genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  252  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78054770--78054880	37	2.8	39	81	8	120	27	23	27	21	1.99
78054784--78054880	37	2.5	39	85	6	135	26	23	27	21	1.99
78054731--78054880	77	1.9	79	83	6	198	25	23	28	23	2.00
78059358--78059419	28	2.2	29	88	2	90	25	11	32	30	1.91
78063552--78063709	44	3.7	42	76	11	131	29	18	22	30	1.97
78065193--78065287	34	2.8	34	79	6	95	23	23	24	29	1.99
78069619--78069653	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
78072407--78072573	40	4.2	40	77	4	151	22	26	23	27	2.00
78080419--78080585	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
78080435--78080583	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
78087022--78087204	39	4.6	39	86	0	240	25	22	29	22	1.99
78095413--78095581	39	4.3	39	88	7	168	26	26	19	27	1.99
78095440--78095634	40	4.9	40	90	5	265	26	26	20	27	1.99
78103752--78103892	50	2.9	50	82	5	164	29	26	18	25	1.98
78104051--78104108	20	2.9	20	94	0	98	36	31	13	18	1.90
78106425--78106544	6	19.3	6	68	19	68	47	15	17	20	1.83
78106434--78106544	31	3.5	31	88	1	150	47	14	18	19	1.82
78106682--78106780	27	3.7	26	85	5	117	37	20	22	20	1.95
78107425--78107601	27	6.6	27	85	1	230	23	19	20	37	1.94
78107693--78107923	27	8.6	27	84	1	295	31	9	19	40	1.83
78107637--78107923	81	3.6	81	80	6	309	30	10	20	39	1.85
78107720--78107928	106	2.0	108	89	1	323	31	9	19	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78109698--78109907	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
78117831--78118040	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
78125249--78125273	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
78129239--78129341	51	2.0	51	98	0	197	28	23	33	15	1.95
78140787--78140978	40	4.8	40	88	1	242	24	23	26	25	2.00
78144072--78144314	50	4.8	50	81	3	272	24	17	25	32	1.97
78144072--78144316	101	2.4	99	83	4	296	24	17	25	32	1.97
78145203--78145233	16	1.9	16	93	0	53	58	25	3	12	1.50
78146317--78146367	16	3.2	16	82	0	57	49	13	23	13	1.78
78146578--78146692	29	4.0	28	82	2	131	27	15	29	26	1.96
78146591--78146701	58	1.9	58	85	5	154	26	16	30	27	1.96
78153071--78153254	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
78153111--78153299	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
78161179--78161329	40	3.8	41	75	15	136	26	23	27	22	2.00
78161178--78161361	40	4.6	39	74	6	129	26	23	27	22	2.00
78165240--78165373	50	2.6	51	86	2	180	22	14	28	34	1.94
78165236--78165406	50	3.4	50	81	3	164	22	16	27	33	1.95
78168916--78169066	41	3.4	41	72	19	142	30	25	22	21	1.99
78168900--78169081	92	2.0	92	93	0	310	31	25	21	20	1.98
78173015--78173252	40	5.9	40	92	2	347	27	20	26	26	1.99
78173015--78173280	40	6.6	39	90	4	338	26	20	26	26	1.99
78173015--78173313	80	3.7	79	85	8	331	27	20	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78177042--78177137	27	3.5	28	88	7	144	45	25	8	20	1.79
78180597--78180693	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
78182508--78182679	50	3.5	49	87	5	233	28	19	25	26	1.99
78187583--78187618	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
78188322--78188579	40	6.5	40	87	5	348	24	24	27	23	2.00
78195489--78195562	21	3.7	20	75	12	80	44	9	27	18	1.81
78207175--78207199	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
78215807--78215867	28	2.2	28	90	0	95	26	14	34	24	1.94
78217499--78217601	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
78226436--78226565	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
78228838--78228940	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
78239809--78239994	40	4.7	40	80	5	171	29	23	25	22	1.99
78239809--78239961	79	1.9	80	85	1	209	28	22	26	22	1.99
78245597--78245714	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
78245565--78245728	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
