genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  273  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84980901--84981053	49	3.0	49	93	3	252	30	26	8	33	1.86
84981017--84981084	31	2.2	31	97	0	127	26	32	13	27	1.93
84980968--84981133	80	2.1	80	98	0	323	28	30	10	30	1.90
84984583--84984759	46	3.8	46	80	10	225	20	21	29	28	1.98
84986864--84987099	27	8.9	26	82	8	264	37	21	10	30	1.87
84986864--84987126	54	4.9	54	83	5	306	38	20	10	31	1.86
84986859--84987126	80	3.4	80	84	4	346	37	20	10	30	1.87
84987079--84987155	27	2.9	27	90	3	120	40	14	11	33	1.82
84986859--84987155	54	5.6	53	81	7	266	37	20	11	31	1.87
84990130--84990155	5	5.2	5	100	0	52	19	0	19	61	1.35
84996384--84996438	28	2.0	28	92	0	92	45	23	10	20	1.82
85000827--85000870	22	2.0	22	100	0	88	40	18	18	22	1.91
85004663--85004704	19	2.3	18	88	8	59	26	16	11	45	1.82
85007856--85008028	46	3.7	46	77	11	201	30	26	20	23	1.99
85007861--85008031	93	1.8	93	94	2	308	29	26	21	22	1.99
85009812--85009968	86	1.8	85	83	4	208	35	22	15	25	1.94
85015697--85015921	124	1.8	124	85	1	317	30	10	24	34	1.89
85015916--85016045	40	3.2	40	83	4	165	22	23	29	24	1.99
85020673--85020752	34	2.4	34	89	4	117	25	25	25	25	2.00
85028529--85028659	65	2.0	65	95	0	235	24	26	22	26	2.00
85038368--85038419	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
85040177--85040270	44	2.2	42	84	5	118	32	27	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85044561--85044710	40	3.8	40	89	0	210	27	22	26	23	2.00
85044518--85044725	80	2.6	79	79	3	227	27	23	25	24	2.00
85044530--85044738	40	5.2	39	83	5	195	27	23	24	24	2.00
85044520--85044752	120	1.9	121	81	0	279	27	23	25	23	2.00
85053008--85053201	71	2.7	71	91	0	307	40	14	17	27	1.89
85057184--85057278	42	2.2	42	81	9	104	28	17	24	29	1.97
85064830--85064864	17	2.1	17	100	0	70	14	5	22	57	1.59
85078435--85078477	17	2.5	17	92	0	68	51	9	23	16	1.73
85080284--85080358	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
85080342--85080415	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
85088120--85088194	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
85088178--85088251	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
85090537--85090704	47	3.6	46	75	10	162	28	17	29	25	1.97
85096961--85097074	27	4.2	28	77	12	114	20	21	20	38	1.94
85096961--85097067	55	2.0	54	85	5	144	21	21	18	38	1.94
85101921--85102162	50	4.8	50	77	7	215	28	28	18	23	1.98
85107982--85108043	15	4.2	15	73	17	58	9	12	14	62	1.53
85107974--85108033	30	2.0	30	84	12	79	10	11	16	61	1.55
85113985--85114139	39	3.9	39	91	0	238	25	32	20	22	1.98
85120027--85120156	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
85122978--85123156	44	3.9	46	78	12	208	21	20	29	28	1.98
85125195--85125256	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85125236--85125315	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
85125211--85125337	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
85125237--85125349	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
85125330--85125647	27	11.8	27	86	0	404	40	8	22	28	1.83
85125330--85125647	54	5.9	54	90	0	449	40	8	22	28	1.83
85125636--85125741	27	4.0	27	82	7	119	30	10	20	38	1.86
85125670--85125750	27	3.0	27	85	5	101	33	9	17	39	1.83
85129439--85129500	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
85129480--85129559	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
85129455--85129581	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
85129481--85129593	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
85129574--85129890	27	11.8	27	85	1	386	41	8	22	28	1.83
85129879--85129984	27	4.0	27	82	7	119	30	10	20	38	1.86
85129913--85129993	27	3.0	27	85	5	101	33	9	17	39	1.83
85133681--85133742	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
85133722--85133801	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
85133697--85133823	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
85133723--85133835	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
85133816--85134134	27	11.8	27	86	2	399	40	8	22	28	1.83
85133816--85134134	54	5.9	54	90	0	440	40	8	22	28	1.83
85134123--85134229	27	4.0	27	86	2	135	29	9	21	39	1.85
85133816--85134188	81	4.6	81	85	0	343	38	8	22	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85142376--85142476	40	2.5	40	93	1	168	24	23	25	25	2.00
85150362--85150585	40	5.6	39	84	8	290	23	23	28	25	2.00
85150362--85150585	83	2.8	79	87	5	349	23	23	28	25	2.00
85152186--85152263	24	3.3	23	82	12	95	38	16	21	23	1.93
85152196--85152264	24	2.9	24	83	10	97	39	17	21	21	1.93
85155280--85155318	19	2.0	20	85	14	55	46	0	15	38	1.46
85158120--85158271	39	3.9	39	92	1	243	23	32	21	23	1.98
85166091--85166240	39	3.9	39	89	5	225	24	32	20	23	1.98
85168172--85168433	47	5.6	47	79	8	234	21	30	19	28	1.98
85168176--85168433	140	1.8	140	84	6	353	21	30	19	28	1.98
85178404--85178516	46	2.4	46	86	4	156	22	29	22	26	1.99
85178910--85178967	30	1.9	30	92	0	98	29	25	12	32	1.92
85184673--85184747	3	25.7	3	84	10	102	32	2	0	65	1.07
85184752--85184803	4	13.0	4	79	0	59	21	7	1	69	1.24
85186387--85186439	5	10.2	5	84	8	61	16	3	1	77	1.01
85186389--85186442	27	2.0	26	89	3	81	14	5	1	77	1.03
85186391--85186456	27	2.4	26	78	14	71	15	4	6	74	1.18
85188573--85188730	43	3.7	41	79	12	133	24	18	25	32	1.97
85191761--85191886	46	2.7	46	91	0	189	20	23	27	28	1.99
85193314--85193370	30	1.9	30	85	7	80	22	31	28	17	1.97
85195895--85196086	40	4.8	40	90	0	285	30	26	20	22	1.99
85202505--85202674	27	6.3	27	82	5	118	32	12	16	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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85215183--85215497	140	2.2	138	81	9	345	25	19	30	24	1.98
85224003--85224072	28	2.5	28	83	4	88	32	24	14	28	1.94
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85244777--85244947	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
85250296--85250468	45	3.7	47	78	15	191	21	21	28	28	1.98
85252910--85253025	41	2.9	40	76	2	106	25	25	21	28	1.99
85260695--85260763	27	2.5	27	92	2	111	28	30	14	26	1.95
85261433--85261470	16	2.4	16	100	0	76	26	21	5	47	1.71
85263008--85263142	27	5.0	27	87	0	180	34	19	21	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85263327--85263442	27	4.3	27	83	7	137	20	21	20	37	1.95
85263560--85263613	6	8.8	6	76	11	56	18	20	11	50	1.77
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85276230--85276283	15	3.5	15	79	18	58	64	0	1	33	1.04
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85276766--85276854	35	2.5	36	87	9	128	34	13	12	39	1.82
85277244--85277596	83	4.2	83	92	0	580	26	20	20	32	1.97
85277520--85277999	119	4.0	119	93	0	798	29	18	17	33	1.95
85279294--85279469	46	3.8	45	79	11	196	21	21	29	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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