genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 135709677 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135709677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  238  of  438  ( 52554 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73853567--73853591	10	2.5	10	100	0	50	60	28	0	12	1.32
73855470--73855502	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
73855678--73855776	24	4.0	24	76	12	103	35	6	2	56	1.35
73855679--73855775	49	2.0	48	88	6	142	36	5	2	56	1.33
73856512--73856553	16	2.6	16	84	0	57	21	7	2	69	1.25
73860263--73860305	19	2.2	20	87	4	61	27	18	6	46	1.75
73868353--73868701	86	4.0	87	90	1	481	36	22	22	18	1.95
73868351--73868658	44	7.1	44	71	11	242	36	22	23	17	1.95
73870425--73870523	24	4.0	24	76	12	103	35	6	2	56	1.35
73870426--73870522	49	2.0	48	88	6	142	36	5	2	56	1.33
73871260--73871299	16	2.6	16	84	4	55	20	7	2	70	1.24
73872209--73872254	24	1.9	24	86	0	65	39	21	21	17	1.93
73876231--73876621	48	8.1	48	94	2	676	35	6	26	31	1.82
73876767--73876875	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
73884486--73884651	43	3.9	43	75	5	131	33	24	15	27	1.95
73894978--73895055	41	1.9	41	100	0	156	39	15	20	24	1.91
73896860--73896885	12	2.2	12	100	0	52	26	23	0	50	1.50
73902451--73902746	151	2.0	151	94	0	520	36	7	22	32	1.83
73903635--73903758	62	2.1	57	85	7	158	53	4	3	39	1.36
73904172--73904211	19	2.1	19	86	9	55	32	2	5	60	1.32
73906288--73906330	4	11.0	4	90	5	70	46	0	2	51	1.13
73909493--73909668	46	3.8	46	78	10	196	20	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73909490--73909661	93	1.8	93	92	0	290	20	22	29	27	1.99
73912794--73913119	48	6.8	48	84	4	365	26	17	28	27	1.97
73912813--73913119	144	2.1	144	86	2	411	26	17	28	27	1.98
73912794--73913119	96	3.4	96	84	1	413	26	17	28	27	1.97
73924692--73924734	13	3.4	13	83	3	52	46	2	0	51	1.13
73924692--73924723	4	7.8	4	93	6	55	50	0	0	50	1.00
73928441--73928472	12	2.7	12	100	0	64	31	15	0	53	1.43
73951523--73951652	52	2.6	49	78	7	116	34	23	14	26	1.94
73953956--73954116	42	3.8	42	75	8	146	31	25	16	26	1.97
73957280--73957400	47	2.6	47	85	0	152	23	16	26	33	1.96
73979100--73979125	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
73982279--73982431	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
73982248--73982430	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
73989670--73989822	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
73989639--73989821	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
73992656--73992823	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
73992672--73992821	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
73995590--73995917	71	4.6	69	76	4	242	34	18	23	24	1.96
73995713--73995914	35	5.7	35	65	15	83	35	17	22	24	1.95
73995546--73995904	72	5.0	69	77	4	250	35	18	22	23	1.96
74002716--74002746	16	1.9	16	93	0	53	35	12	9	41	1.76
74008023--74008091	30	2.3	30	89	0	102	17	34	27	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74008936--74009114	42	4.3	42	87	2	243	41	17	25	16	1.89
74008936--74009125	21	9.0	21	80	1	202	41	16	25	16	1.89
74008936--74009125	63	3.0	63	81	1	229	41	16	25	16	1.89
74029413--74029636	40	5.6	39	84	7	256	25	27	22	24	2.00
74029426--74029636	83	2.6	80	87	5	291	26	27	22	23	1.99
74031626--74031746	50	2.4	52	87	2	174	37	14	14	33	1.87
74031770--74031850	39	2.1	39	95	0	144	46	16	9	27	1.78
74036350--74036408	29	2.0	30	86	3	84	28	25	6	38	1.81
74039683--74039732	25	2.0	25	100	0	100	32	20	4	44	1.70
74044227--74044267	11	3.7	11	100	0	82	26	19	0	53	1.45
74047935--74048006	21	3.5	21	77	7	67	40	16	23	19	1.91
74059955--74060000	23	2.0	23	100	0	92	47	13	4	34	1.62
74064187--74064262	31	2.5	31	84	0	89	28	13	9	48	1.73
74064428--74064481	21	2.4	22	81	12	65	53	0	1	44	1.11
74065057--74065091	16	2.2	16	94	0	61	54	11	5	28	1.59
74065473--74065533	31	1.9	33	87	9	92	36	14	22	26	1.93
