1.23
61781704--61781743	18	2.1	20	86	9	57	32	0	0	67	0.91
61781695--61781764	24	2.9	24	87	6	88	34	0	2	62	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61781706--61781761	29	1.9	28	89	7	85	33	0	1	64	1.04
61783480--61783612	66	2.0	66	89	0	203	34	12	10	42	1.76
61792006--61792057	24	2.2	24	89	0	77	25	1	23	50	1.60
61809060--61809227	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
61817079--61817246	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
61820239--61820357	43	2.8	43	80	2	132	25	14	26	33	1.94
61822033--61822103	24	3.0	24	95	0	133	12	26	39	21	1.89
61822854--61823115	47	5.7	44	67	15	120	23	29	20	26	1.99
61822948--61823115	46	3.6	44	75	12	158	23	29	20	26	1.99
61830390--61830429	21	1.9	21	94	0	71	42	7	15	35	1.75
61838273--61838354	42	1.9	43	87	7	123	35	23	17	24	1.95
61838250--61838410	43	3.8	42	77	10	132	35	21	16	26	1.95
61839483--61839519	13	2.8	13	91	0	56	40	21	5	32	1.76
61844397--61844526	40	3.3	39	83	4	154	23	27	25	23	2.00
61844413--61844564	40	3.8	40	83	1	153	22	26	25	26	2.00
61852337--61852466	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
61859741--61859842	48	2.1	48	88	0	150	28	25	19	26	1.99
61859763--61859865	48	2.3	47	81	13	126	28	24	19	28	1.98
61865888--61865948	32	1.9	31	90	3	95	37	6	18	37	1.76
61873297--61873391	29	3.3	29	92	0	145	27	28	12	31	1.93
61873268--61873397	58	2.3	58	81	4	138	26	30	14	29	1.95
61888316--61888482	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61888332--61888482	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
61890747--61890842	29	3.3	29	77	0	111	32	31	9	27	1.88
61895125--61895232	38	2.8	37	86	8	137	22	29	24	24	1.99
61895125--61895231	39	2.8	38	87	7	137	21	29	24	24	1.99
61903084--61903286	39	5.2	40	88	6	287	23	29	22	25	1.99
61905354--61905561	40	5.2	40	88	2	301	21	28	24	25	1.99
61905540--61905583	23	2.0	23	95	4	81	13	25	29	31	1.94
61913508--61913757	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
61916024--61916154	41	3.1	41	65	16	106	25	26	19	28	1.98
61915978--61916197	42	5.2	42	63	16	105	24	28	17	29	1.97
61915983--61916210	84	2.7	84	92	0	384	25	28	17	28	1.98
61918085--61918114	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
61927754--61927796	20	2.2	20	100	0	86	34	37	0	27	1.57
61929988--61930332	45	7.7	44	78	5	228	18	18	18	44	1.87
61931196--61931265	20	3.5	20	86	5	97	10	27	38	24	1.87
61934106--61934212	29	3.8	29	78	9	89	27	16	31	24	1.96
61935751--61935847	42	2.3	42	85	7	126	29	25	15	28	1.96
61940246--61940453	40	5.2	40	82	2	229	25	23	26	24	2.00
61947612--61947819	40	5.2	40	81	2	220	25	22	26	24	2.00
61950928--61951040	52	2.2	52	96	1	208	27	13	13	46	1.80
61959000--61959136	60	2.3	60	82	6	161	29	19	24	27	1.99
61964550--61964604	21	2.5	22	82	2	67	18	32	30	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61966879--61966971	48	1.9	48	86	4	134	32	29	15	23	1.95
61980875--61980923	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
61980947--61980986	9	4.3	9	85	14	55	80	0	20	0	0.72
61980948--61980994	23	2.1	22	92	4	76	76	2	21	0	0.89
61980947--61980986	19	2.2	19	90	4	64	80	0	20	0	0.72
61981734--61981956	43	5.2	43	90	0	320	24	20	29	25	1.99
61982324--61982420	21	4.6	21	75	12	83	3	47	18	30	1.64
61987891--61988231	74	4.6	74	93	1	542	36	2	13	47	1.58
61987896--61988208	9	33.9	9	69	17	146	36	2	13	46	1.58
61988406--61988457	12	4.3	12	77	15	54	65	1	1	30	1.14
61988512--61988551	5	8.2	5	83	5	55	72	0	0	27	0.85
61988511--61988557	14	3.4	14	85	5	60	68	0	0	31	0.90
61988352--61988680	110	3.1	108	88	5	456	54	3	5	35	1.43
61988352--61988680	105	3.1	104	87	5	469	54	3	5	35	1.43
61992292--61992700	205	2.0	204	92	1	676	35	10	27	25	1.89
61993039--61993073	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
61993376--61993515	7	19.3	7	70	10	75	31	38	4	25	1.75
61993463--61993509	15	3.3	14	80	13	60	25	36	6	31	1.81
61993446--61993496	22	2.4	21	86	3	66	31	35	5	27	1.81
61993565--61993598	15	2.4	14	90	5	50	41	29	2	26	1.70
61993565--61993598	7	4.7	7	85	7	50	41	29	2	26	1.70
61993689--61993734	14	3.3	14	84	0	65	50	26	0	23	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61994041--61994136	41	2.3	41	96	0	183	23	20	29	26	1.99
61995051--61995101	22	2.3	23	86	6	70	37	3	21	37	1.72
61998338--61998410	35	2.1	35	94	0	128	38	19	10	31	1.86
61998769--61998829	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
62005511--62005579	28	2.5	28	88	6	97	30	27	14	27	1.95
62013237--62013305	28	2.5	28	88	6	97	30	27	14	27	1.95
62017395--62017439	20	2.2	20	92	0	72	51	2	11	35	1.50
62019854--62019910	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
62019960--62020030	25	2.8	25	93	2	115	25	23	23	26	2.00
62023982--62024096	59	1.9	59	100	0	230	36	17	25	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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