78250555--78250741	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
78250555--78250708	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
78250559--78250741	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
78250559--78250776	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
78254257--78254423	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
78274104--78274174	31	2.3	31	92	0	115	30	23	14	30	1.94
78274198--78274289	42	2.2	42	88	0	130	33	21	14	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78274434--78274608	26	6.8	26	88	0	237	28	22	22	26	1.99
78274434--78274608	52	3.4	52	92	1	291	28	22	22	26	1.99
78275411--78275494	27	3.1	27	89	3	116	21	25	21	32	1.98
78275533--78275838	27	11.3	27	76	6	172	29	10	20	39	1.86
78275541--78275838	54	5.5	54	76	4	206	29	10	19	39	1.85
78275816--78275891	26	2.9	27	84	4	100	42	7	19	30	1.80
78285153--78285440	40	7.2	40	83	3	337	25	22	27	24	2.00
78285153--78285440	80	3.6	80	88	0	398	25	22	27	24	2.00
78302947--78303098	40	3.8	39	81	6	153	23	26	23	26	2.00
78304426--78304592	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
78312409--78312550	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
78312448--78312576	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
78320634--78320797	71	2.3	71	98	0	319	18	27	17	35	1.94
78320634--78320831	71	2.8	70	90	3	249	20	27	17	34	1.95
78323245--78323274	10	3.0	10	90	0	51	13	30	0	56	1.37
78328640--78328691	27	1.9	27	92	0	86	13	32	13	40	1.83
78329855--78329897	20	2.2	20	83	8	52	44	2	2	51	1.27
78330762--78330930	46	3.7	44	76	13	180	30	26	18	24	1.98
78330767--78330937	93	1.8	93	93	2	299	29	27	19	23	1.98
78337995--78338116	29	4.2	29	87	2	156	32	15	27	23	1.95
78337994--78338129	29	4.7	29	82	5	141	30	16	30	23	1.96
78339580--78339748	46	3.6	45	77	12	148	28	18	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78347232--78347453	46	4.8	46	74	11	159	27	19	30	22	1.98
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78358772--78359054	150	1.9	149	83	4	372	30	25	17	27	1.97
78364077--78364171	30	3.2	30	86	0	136	17	38	21	22	1.93
78364093--78364192	30	3.3	30	83	2	94	17	35	25	23	1.95
78366253--78366478	50	4.6	49	81	6	262	31	26	15	26	1.96
78366253--78366429	95	1.9	94	96	1	327	29	27	17	25	1.98
78370025--78370137	6	18.3	6	66	18	54	46	15	15	21	1.83
78370036--78370137	31	3.3	31	87	5	143	47	15	15	21	1.83
78370954--78371005	27	1.9	27	92	0	86	26	21	17	34	1.95
78370956--78371020	27	2.4	27	86	0	85	30	24	12	32	1.92
78371048--78371279	27	8.6	27	91	0	365	24	19	21	34	1.96
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78371048--78371511	81	5.9	81	89	5	716	23	20	21	34	1.97
78371237--78371322	43	2.0	43	90	0	136	24	15	22	38	1.92
78371280--78371511	27	8.6	27	94	0	410	23	20	21	34	1.97
78371533--78371609	40	1.9	40	91	0	127	36	6	20	36	1.79
78371619--78371741	27	4.6	27	81	8	133	30	8	21	40	1.82
78372335--78372395	29	2.1	29	100	0	122	32	21	8	37	1.83
78373866--78373972	6	17.3	6	66	19	51	46	16	17	18	1.84
78373875--78373972	25	3.7	25	75	15	88	46	16	18	18	1.84
78373902--78373972	31	2.3	31	92	0	124	47	18	15	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78374092--78374200	27	4.1	26	83	5	128	38	20	20	21	1.94
78374213--78374288	32	2.4	31	80	6	80	35	25	18	21	1.95
78374358--78374415	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
78374762--78375171	27	15.3	27	85	1	529	25	20	20	33	1.97
78375156--78375214	27	2.2	27	90	0	91	32	8	22	37	1.84
78375194--78375281	27	3.3	27	85	0	131	39	7	20	31	1.81
78375175--78375283	54	2.0	54	89	0	164	40	9	19	31	1.83
78375304--78375415	27	4.1	27	77	8	111	30	7	22	40	1.81
78375304--78375415	54	2.1	54	81	9	131	30	7	22	40	1.81
78377531--78377562	15	2.2	15	94	5	57	43	25	12	18	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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