74065920--74065999	31	2.6	31	80	9	85	47	15	11	26	1.78
74077491--74077534	22	2.0	21	91	4	70	40	18	9	31	1.81
74081074--74081155	39	2.1	39	100	0	164	34	7	18	40	1.78
74082562--74082631	21	3.3	21	65	0	59	18	17	40	24	1.91
74082550--74082674	42	3.0	43	86	4	173	22	16	36	24	1.95
74082617--74082678	21	3.0	21	66	17	56	17	17	37	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74089433--74089457	13	1.9	13	100	0	50	48	0	20	32	1.50
74089934--74090070	48	2.9	48	86	4	195	28	19	24	27	1.99
74095378--74095641	49	5.4	49	97	0	492	33	9	27	29	1.88
74095710--74095796	37	2.3	37	90	5	140	20	18	33	27	1.96
74097830--74098007	39	4.5	39	89	2	268	28	28	22	20	1.98
74097813--74098007	77	2.5	78	86	4	268	29	29	21	18	1.97
74100071--74100134	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
74100326--74100468	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
74100326--74100467	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
74100325--74100468	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
74100519--74100578	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
74100519--74100573	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
74100620--74100667	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74103747--74103786	21	1.9	21	84	0	53	22	30	5	42	1.75
74104372--74104483	29	3.9	29	87	3	147	25	29	14	30	1.95
74104356--74104482	57	2.3	55	82	5	155	24	32	15	27	1.96
74112140--74112274	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
74112086--74112275	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
74113695--74113954	92	2.7	93	80	7	256	27	19	29	23	1.98
74113822--74113997	96	1.8	96	87	6	264	26	19	30	23	1.98
74113822--74114000	49	3.7	49	79	9	179	26	20	29	24	1.99
74118491--74118607	58	2.0	58	98	0	225	20	18	16	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74118769--74118811	22	2.0	22	81	9	52	27	11	4	55	1.55
74129093--74129242	43	3.5	43	83	5	178	34	24	13	27	1.93
74137949--74138074	55	2.2	56	87	5	175	58	6	3	31	1.39
74139822--74139859	9	4.3	9	86	6	60	78	0	21	0	0.74
74141519--74141574	27	2.1	27	100	0	112	28	3	30	37	1.74
74142170--74142275	53	2.0	53	84	0	140	36	13	23	26	1.92
74143028--74143080	26	2.0	26	100	0	106	30	11	11	47	1.74
74144542--74144663	37	3.3	37	94	0	208	22	32	18	26	1.97
74144814--74144860	24	2.0	24	100	0	94	29	27	12	29	1.93
74144765--74144910	73	2.0	73	100	0	292	30	30	9	30	1.89
74144838--74145008	49	3.5	49	88	3	256	28	30	9	30	1.89
74148542--74148763	29	7.7	29	96	0	399	25	31	17	26	1.97
74150822--74150943	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
74151045--74151263	49	4.5	49	91	3	336	29	31	9	30	1.88
74154455--74154495	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
74157818--74157995	39	4.5	39	86	2	214	19	20	28	31	1.97
74159826--74159872	23	2.0	23	100	0	94	25	21	31	21	1.98
74161136--74161170	18	1.9	18	88	0	52	60	0	20	20	1.37
74161862--74162089	46	5.0	46	89	1	323	20	24	14	40	1.89
74168046--74168101	21	2.7	21	94	0	94	28	33	8	28	1.87
74171336--74171419	26	3.4	25	85	8	109	27	22	21	28	1.99
74171630--74171691	31	2.0	31	87	0	88	33	14	22	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74171677--74171704	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
74178776--74178808	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
74187269--74187450	39	4.6	39	88	0	247	24	19	31	24	1.98
74187286--74187500	78	2.7	78	83	5	200	25	21	30	22	1.99
74208207--74208401	40	4.8	40	78	6	198	26	26	22	24	2.00
74216472--74216735	49	5.4	49	97	0	492	33	9	27	29	1.88
74216804--74216890	37	2.3	37	90	5	140	20	18	33	27	1.96
74218925--74219103	39	4.5	39	90	1	268	28	28	22	20	1.98
74221163--74221226	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
74221418--74221560	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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